小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

叶可勇; 陈瑶; 李瑞梅; 符少萍; 郭建春

doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013

小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013

1. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海南海口 571101;
2. 中国热带农业科学院科技信息研究所, 海南海口 571101

基金项目:

中央级公益性科研院所基本科研项目(ITBB110218)

国家自然科学基金(30860151

国家高技术研究发展计划(863计划)(2009AA10Z102)

31160061)

国家木薯产业技术体系项目

国家973重大基础性研究项目(2010CB126600)

31170234

详细信息

第一作者:
叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

通信作者:
郭建春,女,博士,研究员,E-mail:jianchunguoh@163.com

中图分类号: S668.1

Bioinformatic Prediction of Conserved microRNAs and Their Target Genes in Musa acuminata

1. Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China;
2. Scientific and Technological Information Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China

摘要: 通过基于表达序列标签(EST)、基因组勘测序列(GSS)和高通量测序基因组序列(HTGS)的同源序列比对搜索,以及一系列的标准筛选,最终预测到属于8个家族的10条小果野蕉miRNAs。在线软件psRNATarget预测到24对miRNAs与靶基因的互作,这些靶基因主要参与小果野蕉的新陈代谢、生长发育以及胁迫响应等过程。
- 小果野蕉 /
- microRNAs(miRNAs) /
- 靶基因 /
- 生物信息学
Abstract: MicroRNAs （miRNAs） are small RNAs （sRNA） that regulate post-transcriptional gene expression by cleaving or inhibiting the translation of target gene transcripts. Based on the conservation of miRNAs in many plant species and the currently available genome sequence, 10 individual conserved miRNAs have been predicted in Musa acuminata, and these miRNAs were found to belong to 8 families. Online psRNATagret software was run and 24 pairs of miRNAs were predicted to interact with their targets in Musa acuminata, and these target genes are involved in metabolism, development, response to biotic and abiotic stresses, and other cellular processes. This study has provided information on Musa acuminata miRNAs and their targets for future studies.
- Musa acuminate /
- microRNAs （miRNAs） /
- target gene /
- bioinformatics

[1]	MENG L, GAO X, CHEN J, et al. Spatial and temporal effects on seed dispersal and seed predation of Musa acuminata in southern Yunnan, China[J]. Integrative Zoology, 2012, 7(1):30-40.
[2]	JONES-RHOADES M W, BARTEL D P, BARTEL B. MicroRNAs and their regulatory roles in plants[J]. Annual review of Plant Biology, 2006, 57:19-53.
[3]	MALLORY A C, VAUCHERET H. MicroRNAs:something important between the genes[J]. Current Opinion in Plant biology,2004,7(2):120-125.
[4]	BARTEL D P. MicroRNAs:genomics, biogenesis, mechanism, and function[J]. Cell, 2007, 131:11-29.
[5]	LLAVE C, XIE Z, KASSCHAU K D, et al. Cleavage of Scarecrow-like mRNA targets directed by a class of Arabidopsis miRNA[J]. Science, 2002, 297(5589):2053-2056.
[6]	GRIFFITHS-JONES S, GROCOCK R J, VAN DONGEN S, et al. miRBase:microRNA sequences, targets and gene nomenclature[J]. Nucleic Acids Research, 2006, 34:140-144.
[7]	ZUKER M. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction[J]. Nucleic acids research, 2003, 31(13):3406-3415.
[8]	ZENG C, WANG W, ZHENG Y, et al. Conservation and divergence of microRNAs and their functions in Euphorbiaceous plants[J]. Nucleic Acids Research, 2010, 38(3):981-995.
[9]	DAI X, ZHAO P X. psRNATarget:a plant small RNA target analysis server[J]. Nucleic Acids Research, 2011, 39:155-159.
[10]	ZHAO C Z, XIA H, FRAZIER T P, et al. Deep sequencing identifies novel and conserved microRNAs in peanuts (Arachis hypogaea L.)[J]. BMC Plant Biology, 2010, 10:3.
[11]	LI B S, YIN W L, XIA X L. Identification of microRNAs and their targets from Populus euphratica[J]. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2009, 388(2):272-277.
[12]	ARCHAK S, NAGARAJU J. Computational prediction of rice (Oryza sativa) miRNA targets[J]. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2007, 5(3/4):196-206.
[13]	LU S, SUN YH, SHI R, et al. Novel and mechanical stress-responsive MicroRNAs in Populus trichocarpa that are absent from Arabidopsis[J]. The Plant Cell, 2005, 17(8):2186-2203.
[14]	ZHANG L, CHIA JM, KUMARI S, et al. A genome-wide characterization of microRNA genes in maize[J]. PLoS Genetics, 2009, 5(11):e1000716.

[1]	许慧娴, 黎洁, 李梅儿, 张汝鑫, 王童欣, 李霆格, 赵莹, 王健. 睡莲KNOX基因家族鉴定及生物信息学分析 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-14. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250024
[2]	张子赫, 郑蔺玲, 李可, 陈银华, 高豫. 木薯ERF基因家族Ⅶ亚族的鉴定与表达分析 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-15. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250035
[3]	羊娥月, 李杨, 莫明珠, 杨东梅, 刘亚, 吴友根, 于靖. 越南油茶CdMYC2基因克隆、生物信息学分析与表达模式研究 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-9. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250031
[4]	张小枫, 苏禹, 董欣怡, 刘月茹, 周洪旭, 范银君. 橘小实蝇抗菌肽全基因组鉴定和表达模式分析 . 热带生物学报, 2024, 15(6): 672-682. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240130
[5]	施绍璞, 周开兵. 杧果超氧化物歧化酶基因家族鉴定与生物信息学分析 . 热带生物学报, 2024, 15(6): 718-727. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240117
[6]	金海峰, 王朝政, 侯清芳, 咸利民, 张华剑, 吴少英. 普通大蓟马MuRhodopsin基因的全长克隆及生物信息学分析 . 热带生物学报, 2023, 14(6): 651-659. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20220105
[7]	武映宏, 黄东益, 王永, 张大鹏, 刘蕊, 孙熹微, 肖勇. 椰子ALDH基因家族的鉴定及生物信息学分析 . 热带生物学报, 2022, 13(6): 541-549. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2022.06.001
[8]	李妙珍, 李奕勋, 陈静, 张磊, 廖承红, 韩谦. 伊蚊5-HT受体家族生物信息学分析和时空表达谱的构建 . 热带生物学报, 2021, 12(3): 347-355. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.03.011
[9]	宋娜, 张刘宁颖, 曹敏, 郭文雅, 洪雨慧, 吴金山, 陈银华, 于晓惠. 木薯ERF转录因子调控的靶基因筛选与表达分析 . 热带生物学报, 2020, 11(2): 177-189. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.02.008
[10]	白雪杨, 陈秀珍, 黄天帆, 江行玉, 周扬. 盐胁迫下拟南芥SCAMP基因克隆和表达的生物信息学分析 . 热带生物学报, 2020, 11(2): 138-144. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.02.003
[11]	黄晓纯, 陈偿, 李颖颖, 田雨顺, 谢媚. 两个溶藻弧菌胞外多糖合成基因簇的生物信息学分析 . 热带生物学报, 2017, 8(3): 255-266. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2017.03.003
[12]	彭赟, 龙海飞, 贺瑞, 徐敏, 曾灿彬, 骆娟, 齐钊, 闫臻, 阮云泽, 何朝族, 汤华. 香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测 . 热带生物学报, 2016, 7(2): 237-245. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017
[13]	张巧玲, 戎伟, 李慧萍, 林道哲, 何朝族. 野油菜黄单胞菌的XopR基因功能 . 热带生物学报, 2015, 6(3): 261-268. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.03.007
[14]	邹俊, 戎伟, 李慧萍, 林道哲, 何朝族. 野油菜黄单胞菌的HpaA基因功能 . 热带生物学报, 2015, 6(2): 119-126. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.02.003
[15]	张玉叶, 黄宁, 肖新换, 黄珑, 苏炜华, 许莉萍, 阙友雄. 甘蔗B12D基因全长cDNA克隆与表达分析 . 热带生物学报, 2014, 5(2): 111-119. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2014.02.011
[16]	李德军, 夏志辉, 李晓兵, 朱立煌. OsRRM1基因标记开发及生物信息学分析 . 热带生物学报, 2013, 4(4): 308-312. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002
[17]	黄启星, 郭安平, 杨礼富, 邹智. 蓖麻WRKY14基因的鉴别与信息分析 . 热带生物学报, 2012, 3(4): 305-313. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.04.005
[18]	彭军, 黄俊生. 植物内源小RNA及其介导的基因沉默途径 . 热带生物学报, 2011, 2(2): 187-192. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.02.002
[19]	杜丽, 谢少林, 成鹰, 张晓茹, 匡文华, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 雷明, 刘涛, 王凤阳. 海南坡鹿MD2 cDNA的克隆及其生物信息学分析 . 热带生物学报, 2011, 2(1): 1-5. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.001
[20]	张晓茹, 匡文华, 成鹰, 杜丽, 雷明, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 祁超, 王凤阳. 水牛Cdc42 cDNA的克隆与生物信息学分析 . 热带生物学报, 2011, 2(4): 349-354. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.019

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小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013

第一作者:
叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

通信作者:
郭建春,女,博士,研究员,E-mail:jianchunguoh@163.com

Bioinformatic Prediction of Conserved microRNAs and Their Target Genes in Musa acuminata

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小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013

1. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海南海口 571101;

2. 中国热带农业科学院科技信息研究所, 海南海口 571101

作者简介:
叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

通讯作者: 郭建春,女,博士,研究员,E-mail:jianchunguoh@163.com

English Abstract

Bioinformatic Prediction of Conserved microRNAs and Their Target Genes in Musa acuminata

1. Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China;

2. Scientific and Technological Information Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China

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小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013

第一作者: 叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

通信作者: 郭建春,女,博士,研究员,E-mail:jianchunguoh@163.com

Bioinformatic Prediction of Conserved microRNAs and Their Target Genes in Musa acuminata

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出版历程

小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013

1. 中国热带农业科学院 热带生物技术研究所, 海南 海口 571101; 2. 中国热带农业科学院 科技信息研究所, 海南 海口 571101

作者简介: 叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

通讯作者: 郭建春,女,博士,研究员,E-mail:jianchunguoh@163.com

English Abstract

Bioinformatic Prediction of Conserved microRNAs and Their Target Genes in Musa acuminata

1. Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China; 2. Scientific and Technological Information Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China

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第一作者:
叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

通信作者:
郭建春,女,博士,研究员,E-mail:jianchunguoh@163.com

1. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海南海口 571101;

2. 中国热带农业科学院科技信息研究所, 海南海口 571101

作者简介:
叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

1. Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China;

2. Scientific and Technological Information Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China