香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测

彭赟; 龙海飞; 贺瑞; 徐敏; 曾灿彬; 骆娟; 齐钊; 闫臻; 阮云泽; 何朝族; 汤华

doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

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香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测

彭赟, 龙海飞, 贺瑞, 徐敏, 曾灿彬, 骆娟, 齐钊, 闫臻, 阮云泽, 何朝族, 汤华

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彭赟, 龙海飞, 贺瑞, 徐敏, 曾灿彬, 骆娟, 齐钊, 闫臻, 阮云泽, 何朝族, 汤华. 香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测[J]. 热带生物学报（中英文）, 2016, 7(2): 237-245. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

引用本文:

PENG Yun, LONG Haifei, HE Rui, XU Min, ZENG Canbin, LUO Juan, QI Zhao, YAN Zhen, RUAN Yunze, HE Chaozu, TANG Hua. microRNA and Target Gene Prediction of Banana based on Bioinformatics[J]. Journal of Tropical Biology, 2016, 7(2): 237-245. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

Citation:

PENG Yun, LONG Haifei, HE Rui, XU Min, ZENG Canbin, LUO Juan, QI Zhao, YAN Zhen, RUAN Yunze, HE Chaozu, TANG Hua. microRNA and Target Gene Prediction of Banana based on Bioinformatics[J]. Journal of Tropical Biology, 2016, 7(2): 237-245. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

海南大学, 农学院/海南省热带生物资源可持续利用重点实验室, 海口, 570228

基金项目:

教育部热带作物新品种选育工程中心与作物学重点学科联合资助项目(lhxm-2012-2)

“中央财政支持中西部高校提升综合实力专项”子课题

国家自然科学基金资助项目(31360364)

海南省重大科技项目(ZDZX2013023)

详细信息

第一作者:
彭赟(1991-),女,海南大学农学院2013级硕士研究生.E-mail:pyrt107@sina.com

通信作者:
汤华(1974-),男,教授,博士.研究方向:作物遗传育种与分子生物学.E-mail:thtiger@163.com

中图分类号: Q789

microRNA and Target Gene Prediction of Banana based on Bioinformatics

Hainan Key Laboratory for Sustainable Utilization of Tropical Bioresources, College of Agronomy, Hainan University, Haikou, Hainan 570228, China

摘要: 利用生物信息学方法预测香蕉中的miRNA,即通过将miRBase数据库中的已知植物的miRNA与香蕉EST和GSS数据库进行BLAST比对搜索,筛选出潜在的miRNA,最后得到16条香蕉miRNA,分属于9个miRNA家族,其中3条来源于EST数据库,13条来源于GSS数据库,并利用在线软件psRNATarget预测其靶基因,共得到168个靶基因,分别编码多种功能蛋白,参与各生物学过程。
- 香蕉 /
- microRNA /
- 靶基因 /
- 生物信息学分析
Abstract: microRNAs（ miRNAs） are a class of 21- 23 nucleotides long non-encoding RNA molecules in eukaryotic organisms,which play an important role in gene regulation by translation cutting or inhibition of target mRNA at the post transcriptional level. The expressions of miRNA are more rapid than those of the coding genes,are not influenced by the translation process,and have high regulation efficiency in the expression of target mRNA,and plant miRNAs play key roles in response or tolerance to biotic and abiotic stresses,growth and epigenetic inheritance. In this study,miRNAs in banana were predicted by using the bio-informatics methods. The BLAST searching between miRNAs of known plants from miRBase database and those of banana from the EST and GSS database showed that 16 conserved miRNAs in banana were grouped into 9 miRNA families: three from ETS database,and 13 miRNAs from GSS database. The target genes were then predicted with online software psRNATarget,and 168 target genes were found encoding many proteins and involving many biological processes.
- banana /
- miRNA /
- target gene /
- bioinformatics analysis

[1]	张子赫, 郑蔺玲, 李可, 陈银华, 高豫. 木薯ERF基因家族Ⅶ亚族的鉴定与表达分析 . 热带生物学报（中英文）, 2026, 17(3): 364-378. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250035
[2]	赵阳, 刘爽, 王志彪, 伍俊宇, 陈代朋, 郑丽. 香蕉枯萎病菌候选效应蛋白FoSSP80能抑制植物免疫反应 . 热带生物学报（中英文）, 2025, 16(1): 87-97. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240019
[3]	黄思豪, 王丽霞, 刘永霞, 姜成君, 宋可欣, 赵艳, 何应对. 基于机器学习算法预测香蕉产量 . 热带生物学报（中英文）, 2025, 16(1): 21-30. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240031
[4]	贾素行, 朱寿松, 符仁稳, 李春霞, 陈银华. 木薯MePPD3基因的克隆及功能分析 . 热带生物学报（中英文）, 2024, 15(1): 10-18. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230035
[5]	刘红东, 党一敏, 王英, 高和琼, 庄南生. 巴西橡胶树雄性不育相关候选基因HbXTH23的表达 . 热带生物学报（中英文）, 2022, 13(6): 550-557. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2022.06.002
[6]	武映宏, 黄东益, 王永, 张大鹏, 刘蕊, 孙熹微, 肖勇. 椰子ALDH基因家族的鉴定及生物信息学分析 . 热带生物学报（中英文）, 2022, 13(6): 541-549. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2022.06.001
[7]	高刘, 余雪标, 李然, 杨青青, 崔喜博, 李思远, 王牌. 沼液配方肥对香蕉产量、品质及香蕉园土壤质量的影响 . 热带生物学报（中英文）, 2017, 8(2): 209-215. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2017.02.014
[8]	王树昌, 于晓玲, 李淑霞, 阮孟斌, 彭明. 木薯MeHDS09基因克隆及其对逆境信号的响应 . 热带生物学报（中英文）, 2017, 8(4): 409-414. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2017.04.006
[9]	贺瑞, 彭赟, 刘扬, 曾灿彬, 徐敏, 齐钊, 闫臻, 骆娟, 阮云泽, 何朝族, 汤华. 低氮胁迫下香蕉硝酸盐转运蛋白MaNRT2基因的克隆与表达分析 . 热带生物学报（中英文）, 2016, 7(1): 76-81. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.01.013
[10]	黄旭, 王安邦, 苗红霞, 刘菊华, 贾彩红, 金志强, 徐碧玉. 香蕉辐射诱变抗寒株系果实中淀粉和糖含量的变化 . 热带生物学报（中英文）, 2015, 6(3): 269-272. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.03.008
[11]	李佳潼, 黄绵佳, 吴岚芳, 张瑜文, 谢学立. 诱导香蕉离体叶片衰老过程转化酶基因和衰老基因的分子表达 . 热带生物学报（中英文）, 2015, 6(4): 444-448. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.04.014
[12]	王亚, 谭昕, 汪军, 黄俊生. 体内定殖木霉H6对香蕉苗生长的影响 . 热带生物学报（中英文）, 2012, 3(2): 142-146. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.02.015
[13]	廖文彬, 彭明. 木薯赤霉素途径DELLA蛋白基因克隆及其对干旱胁迫的响应 . 热带生物学报（中英文）, 2012, 3(4): 298-304. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.04.004
[14]	彭铁成, 徐芳, 罗静瑶, 陈云云, 汤华. 基于叶绿体基因的香蕉遗传多样性研究 . 热带生物学报（中英文）, 2012, 3(4): 293-297. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.04.013
[15]	黄启星, 郭安平, 杨礼富, 邹智. 蓖麻WRKY14基因的鉴别与信息分析 . 热带生物学报（中英文）, 2012, 3(4): 305-313. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.04.005
[16]	叶可勇, 陈瑶, 李瑞梅, 符少萍, 郭建春. 小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测 . 热带生物学报（中英文）, 2012, 3(3): 222-227. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013
[17]	王芳, 过建春. 香蕉专业合作社绩效评价研究 . 热带生物学报（中英文）, 2011, 2(2): 178-186. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.02.004
[18]	杜丽, 谢少林, 成鹰, 张晓茹, 匡文华, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 雷明, 刘涛, 王凤阳. 海南坡鹿MD2 cDNA的克隆及其生物信息学分析 . 热带生物学报（中英文）, 2011, 2(1): 1-5. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.001
[19]	张晓茹, 匡文华, 成鹰, 杜丽, 雷明, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 祁超, 王凤阳. 水牛Cdc42 cDNA的克隆与生物信息学分析 . 热带生物学报（中英文）, 2011, 2(4): 349-354. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.019
[20]	林明光, 刘福秀, 李伟东, 徐卫. 海南省香蕉作物病害调查与鉴定 . 热带生物学报（中英文）, 2010, 1(1): 59-61. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.01.016

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香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

海南大学, 农学院/海南省热带生物资源可持续利用重点实验室, 海口, 570228

基金项目:

教育部热带作物新品种选育工程中心与作物学重点学科联合资助项目(lhxm-2012-2)

“中央财政支持中西部高校提升综合实力专项”子课题

国家自然科学基金资助项目(31360364)

海南省重大科技项目(ZDZX2013023)

作者简介:
彭赟(1991-),女,海南大学农学院2013级硕士研究生.E-mail:pyrt107@sina.com

通讯作者: 汤华(1974-),男,教授,博士.研究方向:作物遗传育种与分子生物学.E-mail:thtiger@163.com

收稿日期: 2015-11-25

中图分类号: Q789

关键词:

香蕉 /

microRNA /

靶基因 /

生物信息学分析

摘要: 利用生物信息学方法预测香蕉中的miRNA,即通过将miRBase数据库中的已知植物的miRNA与香蕉EST和GSS数据库进行BLAST比对搜索,筛选出潜在的miRNA,最后得到16条香蕉miRNA,分属于9个miRNA家族,其中3条来源于EST数据库,13条来源于GSS数据库,并利用在线软件psRNATarget预测其靶基因,共得到168个靶基因,分别编码多种功能蛋白,参与各生物学过程。

English Abstract

microRNA and Target Gene Prediction of Banana based on Bioinformatics

Hainan Key Laboratory for Sustainable Utilization of Tropical Bioresources, College of Agronomy, Hainan University, Haikou, Hainan 570228, China

Received Date: 2015-11-25

Keywords:

Abstract: microRNAs（ miRNAs） are a class of 21- 23 nucleotides long non-encoding RNA molecules in eukaryotic organisms,which play an important role in gene regulation by translation cutting or inhibition of target mRNA at the post transcriptional level. The expressions of miRNA are more rapid than those of the coding genes,are not influenced by the translation process,and have high regulation efficiency in the expression of target mRNA,and plant miRNAs play key roles in response or tolerance to biotic and abiotic stresses,growth and epigenetic inheritance. In this study,miRNAs in banana were predicted by using the bio-informatics methods. The BLAST searching between miRNAs of known plants from miRBase database and those of banana from the EST and GSS database showed that 16 conserved miRNAs in banana were grouped into 9 miRNA families: three from ETS database,and 13 miRNAs from GSS database. The target genes were then predicted with online software psRNATarget,and 168 target genes were found encoding many proteins and involving many biological processes.

引用本文:

Citation:

PENG Yun, LONG Haifei, HE Rui, XU Min, ZENG Canbin, LUO Juan, QI Zhao, YAN Zhen, RUAN Yunze, HE Chaozu, TANG Hua. microRNA and Target Gene Prediction of Banana based on Bioinformatics[J]. Journal of Tropical Biology, 2016, 7(2): 237-245. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

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香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

第一作者: 彭赟(1991-),女,海南大学农学院2013级硕士研究生.E-mail:pyrt107@sina.com

通信作者: 汤华(1974-),男,教授,博士.研究方向:作物遗传育种与分子生物学.E-mail:thtiger@163.com

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香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

海南大学, 农学院/海南省热带生物资源可持续利用重点实验室, 海口, 570228

作者简介: 彭赟(1991-),女,海南大学农学院2013级硕士研究生.E-mail:pyrt107@sina.com

通讯作者: 汤华(1974-),男,教授,博士.研究方向:作物遗传育种与分子生物学.E-mail:thtiger@163.com

English Abstract

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第一作者:
彭赟(1991-),女,海南大学农学院2013级硕士研究生.E-mail:pyrt107@sina.com

通信作者:
汤华(1974-),男,教授,博士.研究方向:作物遗传育种与分子生物学.E-mail:thtiger@163.com

作者简介:
彭赟(1991-),女,海南大学农学院2013级硕士研究生.E-mail:pyrt107@sina.com