香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测

彭赟; 龙海飞; 贺瑞; 徐敏; 曾灿彬; 骆娟; 齐钊; 闫臻; 阮云泽; 何朝族; 汤华

doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

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香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测

彭赟, 龙海飞, 贺瑞, 徐敏, 曾灿彬, 骆娟, 齐钊, 闫臻, 阮云泽, 何朝族, 汤华

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彭赟, 龙海飞, 贺瑞, 徐敏, 曾灿彬, 骆娟, 齐钊, 闫臻, 阮云泽, 何朝族, 汤华. 香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测[J]. 热带生物学报, 2016, 7(2): 237-245. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

引用本文:

PENG Yun, LONG Haifei, HE Rui, XU Min, ZENG Canbin, LUO Juan, QI Zhao, YAN Zhen, RUAN Yunze, HE Chaozu, TANG Hua. microRNA and Target Gene Prediction of Banana based on Bioinformatics[J]. Journal of Tropical Biology, 2016, 7(2): 237-245. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

Citation:

PENG Yun, LONG Haifei, HE Rui, XU Min, ZENG Canbin, LUO Juan, QI Zhao, YAN Zhen, RUAN Yunze, HE Chaozu, TANG Hua. microRNA and Target Gene Prediction of Banana based on Bioinformatics[J]. Journal of Tropical Biology, 2016, 7(2): 237-245. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

海南大学, 农学院/海南省热带生物资源可持续利用重点实验室, 海口, 570228

基金项目:

教育部热带作物新品种选育工程中心与作物学重点学科联合资助项目(lhxm-2012-2)

“中央财政支持中西部高校提升综合实力专项”子课题

国家自然科学基金资助项目(31360364)

海南省重大科技项目(ZDZX2013023)

详细信息

第一作者:
彭赟(1991-),女,海南大学农学院2013级硕士研究生.E-mail:pyrt107@sina.com

通信作者:
汤华(1974-),男,教授,博士.研究方向:作物遗传育种与分子生物学.E-mail:thtiger@163.com

中图分类号: Q789

microRNA and Target Gene Prediction of Banana based on Bioinformatics

Hainan Key Laboratory for Sustainable Utilization of Tropical Bioresources, College of Agronomy, Hainan University, Haikou, Hainan 570228, China

摘要: 利用生物信息学方法预测香蕉中的miRNA,即通过将miRBase数据库中的已知植物的miRNA与香蕉EST和GSS数据库进行BLAST比对搜索,筛选出潜在的miRNA,最后得到16条香蕉miRNA,分属于9个miRNA家族,其中3条来源于EST数据库,13条来源于GSS数据库,并利用在线软件psRNATarget预测其靶基因,共得到168个靶基因,分别编码多种功能蛋白,参与各生物学过程。
- 香蕉 /
- microRNA /
- 靶基因 /
- 生物信息学分析
Abstract: microRNAs（ miRNAs） are a class of 21- 23 nucleotides long non-encoding RNA molecules in eukaryotic organisms,which play an important role in gene regulation by translation cutting or inhibition of target mRNA at the post transcriptional level. The expressions of miRNA are more rapid than those of the coding genes,are not influenced by the translation process,and have high regulation efficiency in the expression of target mRNA,and plant miRNAs play key roles in response or tolerance to biotic and abiotic stresses,growth and epigenetic inheritance. In this study,miRNAs in banana were predicted by using the bio-informatics methods. The BLAST searching between miRNAs of known plants from miRBase database and those of banana from the EST and GSS database showed that 16 conserved miRNAs in banana were grouped into 9 miRNA families: three from ETS database,and 13 miRNAs from GSS database. The target genes were then predicted with online software psRNATarget,and 168 target genes were found encoding many proteins and involving many biological processes.
- banana /
- miRNA /
- target gene /
- bioinformatics analysis

[1]	羊娥月, 李杨, 莫明珠, 杨东梅, 刘亚, 吴友根, 于靖. 越南油茶CdMYC2基因克隆、生物信息学分析与表达模式研究 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-9. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250031
[2]	许慧娴, 黎洁, 李梅儿, 张汝鑫, 王童欣, 李霆格, 赵莹, 王健. 睡莲KNOX基因家族鉴定及生物信息学分析 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-14. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250024
[3]	赵阳, 刘爽, 王志彪, 伍俊宇, 陈代朋, 郑丽. 香蕉枯萎病菌候选效应蛋白FoSSP80能抑制植物免疫反应 . 热带生物学报, 2025, 16(1): 87-97. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240019
[4]	黄思豪, 王丽霞, 刘永霞, 姜成君, 宋可欣, 赵艳, 何应对. 基于机器学习算法预测香蕉产量 . 热带生物学报, 2025, 16(1): 21-30. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240031
[5]	施绍璞, 周开兵. 杧果超氧化物歧化酶基因家族鉴定与生物信息学分析 . 热带生物学报, 2024, 15(6): 718-727. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240117
[6]	吕荣婷, 刘新月, 伍巧慧, 龚文坤, 王蓓蓓. 香蕉间作绿肥对土壤氮转化及叶片酶活性的影响 . 热带生物学报, 2024, 15(4): 407-413. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240004
[7]	贾素行, 朱寿松, 符仁稳, 李春霞, 陈银华. 木薯MePPD3基因的克隆及功能分析 . 热带生物学报, 2024, 15(1): 10-18. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230035
[8]	金海峰, 王朝政, 侯清芳, 咸利民, 张华剑, 吴少英. 普通大蓟马MuRhodopsin基因的全长克隆及生物信息学分析 . 热带生物学报, 2023, 14(6): 651-659. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20220105
[9]	刘红东, 党一敏, 王英, 高和琼, 庄南生. 巴西橡胶树雄性不育相关候选基因HbXTH23的表达 . 热带生物学报, 2022, 13(6): 550-557. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2022.06.002
[10]	武映宏, 黄东益, 王永, 张大鹏, 刘蕊, 孙熹微, 肖勇. 椰子ALDH基因家族的鉴定及生物信息学分析 . 热带生物学报, 2022, 13(6): 541-549. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2022.06.001
[11]	李妙珍, 李奕勋, 陈静, 张磊, 廖承红, 韩谦. 伊蚊5-HT受体家族生物信息学分析和时空表达谱的构建 . 热带生物学报, 2021, 12(3): 347-355. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.03.011
[12]	朱晓菲, 黄娇媚, 原昊, 万逸. Class2 CRISPR-Cas系统发掘及分析方法 . 热带生物学报, 2021, 12(1): 115-123. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.01.017
[13]	梁峻玮, 曾凡云, 漆艳香, 彭军, 张欣, 谢培兰, 谢艺贤. 香蕉枯萎病菌4号生理小种中性海藻糖酶NTH1基因敲除和功能分析 . 热带生物学报, 2020, 11(2): 200-209, 216. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.02.010
[14]	宋娜, 张刘宁颖, 曹敏, 郭文雅, 洪雨慧, 吴金山, 陈银华, 于晓惠. 木薯ERF转录因子调控的靶基因筛选与表达分析 . 热带生物学报, 2020, 11(2): 177-189. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.02.008
[15]	白雪杨, 陈秀珍, 黄天帆, 江行玉, 周扬. 盐胁迫下拟南芥SCAMP基因克隆和表达的生物信息学分析 . 热带生物学报, 2020, 11(2): 138-144. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.02.003
[16]	徐亚, 杨振, 李琼亮, 李新国. 2009—2018年国家自然科学基金资助香蕉相关研究的情况 . 热带生物学报, 2020, 11(4): 487-491. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.04.012
[17]	李恒, 畅文军, 陈汉清, 乔帆, 曾会才. 香蕉枯萎镰刀菌4号生理小种mon1基因敲除转化子的表型分析及致病力测定 . 热带生物学报, 2019, 10(2): 127-134. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.005
[18]	王树昌, 于晓玲, 李淑霞, 阮孟斌, 彭明. 木薯MeHDS09基因克隆及其对逆境信号的响应 . 热带生物学报, 2017, 8(4): 409-414. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2017.04.006
[19]	贺瑞, 彭赟, 刘扬, 曾灿彬, 徐敏, 齐钊, 闫臻, 骆娟, 阮云泽, 何朝族, 汤华. 低氮胁迫下香蕉硝酸盐转运蛋白MaNRT2基因的克隆与表达分析 . 热带生物学报, 2016, 7(1): 76-81. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.01.013
[20]	黄旭, 王安邦, 苗红霞, 刘菊华, 贾彩红, 金志强, 徐碧玉. 香蕉辐射诱变抗寒株系果实中淀粉和糖含量的变化 . 热带生物学报, 2015, 6(3): 269-272. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.03.008

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香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017

海南大学, 农学院/海南省热带生物资源可持续利用重点实验室, 海口, 570228

基金项目:

教育部热带作物新品种选育工程中心与作物学重点学科联合资助项目(lhxm-2012-2)

“中央财政支持中西部高校提升综合实力专项”子课题

国家自然科学基金资助项目(31360364)

海南省重大科技项目(ZDZX2013023)

作者简介:
彭赟(1991-),女,海南大学农学院2013级硕士研究生.E-mail:pyrt107@sina.com

通讯作者: 汤华(1974-),男,教授,博士.研究方向:作物遗传育种与分子生物学.E-mail:thtiger@163.com

收稿日期: 2015-11-25

中图分类号: Q789

关键词:

香蕉 /

microRNA /

靶基因 /

生物信息学分析

摘要: 利用生物信息学方法预测香蕉中的miRNA,即通过将miRBase数据库中的已知植物的miRNA与香蕉EST和GSS数据库进行BLAST比对搜索,筛选出潜在的miRNA,最后得到16条香蕉miRNA,分属于9个miRNA家族,其中3条来源于EST数据库,13条来源于GSS数据库,并利用在线软件psRNATarget预测其靶基因,共得到168个靶基因,分别编码多种功能蛋白,参与各生物学过程。

English Abstract

microRNA and Target Gene Prediction of Banana based on Bioinformatics

Hainan Key Laboratory for Sustainable Utilization of Tropical Bioresources, College of Agronomy, Hainan University, Haikou, Hainan 570228, China

Received Date: 2015-11-25

Keywords:

Abstract: microRNAs（ miRNAs） are a class of 21- 23 nucleotides long non-encoding RNA molecules in eukaryotic organisms,which play an important role in gene regulation by translation cutting or inhibition of target mRNA at the post transcriptional level. The expressions of miRNA are more rapid than those of the coding genes,are not influenced by the translation process,and have high regulation efficiency in the expression of target mRNA,and plant miRNAs play key roles in response or tolerance to biotic and abiotic stresses,growth and epigenetic inheritance. In this study,miRNAs in banana were predicted by using the bio-informatics methods. The BLAST searching between miRNAs of known plants from miRBase database and those of banana from the EST and GSS database showed that 16 conserved miRNAs in banana were grouped into 9 miRNA families: three from ETS database,and 13 miRNAs from GSS database. The target genes were then predicted with online software psRNATarget,and 168 target genes were found encoding many proteins and involving many biological processes.

引用本文:

Citation:

PENG Yun, LONG Haifei, HE Rui, XU Min, ZENG Canbin, LUO Juan, QI Zhao, YAN Zhen, RUAN Yunze, HE Chaozu, TANG Hua. microRNA and Target Gene Prediction of Banana based on Bioinformatics[J]. Journal of Tropical Biology, 2016, 7(2): 237-245. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017