两个溶藻弧菌胞外多糖合成基因簇的生物信息学分析

黄晓纯; 陈偿; 李颖颖; 田雨顺; 谢媚

doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.2017.03.003

两个溶藻弧菌胞外多糖合成基因簇的生物信息学分析

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2017.03.003

黄晓纯^1,2,4,
陈偿^1,2,3, ,,
李颖颖⁵,
田雨顺^1,2,4,
谢媚⁵

1. 中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室, 广州, 510301;
2. 广东省中国科学院南海海洋研究所应用海洋生物重点实验室, 广州, 510301;
3. 中国科学院南海海洋研究所西沙深海海洋环境观测研究站, 广州, 510301;
4. 中国科学院大学, 北京, 100049;
5. 暨南大学生命科学技术学院, 广州, 510632

基金项目:

国家自然科学基金项目(31272697)

中国科学院战略试点技术专项基金项目(XDA13020302)

详细信息

第一作者:
黄晓纯(1991-),女,中国科学院大学2014级硕士研究生.E-mail:swjshxc@163.com

通信作者:
陈偿(1976-),男,博士,研究员.E-mail:chen.chang@scsio.ac.cn

中图分类号: Q754

Identification of the Functions of Two Gene Clusters Putatively Involved in Extracellular Polysaccharides Biosynthesis in Vibrio alginolyticus ZJ-51

HUANG Xiaochun^1,2,4,
CHEN Chang^{1,2,3
, ,},
LI Yingying⁵,
TIAN Yushun^1,2,4,
XIE Mei⁵

1. Key Laboratory of Tropical Marine Bio-resources and Ecology, South China Sea Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences, Guangzhou, 510301;
2. Guangdong Provincial Key Laboratory of Applied Marine Biology, South China Sea Institution of Oceanology, Chinese Academy of Sciences, Guangzhou, 510301;
3. Xisha Deep Sea Marine Environment Observation and Research Station, South China Sea Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences, Guangzhou, 510301;
4. University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, 100049;
5. College of Life Science and Technology, Jinan University, Guangzhou, 510632

摘要: 溶藻弧菌是我国南方海水养殖最重要的病原菌之一。胞外多糖(EPSs)是细菌产生的一类具有复杂结构的多糖类物质,影响其致病性和环境适应力。基因组分析发现溶藻弧菌ZJ-51存在4个与胞外多糖合成有关的基因簇,笔者对其中2个基因簇CPS1357和CPS4543进行了生物信息学分析和实验验证。结果表明,基因簇CPS4543编码3个多糖外膜转运体系的同源蛋白Wza-Wzb-Wzc,而CPS1357编码的17个蛋白与多糖合成、转运以及调控有关。但通过染色实验、菌落形态观察和运动性分析证实这2个基因簇的缺失并不影响EPSs的合成、生物膜的形成、菌落形态及运动性。这可能是这2个基因簇在当前测试条件下受到抑制或需要特殊的环境因子诱导表达,对溶藻弧菌EPSs合成调控机制的研究,能更好地了解该病原菌在环境中的适应性。
- 溶藻弧菌 /
- 生物信息学 /
- 基因簇 /
- 胞外多糖 /
- 生物膜 /
- 菌落形态
Abstract: Vibrio alginolyticus is one of the most important pathogens for seafood-borne infection in South China.Extracellular polysaccharides（EPSs） are a type of polysaccharides produced by bacteria with a complex structure,and affect the pathogenicity and environmental adaptability of pathogens.Genomic analysis shows that about four gene clusters related to the synthesis of exopolysaccharides exist in V.alginolyticus ZJ-51.In this study,bioinformatic analysis and verification experiment were used to find out the potential functions of two gene clusters of them,i.e.CPS1357 gene cluster and CPS4543 gene cluster.The results show that the gene cluster CPS4543 encoded three homologous proteins Wza-Wzb-Wzc forming an outer membrane transport system for polysaccharides synthesis,while CPS1357 encoded 17 proteins which were responsible for the synthesis,transportation and regulation of polysaccharides.However,the loss of these two gene clusters resulted in no change of EPSs biosynthesis,biofilm formation,colony morphology and mobility.This may be due to the fact that these two gene clusters were inhibited under the current test conditions or that some of special environmental factors were required to induce their expression.More studies of EPSs synthesis mechanism in V.alginolyticus should be taken to help better understand the adaptability of this species of bacteria in the environments.
- Vibrio alginolyticus /
- bioinformatics /
- gene cluster /
- exopolysaccharides /
- biofilm formation colony morphology /

[1]	张佳雯, 石胜梅, 温泽文, 李佩玉, 余治健, 杨琼, 李烁, 汤明星, 韦露. 切离酶XisF4的生信特征、调控与进化分析 . 热带生物学报（中英文）, 2026, 17(): 1-12. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250198
[2]	郑超凡, 仲崇浩, 王猛, 盛佳颖, 王艺凯, 黄家权, 陈庆河, 李东栋, 汤华. 榴莲LEA基因家族鉴定及低温胁迫表达分析 . 热带生物学报（中英文）, 2026, 17(): 1-15. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250167
[3]	叶家成子, 谢珍玉, 龙昊. 溶藻弧菌tatD基因功能初步分析 . 热带生物学报（中英文）, 2026, 17(2): 255-264. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240159
[4]	梁远莹, 杨勇, 谢珍玉, 龙昊. 溶藻弧菌nirB基因功能研究 . 热带生物学报（中英文）, 2026, 17(): 1-12. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250156
[5]	羊娥月, 李杨, 莫明珠, 杨东梅, 刘亚, 吴友根, 于靖. 越南油茶CdMYC2基因克隆、生物信息学分析与表达模式研究 . 热带生物学报（中英文）, 2026, 17(4): 578-586. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250031
[6]	许慧娴, 黎洁, 李梅儿, 张汝鑫, 王童欣, 李霆格, 赵莹, 王健. 睡莲KNOX基因家族鉴定及生物信息学分析 . 热带生物学报（中英文）, 2025, 16(6): 842-854. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250024
[7]	郭梦霞, 符祥壮, 周欣玮, 徐文, 王德欣, 余明, 柏骁. 不同氮负荷下ANAMMOX运行效能及菌群动态变化 . 热带生物学报（中英文）, 2025, 16(4): 616-626. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240053
[8]	段祺骅, 梅文莉, 杨琢, 朱家红, 戴好富, 谭志琼, 陈惠琴. 益智III型聚酮合酶基因AoPKS5的克隆及其表达分析 . 热带生物学报（中英文）, 2025, 17(): 1-12. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250148
[9]	金海峰, 王朝政, 侯清芳, 咸利民, 张华剑, 吴少英. 普通大蓟马MuRhodopsin基因的全长克隆及生物信息学分析 . 热带生物学报（中英文）, 2023, 14(6): 651-659. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20220105
[10]	武映宏, 黄东益, 王永, 张大鹏, 刘蕊, 孙熹微, 肖勇. 椰子ALDH基因家族的鉴定及生物信息学分析 . 热带生物学报（中英文）, 2022, 13(6): 541-549. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2022.06.001
[11]	王祖成, 马香, 李宏, 王丹, 唐鸿倩, 唐燕琼, 刘柱. 维氏气单胞菌flrB基因敲除株构建及其生物特性鉴定 . 热带生物学报（中英文）, 2021, 12(2): 161-166. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.02.004
[12]	白雪杨, 陈秀珍, 黄天帆, 江行玉, 周扬. 盐胁迫下拟南芥SCAMP基因克隆和表达的生物信息学分析 . 热带生物学报（中英文）, 2020, 11(2): 138-144. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.02.003
[13]	彭赟, 龙海飞, 贺瑞, 徐敏, 曾灿彬, 骆娟, 齐钊, 闫臻, 阮云泽, 何朝族, 汤华. 香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测 . 热带生物学报（中英文）, 2016, 7(2): 237-245. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.017
[14]	张玉叶, 黄宁, 肖新换, 黄珑, 苏炜华, 许莉萍, 阙友雄. 甘蔗B12D基因全长cDNA克隆与表达分析 . 热带生物学报（中英文）, 2014, 5(2): 111-119. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2014.02.011
[15]	龙云映, 张吕平, 韦露, 邓益琴, 陈偿. 溶藻弧菌在海水长期饥饿胁迫下的活性分析及菌落相变特征 . 热带生物学报（中英文）, 2014, 5(3): 199-207. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2014.03.001
[16]	李德军, 夏志辉, 李晓兵, 朱立煌. OsRRM1基因标记开发及生物信息学分析 . 热带生物学报（中英文）, 2013, 4(4): 308-312. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002
[17]	叶可勇, 陈瑶, 李瑞梅, 符少萍, 郭建春. 小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测 . 热带生物学报（中英文）, 2012, 3(3): 222-227. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013
[18]	胡文婷, 张凯, 刘海青, 韩泽新, 段秋红. 溶藻弧菌对华贵栉孔扇贝体内几种酶活性的影响 . 热带生物学报（中英文）, 2010, 1(4): 367-370. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.04.019
[19]	吴瑞, 朱家红, 张全琪, 张治礼. 巴西橡胶树LIM结构域基因克隆与生物信息学分析 . 热带生物学报（中英文）, 2010, 1(1): 62-66. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.01.019
[20]	齐兴柱, 胡文婷, 张俊芳, 黄俊生, 李军. 人类多囊肾病相关蛋白TMEM130基因的克隆及生物信息学分析 . 热带生物学报（中英文）, 2010, 1(2): 114-120. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.02.018

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两个溶藻弧菌胞外多糖合成基因簇的生物信息学分析

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2017.03.003

第一作者:
黄晓纯(1991-),女,中国科学院大学2014级硕士研究生.E-mail:swjshxc@163.com

通信作者:
陈偿(1976-),男,博士,研究员.E-mail:chen.chang@scsio.ac.cn

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作者简介:
黄晓纯(1991-),女,中国科学院大学2014级硕士研究生.E-mail:swjshxc@163.com

通讯作者: 陈偿(1976-),男,博士,研究员.E-mail:chen.chang@scsio.ac.cn

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第一作者: 黄晓纯(1991-),女,中国科学院大学2014级硕士研究生.E-mail:swjshxc@163.com

通信作者: 陈偿(1976-),男,博士,研究员.E-mail:chen.chang@scsio.ac.cn

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DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2017.03.003

作者简介: 黄晓纯(1991-),女,中国科学院大学2014级硕士研究生.E-mail:swjshxc@163.com

通讯作者: 陈偿(1976-),男,博士,研究员.E-mail:chen.chang@scsio.ac.cn

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黄晓纯(1991-),女,中国科学院大学2014级硕士研究生.E-mail:swjshxc@163.com

通信作者:
陈偿(1976-),男,博士,研究员.E-mail:chen.chang@scsio.ac.cn

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黄晓纯(1991-),女,中国科学院大学2014级硕士研究生.E-mail:swjshxc@163.com