海南坡鹿MD2 cDNA的克隆及其生物信息学分析

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海南坡鹿MD2 cDNA的克隆及其生物信息学分析

杜丽, 谢少林, 成鹰, 张晓茹, 匡文华, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 雷明, 刘涛, 王凤阳

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杜丽, 谢少林, 成鹰, 张晓茹, 匡文华, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 雷明, 刘涛, 王凤阳. 海南坡鹿MD2 cDNA的克隆及其生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2011, 2(1): 1-5. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.001

引用本文:

杜丽, 谢少林, 成鹰, 张晓茹, 匡文华, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 雷明, 刘涛, 王凤阳. 海南坡鹿MD2 cDNA的克隆及其生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2011, 2(1): 1-5. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.001

DU Li, XIE Shaolin, CHENG Ying, ZHANG Xiaoru, KUANG Wenhua, JIAO Hanwei, ZHANG Donglin, HAO Yongchang, LEI Ming, LIU Tao, WANG Fengyang. Cloning and Bioinformatics Analysis of MD2 cDNA from Hainan Eld’s deer[J]. Journal of Tropical Biology, 2011, 2(1): 1-5. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.001

Citation:

DU Li, XIE Shaolin, CHENG Ying, ZHANG Xiaoru, KUANG Wenhua, JIAO Hanwei, ZHANG Donglin, HAO Yongchang, LEI Ming, LIU Tao, WANG Fengyang. Cloning and Bioinformatics Analysis of MD2 cDNA from Hainan Eld’s deer[J]. Journal of Tropical Biology, 2011, 2(1): 1-5. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.001

海南坡鹿MD2 cDNA的克隆及其生物信息学分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.001

海南大学农学院, 海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室(筹), 海口市动物基因工程重点实验室, 海南海口 570228

基金项目:

国家自然科学基金资助项目(30560021)

第一作者:
杜丽（1973-），女，山西阳高人，海南大学农学院副教授，硕士，主要从事动物功能基因组学研究．

通信作者:
王凤阳(1970-),男,内蒙赤峰人,教授,博士,博士生导师.E-mail:kychang2008@163.com

中图分类号: Q786

Cloning and Bioinformatics Analysis of MD2 cDNA from Hainan Eld’s deer

College of Agriculture, Hainan University, Haina Key Lab of Tropical Animal Reproduction & Breeding and Epidemic Disease Research(Construction Period), Animal Genetic Engineering Key Lab of Haikou, Haikou 570228, China

摘要: 以海南坡鹿外周血白细胞总RNA为模板,利用RT-PCR技术,获得海南坡鹿MD2全长cDNA,并对其进行较系统的生物信息学分析,内容包括序列特征分析、同源性分析、编码蛋白质理化性质及结构预测。结果表明:海南坡鹿MD2的CDS序列长度为486 bp,编码160个氨基酸,与黄牛、人、欧洲兔、褐家鼠的核苷酸序列同源性分别为98.55%,77.43%,78.47%和74.74%。该基因编码的蛋白质相对分子质量约为19×103,理论等电点为8.18。对编码蛋白的分子结构预测发现,该蛋白为非跨膜蛋白,其二级结构中,α-螺旋占16.25%,β-折叠片占38.13%,无规则卷曲占45.63%。
- 海南坡鹿 /
- MD2 /
- 克隆 /
- 生物信息学分析
Abstract: Myeloid differential protein-2（MD2） cDNA of Hainan Eld’s deer（Cervus eldi hainanus） was amplified by RT-PCR and the sequences were analyzed.The bioinformatics analysis results indicated that MD2 cDNA ORF contained a 486 bp encoding 161 amino acids;compared to yellow cattle,human,rabbit and mouse,the nucleotide sequence homology of MD2 were 98.55%,77.43%,78.47% and 74.74%,respectively;relative molecular weight was 19 000,pI was 8.18.The molecular structure prediction results suggested that the protein was non-transmembrane protein,which contained 16.25% α-helix,38.13% β-meander,45.63 % random coil.
- Cervus eldi hainanus /
- MD2 /
- cloning /
- bioinformatics analysis

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[2]	羊娥月, 李杨, 莫明珠, 杨东梅, 刘亚, 吴友根, 于靖. 越南油茶CdMYC2基因克隆、生物信息学分析与表达模式研究 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-9. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250031
[3]	贾素行, 朱寿松, 符仁稳, 李春霞, 陈银华. 木薯MePPD3基因的克隆及功能分析 . 热带生物学报, 2024, 15(1): 10-18. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230035
[4]	金海峰, 王朝政, 侯清芳, 咸利民, 张华剑, 吴少英. 普通大蓟马MuRhodopsin基因的全长克隆及生物信息学分析 . 热带生物学报, 2023, 14(6): 651-659. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20220105
[5]	刘红东, 党一敏, 王英, 高和琼, 庄南生. 巴西橡胶树雄性不育相关候选基因HbXTH23的表达 . 热带生物学报, 2022, 13(6): 550-557. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2022.06.002
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[9]	白雪杨, 陈秀珍, 黄天帆, 江行玉, 周扬. 盐胁迫下拟南芥SCAMP基因克隆和表达的生物信息学分析 . 热带生物学报, 2020, 11(2): 138-144. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.02.003
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[17]	廖文彬, 彭明. 木薯赤霉素途径DELLA蛋白基因克隆及其对干旱胁迫的响应 . 热带生物学报, 2012, 3(4): 298-304. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.04.004
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[20]	张晓茹, 匡文华, 成鹰, 杜丽, 雷明, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 祁超, 王凤阳. 水牛Cdc42 cDNA的克隆与生物信息学分析 . 热带生物学报, 2011, 2(4): 349-354. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.019

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海南坡鹿MD2 cDNA的克隆及其生物信息学分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.001

海南大学农学院, 海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室(筹), 海口市动物基因工程重点实验室, 海南海口 570228

基金项目:

国家自然科学基金资助项目(30560021)

作者简介:
杜丽（1973-），女，山西阳高人，海南大学农学院副教授，硕士，主要从事动物功能基因组学研究．

通讯作者: 王凤阳(1970-),男,内蒙赤峰人,教授,博士,博士生导师.E-mail:kychang2008@163.com

收稿日期: 2011-01-16

中图分类号: Q786

关键词:

MD2 /

生物信息学分析

摘要: 以海南坡鹿外周血白细胞总RNA为模板,利用RT-PCR技术,获得海南坡鹿MD2全长cDNA,并对其进行较系统的生物信息学分析,内容包括序列特征分析、同源性分析、编码蛋白质理化性质及结构预测。结果表明:海南坡鹿MD2的CDS序列长度为486 bp,编码160个氨基酸,与黄牛、人、欧洲兔、褐家鼠的核苷酸序列同源性分别为98.55%,77.43%,78.47%和74.74%。该基因编码的蛋白质相对分子质量约为19×103,理论等电点为8.18。对编码蛋白的分子结构预测发现,该蛋白为非跨膜蛋白,其二级结构中,α-螺旋占16.25%,β-折叠片占38.13%,无规则卷曲占45.63%。

English Abstract

杜丽, 谢少林, 成鹰, 张晓茹, 匡文华, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 雷明, 刘涛, 王凤阳. 海南坡鹿MD2 cDNA的克隆及其生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2011, 2(1): 1-5. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.001

引用本文:

杜丽, 谢少林, 成鹰, 张晓茹, 匡文华, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 雷明, 刘涛, 王凤阳. 海南坡鹿MD2 cDNA的克隆及其生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2011, 2(1): 1-5. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.001

DU Li, XIE Shaolin, CHENG Ying, ZHANG Xiaoru, KUANG Wenhua, JIAO Hanwei, ZHANG Donglin, HAO Yongchang, LEI Ming, LIU Tao, WANG Fengyang. Cloning and Bioinformatics Analysis of MD2 cDNA from Hainan Eld’s deer[J]. Journal of Tropical Biology, 2011, 2(1): 1-5. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.001

Citation:

DU Li, XIE Shaolin, CHENG Ying, ZHANG Xiaoru, KUANG Wenhua, JIAO Hanwei, ZHANG Donglin, HAO Yongchang, LEI Ming, LIU Tao, WANG Fengyang. Cloning and Bioinformatics Analysis of MD2 cDNA from Hainan Eld’s deer[J]. Journal of Tropical Biology, 2011, 2(1): 1-5. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.001

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