<i>OsRRM</i>1基因标记开发及生物信息学分析

李德军; 夏志辉; 李晓兵; 朱立煌

doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002

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OsRRM1基因标记开发及生物信息学分析

李德军, 夏志辉, 李晓兵, 朱立煌

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李德军, 夏志辉, 李晓兵, 朱立煌. OsRRM1基因标记开发及生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2013, 4(4): 308-312. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002

引用本文:

李德军, 夏志辉, 李晓兵, 朱立煌. OsRRM1基因标记开发及生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2013, 4(4): 308-312. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002

LI Dejun, XIA Zhihui, LI Xiaobing, ZHU Lihuang. Developing of Molecular Marker and Bioinformatic Analysis of OsRRM1[J]. Journal of Tropical Biology, 2013, 4(4): 308-312. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002

Citation:

LI Dejun, XIA Zhihui, LI Xiaobing, ZHU Lihuang. Developing of Molecular Marker and Bioinformatic Analysis of OsRRM1[J]. Journal of Tropical Biology, 2013, 4(4): 308-312. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002

OsRRM1基因标记开发及生物信息学分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002

李德军^1,2,
夏志辉^1,3,
李晓兵¹,
朱立煌^1, ,

1. 中国科学院遗传与发育生物学研究所, 北京 100101;
2. 中国热带农业科学院橡胶研究所, 海南儋州 571737;
3. 海南大学农学院, 海南海口 570228

基金项目:

国家转基因重大专项(2013ZX08009-001-005)

国家自然科学基金(31071173)

详细信息

第一作者:
李德军(1975-),男,辽宁朝阳人,中国热带农业科学院橡胶研究所副研究员,硕士生导师.E-mail:djli.rricatas@gmail.com

通信作者:
朱立煌(1943-),男,上海人,中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员,博士生导师.E-mail:lhzhu@genetics.ac.cn

中图分类号: Q812

Developing of Molecular Marker and Bioinformatic Analysis of OsRRM1

LI Dejun^1,2,
XIA Zhihui^1,3,
LI Xiaobing¹,
ZHU Lihuang^{1
, ,}

1. Institute of Genetics and Developmental Biology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China;
2. Rubber Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Danzhou 571737, China;
3. College of Agronomy, Hainan University, Haikou 570228, China

摘要: 通过水稻杂种优势芯片中OS009387_s_at Oligo位点序列比对获得该位点对应的基因（OsRRM1）,基因结构分析表明,OsRRM1具有3个内含子和4个外显子,第1个内含子中序列插入/缺失可开发成分子标记。生物信息学分析结果显示,OsRRM1蛋白由转运肽、酸性结构域和RRM结构域组成,OsRRM1位点周围有影响水稻分蘖数、花粉育性和株高等多个性状的QTLs,以上研究为OsRRM1功能分析和分子标记在水稻中的应用奠定基础。
- 水稻 /
- OsRRM1基因 /
- 分子标记
Abstract: The OsRRM1 was identified by aligning the sequences of OS009387_s_at Oligo with the genes developed from heterosis microarray in rice. The results from gene structure showed that OsRRM1 contained three introns and four exons,and developed insertion / deletion（ InDel） marker within the first intron. OsRRM1 was composed of transit peptide,acidic domain and RNA recognition motif. The QTLs related to traits such as tiller number,pollen fertility,plant height,etc,were mapped around OsRRM1 by some researchers. These studies laid foundation for studying the function of OsRRM1 and utilizing the InDel marker of OsRRM1 in rice.
- rice /
- OsRRM1 /
- molecular marker

[1]	王祥镖, 夏志辉, 翟虎渠, 任杰, 曹兵. 利用新型电子加速器辐照诱变水稻的研究初报 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-5. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250048
[2]	玉文华, 李睿, 刘文波, 缪卫国, 王佳楠. 水稻细菌性条斑病菌重组酶聚合酶扩增快速检测方法的建立 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-10. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250004
[3]	智博洋, 雷龙, 黄思曙, 刘贤青, 罗杰. 水稻环阿屯醇C-24甲基转移酶的克隆及功能研究 . 热带生物学报, 2025, 16(1): 1-12. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240070
[4]	张鸾娟, 焦斌, 吕宝乾, 孙强, 卢辉, 唐继洪, 张起恺, 占军平. 海南水稻产业发展瓶颈及解决路径 . 热带生物学报, 2025, 16(3): 357-362. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240111
[5]	杨敏, 黄婧, 曹毓杰, 李东栋, 郑育声. 基于转录组的蛇皮果雌雄株差异基因的筛选和性别鉴定 . 热带生物学报, 2025, 16(1): 13-20. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240110
[6]	卢东莹, 陈杰, 李慈云, 杨健飞, 牛晓磊. 基于BSA-seq对一个水稻类病斑基因的初步定位 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-11. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250022
[7]	邹海平, 张京红, 李伟光, 陈小敏, 白蕤, 吕润. 海南岛水稻需水量与缺水量的时空变化特征 . 热带生物学报, 2023, 14(5): 569-576. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230074
[8]	何桢锐, 黄晓彤, 舒灿伟, 周而勋. 稻瘟病菌真菌病毒的研究进展 . 热带生物学报, 2021, 12(3): 385-392. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.03.017
[9]	张耀元, 刘玲, 周秀娟, 房传营, 王守创, 丁元昊, 罗杰. 转录组和代谢组揭示独脚金内酯缺失影响水稻根和叶中的脂质和黄酮代谢 . 热带生物学报, 2020, 11(4): 415-425. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.04.004
[10]	顾骁, 吴孚桂, 刘慧芳, 聂佳俊, 高鸿, 马启林. 30份水稻材料的耐盐性鉴定与评价 . 热带生物学报, 2020, 11(3): 314-323. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.03.009
[11]	王丹阳, 范亚飞, 周扬, 罗明华, 江行玉, 罗越华, 夏幽泉. 水稻OsNHX5基因的亚细胞定位及表达分析 . 热带生物学报, 2019, 10(2): 106-110,134. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.002
[12]	张若依云, 何美丹, 李栋, 袁睿智, 李润, 袁潜华, 裴新梧. 不同水深条件对普通野生稻及其转基因水稻杂种F₁的影响 . 热带生物学报, 2016, 7(3): 325-331. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.03.008
[13]	肖晓蓉, 苏桐慧, 廖华兰, 黎秀琼, 汪德锋, 符秀梅, 陈银华, 牛晓磊. 水稻OsCERK2转基因后代的鉴定与分析 . 热带生物学报, 2015, 6(2): 141-146. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.02.006
[14]	赖茂良, 孙仁毅, 程江波, 聂风琴, 邢诒旺, 林道哲, 符文英. 海巴戟DNA提取方法及SRAP分子标记聚类分析 . 热带生物学报, 2014, 5(4): 368-373. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2014.04.011
[15]	高志亮, 肖晓蓉, 陈艳, 黎秀琼, 符秀梅, 林道哲, 陈银华. 水稻OsNHO1基因cDNA序列分离及表达分析 . 热带生物学报, 2014, 5(1): 30-35. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2014.01.001
[16]	汪德锋, 陈艳, 肖文芳, 符秀梅, 肖晓蓉, 黎秀琼, 庞金环, 陈银华. 水稻OsCERK2转基因植株的获得及初步分析 . 热带生物学报, 2013, 4(2): 146-152,159. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.02.009
[17]	乔健, 徐立新, 俞欢慧, 李厚奇, 袁潜华. 普通野生稻及其与转bar基因水稻杂交F₁代的生存竞争力 . 热带生物学报, 2013, 4(2): 153-159. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.02.010
[18]	曹玉鑫, 花龙, 赵天龙, 李明容, 夏志辉. Xa21全生育期表达载体的构建 . 热带生物学报, 2013, 4(2): 133-137,145. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.02.001
[19]	王雪兵, 于旭东, 朱会军, 吴繁花, 黄小凤, 胡新文. 巢蕨基因组DNA提取与RAPD反应体系优化 . 热带生物学报, 2012, 3(4): 379-383386. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.04.019
[20]	罗文杰, 袁潜华, 张加, 宋忠华, 周玉. 4个水稻光温敏核不育系在海口的育性表现 . 热带生物学报, 2011, 2(4): 328-332. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.012

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OsRRM1基因标记开发及生物信息学分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002

1. 中国科学院遗传与发育生物学研究所, 北京 100101;

2. 中国热带农业科学院橡胶研究所, 海南儋州 571737;

3. 海南大学农学院, 海南海口 570228

基金项目:

国家转基因重大专项(2013ZX08009-001-005)

国家自然科学基金(31071173)

作者简介:
李德军(1975-),男,辽宁朝阳人,中国热带农业科学院橡胶研究所副研究员,硕士生导师.E-mail:djli.rricatas@gmail.com

通讯作者: 朱立煌(1943-),男,上海人,中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员,博士生导师.E-mail:lhzhu@genetics.ac.cn

收稿日期: 2013-10-22

中图分类号: Q812

关键词:

水稻 /

OsRRM1基因 /

分子标记

摘要: 通过水稻杂种优势芯片中OS009387_s_at Oligo位点序列比对获得该位点对应的基因（OsRRM1）,基因结构分析表明,OsRRM1具有3个内含子和4个外显子,第1个内含子中序列插入/缺失可开发成分子标记。生物信息学分析结果显示,OsRRM1蛋白由转运肽、酸性结构域和RRM结构域组成,OsRRM1位点周围有影响水稻分蘖数、花粉育性和株高等多个性状的QTLs,以上研究为OsRRM1功能分析和分子标记在水稻中的应用奠定基础。

English Abstract

李德军, 夏志辉, 李晓兵, 朱立煌. OsRRM1基因标记开发及生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2013, 4(4): 308-312. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002

引用本文:

李德军, 夏志辉, 李晓兵, 朱立煌. OsRRM1基因标记开发及生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2013, 4(4): 308-312. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002

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OsRRM1基因标记开发及生物信息学分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002

第一作者:
李德军(1975-),男,辽宁朝阳人,中国热带农业科学院橡胶研究所副研究员,硕士生导师.E-mail:djli.rricatas@gmail.com

通信作者:
朱立煌(1943-),男,上海人,中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员,博士生导师.E-mail:lhzhu@genetics.ac.cn

Developing of Molecular Marker and Bioinformatic Analysis of OsRRM1

计量

OsRRM1基因标记开发及生物信息学分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002

1. 中国科学院遗传与发育生物学研究所, 北京 100101;

2. 中国热带农业科学院橡胶研究所, 海南儋州 571737;

3. 海南大学农学院, 海南海口 570228

作者简介:
李德军(1975-),男,辽宁朝阳人,中国热带农业科学院橡胶研究所副研究员,硕士生导师.E-mail:djli.rricatas@gmail.com

通讯作者: 朱立煌(1943-),男,上海人,中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员,博士生导师.E-mail:lhzhu@genetics.ac.cn

English Abstract

Developing of Molecular Marker and Bioinformatic Analysis of OsRRM1

1. Institute of Genetics and Developmental Biology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China;

2. Rubber Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Danzhou 571737, China;

3. College of Agronomy, Hainan University, Haikou 570228, China

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OsRRM1基因标记开发及生物信息学分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002

第一作者: 李德军(1975-),男,辽宁朝阳人,中国热带农业科学院橡胶研究所副研究员,硕士生导师.E-mail:djli.rricatas@gmail.com

通信作者: 朱立煌(1943-),男,上海人,中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员,博士生导师.E-mail:lhzhu@genetics.ac.cn

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出版历程

OsRRM1基因标记开发及生物信息学分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2013.04.002

1. 中国科学院遗传与发育生物学研究所, 北京 100101; 2. 中国热带农业科学院橡胶研究所, 海南儋州 571737; 3. 海南大学农学院, 海南海口 570228

作者简介: 李德军(1975-),男,辽宁朝阳人,中国热带农业科学院橡胶研究所副研究员,硕士生导师.E-mail:djli.rricatas@gmail.com

通讯作者: 朱立煌(1943-),男,上海人,中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员,博士生导师.E-mail:lhzhu@genetics.ac.cn

English Abstract

Developing of Molecular Marker and Bioinformatic Analysis of OsRRM1

1. Institute of Genetics and Developmental Biology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China; 2. Rubber Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Danzhou 571737, China; 3. College of Agronomy, Hainan University, Haikou 570228, China

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第一作者:
李德军(1975-),男,辽宁朝阳人,中国热带农业科学院橡胶研究所副研究员,硕士生导师.E-mail:djli.rricatas@gmail.com

通信作者:
朱立煌(1943-),男,上海人,中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员,博士生导师.E-mail:lhzhu@genetics.ac.cn

1. 中国科学院遗传与发育生物学研究所, 北京 100101;

2. 中国热带农业科学院橡胶研究所, 海南儋州 571737;

3. 海南大学农学院, 海南海口 570228

作者简介:
李德军(1975-),男,辽宁朝阳人,中国热带农业科学院橡胶研究所副研究员,硕士生导师.E-mail:djli.rricatas@gmail.com

1. Institute of Genetics and Developmental Biology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China;

2. Rubber Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Danzhou 571737, China;

3. College of Agronomy, Hainan University, Haikou 570228, China