水牛Cdc42 cDNA的克隆与生物信息学分析

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水牛Cdc42 cDNA的克隆与生物信息学分析

张晓茹, 匡文华, 成鹰, 杜丽, 雷明, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 祁超, 王凤阳

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张晓茹, 匡文华, 成鹰, 杜丽, 雷明, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 祁超, 王凤阳. 水牛Cdc42 cDNA的克隆与生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2011, 2(4): 349-354. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.019

引用本文:

张晓茹, 匡文华, 成鹰, 杜丽, 雷明, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 祁超, 王凤阳. 水牛Cdc42 cDNA的克隆与生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2011, 2(4): 349-354. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.019

ZHANG Xiaoru, KUANG Wenhua, CHENG Ying, DU Li, LEI Ming, JIAO Hanwei, ZHANG Donglin, HAO Yongchang, QI Chao, WANG Fengyang. Cloning and Sequence Analysis of Cdc42 cDNA from Buffalo[J]. Journal of Tropical Biology, 2011, 2(4): 349-354. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.019

Citation:

ZHANG Xiaoru, KUANG Wenhua, CHENG Ying, DU Li, LEI Ming, JIAO Hanwei, ZHANG Donglin, HAO Yongchang, QI Chao, WANG Fengyang. Cloning and Sequence Analysis of Cdc42 cDNA from Buffalo[J]. Journal of Tropical Biology, 2011, 2(4): 349-354. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.019

水牛Cdc42 cDNA的克隆与生物信息学分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.019

张晓茹^1,2,
匡文华^1,2,
成鹰¹,
杜丽¹,
雷明¹,
焦寒伟¹,
张冬琳¹,
郝永昌¹,
祁超²,
王凤阳^1, ,

1. 海南大学农学院/海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室(筹)/海口市动物基因工程重点实验室, 海南海口 570228;
2. 华中师范大学生命科学学院, 湖北武汉 430079

基金项目:

国家转基因生物新品种培育重大专项(2009ZX08007-009B)

第一作者:
张晓茹(1985-),女,湖北武汉人,华中师范大学生命科学学院2009 级硕士研究生.

通信作者:
王凤阳(1970-),男,教授,博导,主要从事动物功能基因组学研究.E-mail:fywang68@hotmail.com

中图分类号: S823.8⁺3

Cloning and Sequence Analysis of Cdc42 cDNA from Buffalo

1. College of Agriculture, Hainan University, Hainan Key Lab of Tropical Animal Reproduction & Breeding and Epidemic Disease Research (Construction Period), Animal Genetic Engineering Key Lab of Haikou, Haikou 570228, China;
2. College of Life Sciences, Huazhong Normal University, Wuhan 430079, China

摘要: 通过RT-PCR扩增得到水牛细胞分裂周期蛋白42(Cdc42)cDNA序列,将扩增产物与pMD20-T载体连接,重组质粒经PCR、酶切鉴定后测序并进行生物信息学分析。结果表明:克隆得到的序列全长626bp,含有1个大小为576bp的开放阅读框,共编码191个氨基酸,相对分子质量为21.3×10³,理论等电点为6.16;Cdc42 ORF序列与Genbank上登载的黄牛、狗、小鼠和人的核苷酸序列同源性分别为99.65%、96.70%、94.97%和94.10%,具有很高的相似性;该蛋白为非跨膜蛋白,存在1个RHO结构域。
- Cdc42 /
- 水牛 /
- 基因克隆 /
- 生物信息学分析
Abstract: The objective of the study was to clone full-length cDNA of Cdc42（Cell division cycle 42） gene of buffalo and analyze this gene.RT-PCR were performed to clone Cdc42 cDNA from buffalo, and the cloned Cdc42 cDNA sequence had been sent to GeneBank and got a accession number:JN380079.The bioinformatics analysis results showed that the Cdc42 cDNA sequence was 626 bp length,containing an open reading frame of 576 bp,encoding 191 amino acids.Relative molecular weight was 21.3 kD,pI was 6.16.Further analysis results indicated that the homology of Cdc42 gene of buffalo are 99.65%, 96.70%, 94.97% and 94.10%, compared to cattle, dog, mouse and human, respectively; the protein was non-transmembrane protein, which include a RHO domain. These results set a strong basis for further research of the function of Cdc42 of buffalo.
- Cdc42 /
- Buffalo /
- cloning /
- bioinformatics analysis

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[20]	杜丽, 谢少林, 成鹰, 张晓茹, 匡文华, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 雷明, 刘涛, 王凤阳. 海南坡鹿MD2 cDNA的克隆及其生物信息学分析 . 热带生物学报, 2011, 2(1): 1-5. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.001

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水牛Cdc42 cDNA的克隆与生物信息学分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.019

1. 海南大学农学院/海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室(筹)/海口市动物基因工程重点实验室, 海南海口 570228;

2. 华中师范大学生命科学学院, 湖北武汉 430079

基金项目:

国家转基因生物新品种培育重大专项(2009ZX08007-009B)

作者简介:
张晓茹(1985-),女,湖北武汉人,华中师范大学生命科学学院2009 级硕士研究生.

通讯作者: 王凤阳(1970-),男,教授,博导,主要从事动物功能基因组学研究.E-mail:fywang68@hotmail.com

收稿日期: 2011-09-28

中图分类号: S823.8⁺3

关键词:

生物信息学分析

摘要: 通过RT-PCR扩增得到水牛细胞分裂周期蛋白42(Cdc42)cDNA序列,将扩增产物与pMD20-T载体连接,重组质粒经PCR、酶切鉴定后测序并进行生物信息学分析。结果表明:克隆得到的序列全长626bp,含有1个大小为576bp的开放阅读框,共编码191个氨基酸,相对分子质量为21.3×10³,理论等电点为6.16;Cdc42 ORF序列与Genbank上登载的黄牛、狗、小鼠和人的核苷酸序列同源性分别为99.65%、96.70%、94.97%和94.10%,具有很高的相似性;该蛋白为非跨膜蛋白,存在1个RHO结构域。

English Abstract

张晓茹, 匡文华, 成鹰, 杜丽, 雷明, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 祁超, 王凤阳. 水牛Cdc42 cDNA的克隆与生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2011, 2(4): 349-354. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.019

引用本文:

张晓茹, 匡文华, 成鹰, 杜丽, 雷明, 焦寒伟, 张冬琳, 郝永昌, 祁超, 王凤阳. 水牛Cdc42 cDNA的克隆与生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2011, 2(4): 349-354. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.019

ZHANG Xiaoru, KUANG Wenhua, CHENG Ying, DU Li, LEI Ming, JIAO Hanwei, ZHANG Donglin, HAO Yongchang, QI Chao, WANG Fengyang. Cloning and Sequence Analysis of Cdc42 cDNA from Buffalo[J]. Journal of Tropical Biology, 2011, 2(4): 349-354. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.019

Citation:

ZHANG Xiaoru, KUANG Wenhua, CHENG Ying, DU Li, LEI Ming, JIAO Hanwei, ZHANG Donglin, HAO Yongchang, QI Chao, WANG Fengyang. Cloning and Sequence Analysis of Cdc42 cDNA from Buffalo[J]. Journal of Tropical Biology, 2011, 2(4): 349-354. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.04.019

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