蓖麻<i>WRKY</i>14基因的鉴别与信息分析

黄启星; 郭安平; 杨礼富; 邹智

doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.04.005

蓖麻WRKY14基因的鉴别与信息分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.04.005

黄启星^1,2,
郭安平²,
杨礼富¹,
邹智^1, ,

1. 中国热带农业科学院橡胶研究所/农业部橡胶树生物学与遗传资源利用重点实验室, 海南儋州 571737;
2. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所/农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室, 海南海口 571101

基金项目:

海南省自然科学基金(312026)

中国热带农业科学院橡胶研究所基本科研业务费专项(1630022011014)

转基因新品种培育重大专项(008ZX08012-04)

海南省重点科技项目(90107)

详细信息

第一作者:
黄启星(1981-),男,广东南雄人,中国热带农业科学院橡胶研究所助理研究员,博士.

通信作者:
邹智(1982-),男,助理研究员,硕士.研究方向:植物抗逆生物学.E-mail:zouzhi2008@126.com

中图分类号: S565.6

In silico Identification and Bioinformatic Analysis of Castor Bean WRKY14 Gene

1. Key Laboratory of Biology and Genetic Resources of Rubber Tree, Ministry of Agriculture/Rubber Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Danzhou 571737, China;
2. Institute of Tropical Biosciences and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences/Ministry of Agriculture Key Laboratory of Biology and Genetic Resources of Tropical Crops, Haikou 571101, China

摘要: 基于已公布的蓖麻基因组序列,利用电子克隆技术纠正了拼接错误的WRKY基因序列,获得蓖麻WRKY14基因信息。结果表明:该基因含有3个内含子,编码318个氨基酸的多肽,理论相对分子质量为35.49×103,等电点为8.64,总平均亲水性为-0.803,不稳定系数为46.88,核定位,属于不稳定的亲水性核定位蛋白;该蛋白含有1个WRKY结构域,其基序为WRKYGQK_X_13_C_X_5_C_X_23_H_X_1_H_,保守内含子位于199位的K和200位的V之间,可归为Ⅱ大类a亚类;RcWRKY14的启动子区含有多种激素和胁迫应答相关元件RcWRKY14在叶片、花、胚乳和种子中都有表达,其中在花中的表达量最高,种子和叶片中次之,胚乳中最低。
- 蓖麻 /
- WRKY /
- 转录因子 /
- 电子克隆 /
- 生物信息学分析
Abstract: WRKY is a plant-specific transcription factor that could be a key regulator in the stress response processes of castor bean（Ricinus communis L.）.Consulting the published castor bean genome information,we corrected some gene annotation errors and successfully obtained castor bean RcWRKY14 gene by In silico cloning.Bioinformatic analysis showed that RcWRKY14 contains three introns,encoding a peptide of 318 amino acids,and that it is nuclear localized.RcWRKY14 encodes an unstable and hydrophilic protein with a theoretical molecular weight of 35.49 kDa,isoelectric point of 8.64,total average hydrophilic of-0.803,instability coefficient（II） of 46.88.The protein contains one WRKY domain with a pattern of WRKYGQK_X_13_C_X_5_C_X_23_H_X_1_H_.The conservative intron is located between site 199（K amino acid residue） and site 200（V amino acid residue） in the WRKY domain of RcWRKY14.The protein could be classified into subclass a under class II.Further analysis showed that a variety of hormone and stress-responsive cis-acting regulatory elements were found in the promoter region of RcWRKY14.Gene expression analysis showed that RcWRKY14 was expressed in castor bean leaves,flowers,endosperms and seeds,with the highest expression level in flowers,the lower in seeds and leaves and the lowest in the endosperms.
- Ricinus communis L. /
- WRKY /
- transcription factor /
- In silico cloning /
- bioinformatic analysis

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蓖麻WRKY14基因的鉴别与信息分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.04.005

第一作者:
黄启星(1981-),男,广东南雄人,中国热带农业科学院橡胶研究所助理研究员,博士.

通信作者:
邹智(1982-),男,助理研究员,硕士.研究方向:植物抗逆生物学.E-mail:zouzhi2008@126.com

In silico Identification and Bioinformatic Analysis of Castor Bean WRKY14 Gene

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蓖麻WRKY14基因的鉴别与信息分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.04.005

1. 中国热带农业科学院橡胶研究所/农业部橡胶树生物学与遗传资源利用重点实验室, 海南儋州 571737;

2. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所/农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室, 海南海口 571101

作者简介:
黄启星(1981-),男,广东南雄人,中国热带农业科学院橡胶研究所助理研究员,博士.

通讯作者: 邹智(1982-),男,助理研究员,硕士.研究方向:植物抗逆生物学.E-mail:zouzhi2008@126.com

English Abstract

In silico Identification and Bioinformatic Analysis of Castor Bean WRKY14 Gene

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蓖麻WRKY14基因的鉴别与信息分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.04.005

第一作者: 黄启星(1981-),男,广东南雄人,中国热带农业科学院橡胶研究所助理研究员,博士.

通信作者: 邹智(1982-),男,助理研究员,硕士.研究方向:植物抗逆生物学.E-mail:zouzhi2008@126.com

In silico Identification and Bioinformatic Analysis of Castor Bean WRKY14 Gene

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出版历程

蓖麻WRKY14基因的鉴别与信息分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.04.005

1. 中国热带农业科学院 橡胶研究所/农业部橡胶树生物学与遗传资源利用重点实验室, 海南 儋州 571737; 2. 中国热带农业科学院 热带生物技术研究所/农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室, 海南 海口 571101

作者简介: 黄启星(1981-),男,广东南雄人,中国热带农业科学院橡胶研究所助理研究员,博士.

通讯作者: 邹智(1982-),男,助理研究员,硕士.研究方向:植物抗逆生物学.E-mail:zouzhi2008@126.com

English Abstract

In silico Identification and Bioinformatic Analysis of Castor Bean WRKY14 Gene

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第一作者:
黄启星(1981-),男,广东南雄人,中国热带农业科学院橡胶研究所助理研究员,博士.

通信作者:
邹智(1982-),男,助理研究员,硕士.研究方向:植物抗逆生物学.E-mail:zouzhi2008@126.com

1. 中国热带农业科学院橡胶研究所/农业部橡胶树生物学与遗传资源利用重点实验室, 海南儋州 571737;

2. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所/农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室, 海南海口 571101

作者简介:
黄启星(1981-),男,广东南雄人,中国热带农业科学院橡胶研究所助理研究员,博士.