小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

叶可勇; 陈瑶; 李瑞梅; 符少萍; 郭建春

doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013

小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013

1. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海南海口 571101;
2. 中国热带农业科学院科技信息研究所, 海南海口 571101

基金项目:

中央级公益性科研院所基本科研项目(ITBB110218)

国家自然科学基金(30860151

国家高技术研究发展计划(863计划)(2009AA10Z102)

31160061)

国家木薯产业技术体系项目

国家973重大基础性研究项目(2010CB126600)

31170234

详细信息

第一作者:
叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

通信作者:
郭建春,女,博士,研究员,E-mail:jianchunguoh@163.com

中图分类号: S668.1

Bioinformatic Prediction of Conserved microRNAs and Their Target Genes in Musa acuminata

1. Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China;
2. Scientific and Technological Information Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China

摘要: 通过基于表达序列标签(EST)、基因组勘测序列(GSS)和高通量测序基因组序列(HTGS)的同源序列比对搜索,以及一系列的标准筛选,最终预测到属于8个家族的10条小果野蕉miRNAs。在线软件psRNATarget预测到24对miRNAs与靶基因的互作,这些靶基因主要参与小果野蕉的新陈代谢、生长发育以及胁迫响应等过程。
- 小果野蕉 /
- microRNAs(miRNAs) /
- 靶基因 /
- 生物信息学
Abstract: MicroRNAs （miRNAs） are small RNAs （sRNA） that regulate post-transcriptional gene expression by cleaving or inhibiting the translation of target gene transcripts. Based on the conservation of miRNAs in many plant species and the currently available genome sequence, 10 individual conserved miRNAs have been predicted in Musa acuminata, and these miRNAs were found to belong to 8 families. Online psRNATagret software was run and 24 pairs of miRNAs were predicted to interact with their targets in Musa acuminata, and these target genes are involved in metabolism, development, response to biotic and abiotic stresses, and other cellular processes. This study has provided information on Musa acuminata miRNAs and their targets for future studies.
- Musa acuminate /
- microRNAs （miRNAs） /
- target gene /
- bioinformatics

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小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013

第一作者:
叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

通信作者:
郭建春,女,博士,研究员,E-mail:jianchunguoh@163.com

Bioinformatic Prediction of Conserved microRNAs and Their Target Genes in Musa acuminata

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小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013

1. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海南海口 571101;

2. 中国热带农业科学院科技信息研究所, 海南海口 571101

作者简介:
叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

通讯作者: 郭建春,女,博士,研究员,E-mail:jianchunguoh@163.com

English Abstract

Bioinformatic Prediction of Conserved microRNAs and Their Target Genes in Musa acuminata

1. Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China;

2. Scientific and Technological Information Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China

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DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013

第一作者: 叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

通信作者: 郭建春,女,博士,研究员,E-mail:jianchunguoh@163.com

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小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2012.03.013

1. 中国热带农业科学院 热带生物技术研究所, 海南 海口 571101; 2. 中国热带农业科学院 科技信息研究所, 海南 海口 571101

作者简介: 叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

通讯作者: 郭建春,女,博士,研究员,E-mail:jianchunguoh@163.com

English Abstract

Bioinformatic Prediction of Conserved microRNAs and Their Target Genes in Musa acuminata

1. Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China; 2. Scientific and Technological Information Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China

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叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

通信作者:
郭建春,女,博士,研究员,E-mail:jianchunguoh@163.com

1. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海南海口 571101;

2. 中国热带农业科学院科技信息研究所, 海南海口 571101

作者简介:
叶可勇(1986-),男,浙江温州人,中国热带农业科学院热带生物技术研究所研究实习员.

1. Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China;

2. Scientific and Technological Information Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China