人类多囊肾病相关蛋白TMEM130基因的克隆及生物信息学分析

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人类多囊肾病相关蛋白TMEM130基因的克隆及生物信息学分析

齐兴柱, 胡文婷, 张俊芳, 黄俊生, 李军

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齐兴柱, 胡文婷, 张俊芳, 黄俊生, 李军. 人类多囊肾病相关蛋白TMEM130基因的克隆及生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2010, 1(2): 114-120. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.02.018

引用本文:

齐兴柱, 胡文婷, 张俊芳, 黄俊生, 李军. 人类多囊肾病相关蛋白TMEM130基因的克隆及生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2010, 1(2): 114-120. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.02.018

QI Xing-zhu, HU Wen-ting, ZHANG Jun-fang, HUANG Jun-sheng, LI Jun. Cloning and Bioinformatics Analysis of Human Polycystic Kidney Disease-related Protein TMEM130[J]. Journal of Tropical Biology, 2010, 1(2): 114-120. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.02.018

Citation:

QI Xing-zhu, HU Wen-ting, ZHANG Jun-fang, HUANG Jun-sheng, LI Jun. Cloning and Bioinformatics Analysis of Human Polycystic Kidney Disease-related Protein TMEM130[J]. Journal of Tropical Biology, 2010, 1(2): 114-120. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.02.018

人类多囊肾病相关蛋白TMEM130基因的克隆及生物信息学分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.02.018

齐兴柱^1,2,
胡文婷¹,
张俊芳^2,3,
黄俊生^2,3,
李军¹

1. 海南大学海洋学院, 海南海口 570228;
2. 海南大学农学院, 海南海口 570228;
3. 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所, 海南儋州 571737

基金项目:

海南省教育厅高等学校科研项目(Hjkj2010-13)

海南省自然科学基金(808122)

海南热带水生生物技术重点实验室开放基金(shkyjj0801)

第一作者:
齐兴柱(1973-)，男，湖南津市人，海南大学农学院2009级在职博士研究生.

中图分类号: R318.04

Cloning and Bioinformatics Analysis of Human Polycystic Kidney Disease-related Protein TMEM130

1. Ocean College, Hainan University, Haikou 570228, China;
2. Agricultural College, Hainan University, Danzhou 571737, China;
3. Environment and Plant Protection Institute, CATAS, Danzhou 571737, China

摘要: 以递交到GenBank上的TMEM130蛋白基因序列(nm-152913)为模板设计引物,以人大脑cDNA文库为模板进行巢氏PCR扩增,并将PCR产物克隆到pMD18-T载体上,成功获得TMEM130蛋白基因编码序列,测序结果显示,获得的序列为TMEM130蛋白基因转录变异体2,其编码序列长1272bp。该基因定位在人类第7条染色体7q22.1区域,有3个转录变异体。生物信息学分析显示该序列可编码1个含423个氨基酸的蛋白质;Smartmode程序显示该蛋白质是1个跨膜蛋白,在100～250号氨基酸序列之间有1个与多囊肾病(PKD)相关的结构域。因此,鉴定TMEM130蛋白是一个与人类多囊肾病相关的蛋白。
- TMEM130蛋白 /
- 多囊肾病 /
- 生物信息学 /
- 克隆
Abstract: According to TMEM130 gene sequence（NM-152913） information,human brain cDNA library was used as the template and the specific primers were designed.The nPCR amplification product was separated by agarose gel and the band was cloned into PMD18T-vector and sequenced.The analysis results showed that the sequence is the transcript variant 2 of TMEM130,as a transmembrane protein,which contains an open reading frame of 1272 nucleotides and encodes a protein with 423 amino acids and contains a polycystic kidney disease（PKD）-related domain between 100 and 250 amino acid.
- TMEM130 protein /
- polycystic kidney disease /
- bioinformatics /
- cloning

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人类多囊肾病相关蛋白TMEM130基因的克隆及生物信息学分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.02.018

1. 海南大学海洋学院, 海南海口 570228;

2. 海南大学农学院, 海南海口 570228;

3. 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所, 海南儋州 571737

基金项目:

海南省教育厅高等学校科研项目(Hjkj2010-13)

海南省自然科学基金(808122)

海南热带水生生物技术重点实验室开放基金(shkyjj0801)

作者简介:
齐兴柱(1973-)，男，湖南津市人，海南大学农学院2009级在职博士研究生.

收稿日期: 2010-03-19

中图分类号: R318.04

关键词:

TMEM130蛋白 /

生物信息学 /

摘要: 以递交到GenBank上的TMEM130蛋白基因序列(nm-152913)为模板设计引物,以人大脑cDNA文库为模板进行巢氏PCR扩增,并将PCR产物克隆到pMD18-T载体上,成功获得TMEM130蛋白基因编码序列,测序结果显示,获得的序列为TMEM130蛋白基因转录变异体2,其编码序列长1272bp。该基因定位在人类第7条染色体7q22.1区域,有3个转录变异体。生物信息学分析显示该序列可编码1个含423个氨基酸的蛋白质;Smartmode程序显示该蛋白质是1个跨膜蛋白,在100～250号氨基酸序列之间有1个与多囊肾病(PKD)相关的结构域。因此,鉴定TMEM130蛋白是一个与人类多囊肾病相关的蛋白。

English Abstract

齐兴柱, 胡文婷, 张俊芳, 黄俊生, 李军. 人类多囊肾病相关蛋白TMEM130基因的克隆及生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2010, 1(2): 114-120. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.02.018

引用本文:

齐兴柱, 胡文婷, 张俊芳, 黄俊生, 李军. 人类多囊肾病相关蛋白TMEM130基因的克隆及生物信息学分析[J]. 热带生物学报, 2010, 1(2): 114-120. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.02.018

QI Xing-zhu, HU Wen-ting, ZHANG Jun-fang, HUANG Jun-sheng, LI Jun. Cloning and Bioinformatics Analysis of Human Polycystic Kidney Disease-related Protein TMEM130[J]. Journal of Tropical Biology, 2010, 1(2): 114-120. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.02.018

Citation:

QI Xing-zhu, HU Wen-ting, ZHANG Jun-fang, HUANG Jun-sheng, LI Jun. Cloning and Bioinformatics Analysis of Human Polycystic Kidney Disease-related Protein TMEM130[J]. Journal of Tropical Biology, 2010, 1(2): 114-120. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.02.018

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