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火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较

陈弟,  李可增,  吴琼,  何应对,  殷晓敏

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陈弟, 李可增, 吴琼, 何应对, 殷晓敏. 火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较[J]. 热带生物学报（中英文）, 2019, 10(2): 184-189. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014
引用本文: 陈弟, 李可增, 吴琼, 何应对, 殷晓敏. 火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较[J]. 热带生物学报（中英文）, 2019, 10(2): 184-189. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014
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CHEN Di, LI Kezeng, WU Qiong, HE Yindui, YIN Xiaomin. Comparison of Two Extraction Methods in Extraction of Total DNA from Soil Microbes in the Rhizosphere of Pitaya[J]. Journal of Tropical Biology, 2019, 10(2): 184-189. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014
Citation: CHEN Di, LI Kezeng, WU Qiong, HE Yindui, YIN Xiaomin. Comparison of Two Extraction Methods in Extraction of Total DNA from Soil Microbes in the Rhizosphere of Pitaya[J]. Journal of Tropical Biology, 2019, 10(2): 184-189. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014
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火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014

  • 1. 中国热带农业科学院 海口实验站, 海口 571737;

  • 2. 海南省香蕉遗传改良重点实验室, 海口 571737;

  • 3. 海南大学 热带农林学院, 海口 570102

基金项目: 

中国热带农业科学院基本科研业务费专项资金(1630092017004,17CXTD-02)

详细信息
    第一作者:

    陈弟(1978-),男,助理研究员,硕士.研究方向:作物遗传育种,E-mail:chendi209@163.com

    通信作者:

    殷晓敏(1983-),女,副研究员,硕士.研究方向:作物病害的生物防治,E-mail:yinxm8303@126.com

  • 中图分类号: S154.3

Comparison of Two Extraction Methods in Extraction of Total DNA from Soil Microbes in the Rhizosphere of Pitaya

  • 1. Haikou Experimental Station, CATAS, Haikou, Hainan 570102, China;

  • 2. Hainan Key Laboratory of Banana Genetic Improvement, CATAS, Haikou, Hainan 570102 China;

  • 3. Institute of Tropical Agriculture and Forestry, Hainan University, Haikou, Hainan 570102, China

  • 摘要: 为获得高质量的火龙果根际土壤微生物总DNA,比较了CTAB-SDS法和SDS法的提取效果,结果表明:2种提取方法均获得约23.1 kb的DNA片段。其中,CTAB-SDS法获得的DNA提取上清液颜色为淡黄色,提取总DNA的量为7.4～7.7 mg·kg-1,OD260/280值在1.81～1.95之间,OD260/230值在1.26～2.03之间, DNA平均质量浓度为0.51 g·L-1。SDS法获得的DNA提取上清液颜色为深棕黄色,提取总DNA的量为3.5～4.15 mg·kg-1,OD260/280值在1.52～1.68之间,OD260/230值在1.35～1.53之间,DNA平均质量浓度为0.075 g·L-1。可见,CTAB-SDS法提取DNA的片段较完整,纯度较高,可直接用于后续实验操作,更适用于火龙果根系土壤微生物总DNA的提取。
    Abstract: In order to obtain the total DNA of the soil microbes in the rhizosphere of pitaya（Hylocereus undatus Britt.）, two methods, CTAB-SDS and SDS, were used to compare their extraction effect in extraction time, color of DNA supernatant in the extraction process, and total DNA extraction amount and purity after extraction. The results showed that both methods produced DNA fragments with about 23.1 kb. With the CTAB-SDS method the color of the supernatant was light yellow; the total amount of DNA extracted was（7.4 ～ 7.7） mg·kg-1; the OD260/280 value was between 1.81 and 1.95, and the OD260/230 value was between 1.26 and 2.03; the average DNA concentration was 0.51 g·L-1. With the SDS method the color of the supernatant was dark brown-yellow, and the total amount of DNA extracted was（3.5 ～ 4.15） mg·kg-1; the OD260/280 value was between 1.52 and 1.68, and the OD260/230 value was between 1.35 and 1.53; the average DNA concentration was 0.075 g·L-1. It was hence concluded that the fragment extracted by the CTAB-SDS method was relatively complete and highly pure, which could be directly used for subsequent experimental operation, and was more suitable for the extraction of total DNA from soil microbes in the rhyzosphere of pitaya.
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    出版历程
    • 收稿日期:  2018-11-27
    • 修回日期:  2019-04-08

    火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较

    DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014
    • 1. 中国热带农业科学院 海口实验站, 海口 571737;
    • 2. 海南省香蕉遗传改良重点实验室, 海口 571737;
    • 3. 海南大学 热带农林学院, 海口 570102
      • 基金项目:

      中国热带农业科学院基本科研业务费专项资金(1630092017004,17CXTD-02)

      作者简介:

      陈弟(1978-),男,助理研究员,硕士.研究方向:作物遗传育种,E-mail:chendi209@163.com

      通讯作者: 殷晓敏(1983-),女,副研究员,硕士.研究方向:作物病害的生物防治,E-mail:yinxm8303@126.com
    • 收稿日期: 2018-11-27
    • 修回日期: 2019-04-08

    • 中图分类号: S154.3

    摘要: 为获得高质量的火龙果根际土壤微生物总DNA,比较了CTAB-SDS法和SDS法的提取效果,结果表明:2种提取方法均获得约23.1 kb的DNA片段。其中,CTAB-SDS法获得的DNA提取上清液颜色为淡黄色,提取总DNA的量为7.4～7.7 mg·kg-1,OD260/280值在1.81～1.95之间,OD260/230值在1.26～2.03之间, DNA平均质量浓度为0.51 g·L-1。SDS法获得的DNA提取上清液颜色为深棕黄色,提取总DNA的量为3.5～4.15 mg·kg-1,OD260/280值在1.52～1.68之间,OD260/230值在1.35～1.53之间,DNA平均质量浓度为0.075 g·L-1。可见,CTAB-SDS法提取DNA的片段较完整,纯度较高,可直接用于后续实验操作,更适用于火龙果根系土壤微生物总DNA的提取。

    English Abstract

    陈弟, 李可增, 吴琼, 何应对, 殷晓敏. 火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较[J]. 热带生物学报（中英文）, 2019, 10(2): 184-189. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014
    引用本文: 陈弟, 李可增, 吴琼, 何应对, 殷晓敏. 火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较[J]. 热带生物学报（中英文）, 2019, 10(2): 184-189. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014
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    CHEN Di, LI Kezeng, WU Qiong, HE Yindui, YIN Xiaomin. Comparison of Two Extraction Methods in Extraction of Total DNA from Soil Microbes in the Rhizosphere of Pitaya[J]. Journal of Tropical Biology, 2019, 10(2): 184-189. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014
    Citation: CHEN Di, LI Kezeng, WU Qiong, HE Yindui, YIN Xiaomin. Comparison of Two Extraction Methods in Extraction of Total DNA from Soil Microbes in the Rhizosphere of Pitaya[J]. Journal of Tropical Biology, 2019, 10(2): 184-189. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014
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