海巴戟DNA提取方法及SRAP分子标记聚类分析

赖茂良; 孙仁毅; 程江波; 聂风琴; 邢诒旺; 林道哲; 符文英

doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.2014.04.011

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海巴戟DNA提取方法及SRAP分子标记聚类分析

赖茂良, 孙仁毅, 程江波, 聂风琴, 邢诒旺, 林道哲, 符文英

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赖茂良, 孙仁毅, 程江波, 聂风琴, 邢诒旺, 林道哲, 符文英. 海巴戟DNA提取方法及SRAP分子标记聚类分析[J]. 热带生物学报, 2014, 5(4): 368-373. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2014.04.011

引用本文:

LAI Maoliang, SUN Renyi, CHENG Jiangbo, NIE Fengqin, XIN Daiwang, LIN Daozhe, FU Wenying. DNA Extraction and SRAP Clustering Analysis of Morinda citrifolia[J]. Journal of Tropical Biology, 2014, 5(4): 368-373. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2014.04.011

Citation:

LAI Maoliang, SUN Renyi, CHENG Jiangbo, NIE Fengqin, XIN Daiwang, LIN Daozhe, FU Wenying. DNA Extraction and SRAP Clustering Analysis of Morinda citrifolia[J]. Journal of Tropical Biology, 2014, 5(4): 368-373. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2014.04.011

海巴戟DNA提取方法及SRAP分子标记聚类分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2014.04.011

海南大学农学院, 海南海口 570228

基金项目:

国家自然基金项目(项目号:31360066)

详细信息

第一作者:
赖茂良(1987-),男,海南大学农学院2011级硕士研究生.E-mail:laimaoliang34@126.com

通信作者:
符文英(1965-),女,教授,硕士研究生导师.E-mail:fwynoni@163.com

中图分类号: S563.4

DNA Extraction and SRAP Clustering Analysis of Morinda citrifolia

College of Agronomy, Hainan University, Haikou 570228, China

摘要: 应用SRAP分子标记技术开展海巴戟(Morinda citrifolia Linn,又名Noni)种质资源遗传多样性研究。结果表明,采用改良DNA提取方法能获得质量好,纯度高的海巴戟DNA。应用12对引物对78份海巴戟种质的SRAP分子标记扩增,共获得11 154条带,其中多态性条带有3 792条,多态性为33.99%,种质间具有很好的多态性。聚类分析结果表明,遗传距离为0.66时,78份海巴戟种质可归为2类,即海南本地种和西沙群岛种聚为一类,其余种质则聚为另一类;以0.86为阈值,78份海巴戟种质材料可聚为6类,从上至下依次是:万维2号种、新加坡种、大溪地种、万维1号种、海南本地种、西沙群岛种。其中,大溪地种和万维1号种的相似度较高,可以推断这2个种质亲缘关系较近,新加坡种与万维2号种的亲缘关系次之。
- 海巴戟 /
- DNA提取 /
- SRAP分子标记 /
- 聚类分析
Abstract: Morinda citrifolia is a famous tropical medicinal plant. According to the retrieval,few reports are found about M. citrifolia germplasm resources. The genetic diversity of M. citrifolia was analyzed by using the SRAP molecular marker technology. The DNA of M. citrifolia was extracted by using the improved extraction method,and high purity of DNA was extracted. Seventy eight accessions of Morinda citrifolia germplasm were amplified by SRAP markers with 12 pairs of primers,and a total of 11 154 polymorphic bands were produced,of which 3 792 bands or 33. 99% are polymorphic,indicating good polymorphism among the germplasm. SRAP molecular marker clustering showed that 78 accessions of M. citrifolia germplasm were clustered into 2 groups when the genetic distance was 0. 66,namely,Hainan local and Paracel Islands as 1 group and the rest of the germplasm as the other group. The 78 accessions of M. citrifolia germplasm were clustered into 6 groups when the genetic distance was 0. 86 as the threshold,from the top to the bottom: Wanwei 2,Singapore,Tahitian,Wanwei 1,Hainan native,Paracel Islands. The clustering results showed a high similarity between Tahiti and Wanwei 1,which indicated that Tahiti had a higher genetic relationship with Wanwei 1,followed by the genetic relationship between Singapore and Wanwei 2.
- Morinda citrifolia /
- DNA extraction /
- SRAP molecular marker /
- cluster analysis

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海巴戟DNA提取方法及SRAP分子标记聚类分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2014.04.011

海南大学农学院, 海南海口 570228

基金项目:

国家自然基金项目(项目号:31360066)

作者简介:
赖茂良(1987-),男,海南大学农学院2011级硕士研究生.E-mail:laimaoliang34@126.com

通讯作者: 符文英(1965-),女,教授,硕士研究生导师.E-mail:fwynoni@163.com

收稿日期: 2014-04-11

中图分类号: S563.4

关键词:

海巴戟 /

DNA提取 /

SRAP分子标记 /

聚类分析

摘要: 应用SRAP分子标记技术开展海巴戟(Morinda citrifolia Linn,又名Noni)种质资源遗传多样性研究。结果表明,采用改良DNA提取方法能获得质量好,纯度高的海巴戟DNA。应用12对引物对78份海巴戟种质的SRAP分子标记扩增,共获得11 154条带,其中多态性条带有3 792条,多态性为33.99%,种质间具有很好的多态性。聚类分析结果表明,遗传距离为0.66时,78份海巴戟种质可归为2类,即海南本地种和西沙群岛种聚为一类,其余种质则聚为另一类;以0.86为阈值,78份海巴戟种质材料可聚为6类,从上至下依次是:万维2号种、新加坡种、大溪地种、万维1号种、海南本地种、西沙群岛种。其中,大溪地种和万维1号种的相似度较高,可以推断这2个种质亲缘关系较近,新加坡种与万维2号种的亲缘关系次之。

English Abstract

DNA Extraction and SRAP Clustering Analysis of Morinda citrifolia

College of Agronomy, Hainan University, Haikou 570228, China

Received Date: 2014-04-11

Keywords:

Abstract: Morinda citrifolia is a famous tropical medicinal plant. According to the retrieval,few reports are found about M. citrifolia germplasm resources. The genetic diversity of M. citrifolia was analyzed by using the SRAP molecular marker technology. The DNA of M. citrifolia was extracted by using the improved extraction method,and high purity of DNA was extracted. Seventy eight accessions of Morinda citrifolia germplasm were amplified by SRAP markers with 12 pairs of primers,and a total of 11 154 polymorphic bands were produced,of which 3 792 bands or 33. 99% are polymorphic,indicating good polymorphism among the germplasm. SRAP molecular marker clustering showed that 78 accessions of M. citrifolia germplasm were clustered into 2 groups when the genetic distance was 0. 66,namely,Hainan local and Paracel Islands as 1 group and the rest of the germplasm as the other group. The 78 accessions of M. citrifolia germplasm were clustered into 6 groups when the genetic distance was 0. 86 as the threshold,from the top to the bottom: Wanwei 2,Singapore,Tahitian,Wanwei 1,Hainan native,Paracel Islands. The clustering results showed a high similarity between Tahiti and Wanwei 1,which indicated that Tahiti had a higher genetic relationship with Wanwei 1,followed by the genetic relationship between Singapore and Wanwei 2.