小桐子SSR-PCR反应体系的优化

王乐乐; 李明芳; 刘兴地; 郑学勤

doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.04.019

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小桐子SSR-PCR反应体系的优化

王乐乐, 李明芳, 刘兴地, 郑学勤

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王乐乐, 李明芳, 刘兴地, 郑学勤. 小桐子SSR-PCR反应体系的优化[J]. 热带生物学报（中英文）, 2015, 6(4): 478-484. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.04.019

引用本文:

王乐乐, 李明芳, 刘兴地, 郑学勤. 小桐子SSR-PCR反应体系的优化[J]. 热带生物学报（中英文）, 2015, 6(4): 478-484. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.04.019

WANG Lele, LI Mingfang, LIU Xingdi, ZHENG Xueqin. Optimization of SSR-PCR Reaction System in Jatropha curcas[J]. Journal of Tropical Biology, 2015, 6(4): 478-484. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.04.019

Citation:

WANG Lele, LI Mingfang, LIU Xingdi, ZHENG Xueqin. Optimization of SSR-PCR Reaction System in Jatropha curcas[J]. Journal of Tropical Biology, 2015, 6(4): 478-484. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.04.019

小桐子SSR-PCR反应体系的优化

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.04.019

王乐乐^1,2,
李明芳^2,3,4,
刘兴地^2,3,4,
郑学勤^2,3,4,

1. 海南大学农学院, 海口, 570228;
2. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海口, 571101;
3. 海南省热带生物质能源工程技术研究中心, 海口 571101;
4. 农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室, 海口 571101

基金项目:

海南省重大科技专项子课题:热带生物种质与基因资源研究(ZDZX2013023-1)

详细信息

第一作者:
王乐乐(1988-),女,海南大学农学院2012级硕士研究生.E-mail:1025782904@qq.com

通信作者:
郑学勤(1929-),男,研究员.研究方向:作物遗传育种.E-mail:zhengxxxqin@126.com

中图分类号: Q78

Optimization of SSR-PCR Reaction System in Jatropha curcas

WANG Lele^1,2,
LI Mingfang^2,3,4,
LIU Xingdi^2,3,4,
ZHENG Xueqin^{2,3,4
,}

1. College of Agronomy, Hainan University, Haikou 570228, China;
2. Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China;
3. Hainan Tropical Bioenergy Engineering & Technology Research Center, Haikou 571101, China;
4. Ministry of Agriculture Key Laboratory of Biology and Genetic Resources of Tropical Crops, Haikou 571101, China

摘要: 采用改良的CTAB法从小桐子嫩叶中提取基因组DNA,通过琼脂糖凝胶电泳和SSR-PCR扩增检测,结果表明,改良CTAB法提取的小桐子基因组DNA完整性好,纯度较高,可作为SSR分子标记的模板。同时,对影响小桐子SSR-PCR扩增的d NTPs、Taq DNA聚合酶、引物及Mg²⁺浓度等4个因素进行了优化,优化后的小桐子SSR-PCR扩增的最佳反应体系为:在20μL的反应体系中含有模板DNA 100 ng,d NTPs 0.2 mmol·L^-1,Taq DNA聚合酶100 U·m L^-1,引物0.6μmol·L^-1,Mg²⁺1.5 mmol·L^-1。适宜的扩增程序为:94℃预变性3 min;94℃变性1 min,51～53℃（退火温度随引物不同而改变）退火1 min,72℃延伸2 min,35个循环;72℃延伸10 min。
- 小桐子 /
- DNA提取 /
- SSR-PCR反应 /
- 体系优化
Abstract: Genomic DNA of Jatropha curcas was extracted by improved CTAB method from J. curcas leaves,and detected through agarose gel electrophoresis and SSR-PCR amplification. The results showed that genomic DNA of J. curcas extracted by the modified CTAB method had good integrity,high purity,and hence could be used as a template of SSR markers. At the same time,4 factors influencing PCR amplification: d NTPs,Taq DNA polymerase,primers and Mg²⁺concentration were optimized to obtain a reaction system most suitable for SSR-PCR amplification and SSR-PCR amplification procedure for J. curcas. In this optimal reaction system with a total volume of 20μL the template DNA was 100 ng,d NTPs 0. 2 mmol·L^-1,Taq DNA polymerase 100 U·m L^-1,primer 0. 6μmol·L^-1 and Mg²⁺1. 5 mmol·L^-1,and the suitable amplification program included 94℃ pre degeneration for 3min at 94℃,denaturation for 1 min at 94℃,annealing for 1 min at 51- 53℃（ annealing temperature changed with primers）,extension for 2 min at 72℃,35 cycles,extension for 10 min at 72℃.
- Jatropha curcas /
- DNA extraction /
- SSR-PCR reaction /
- system optimization

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[3]	陈婉姨, 李新佳, 罗素兰, 长孙东亭. 信号芋螺基因组DNA提取方法的优化 . 热带生物学报（中英文）, 2020, 11(2): 238-244, 250. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.00.015
[4]	潘英文, 张凌, 王安石, 李佳潼, 谢添伟, 陈施明, 刘福秀, 林明光. 濒危兰科植物DNA的提取方法 . 热带生物学报（中英文）, 2019, 10(1): 94-98. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.01.016
[5]	潘英文, 张凌, 王安石, 李佳潼, 谢添伟, 陈施明, 刘福秀, 林明光. 濒危兰科植物DNA条形码鉴定体系的建立与优化 . 热带生物学报（中英文）, 2019, 10(4): 319-323. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.04.003
[6]	葛慧芳, 陈继承, 张孝林, 庞杰. 黄芩抗金黄葡萄球菌提取工艺的优化 . 热带生物学报（中英文）, 2017, 8(2): 220-224. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2017.02.016
[7]	刘秋婷, 田雨顺, 云龙, 罗鹏, 胡超群. 噬菌体基因组DNA快速提取方法 . 热带生物学报（中英文）, 2017, 8(2): 232-235. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2017.02.018
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[16]	曹嵩晓, 李娟玲, 刘国民, 王艺, 戴景. 利用单因子和正交设计双重实验方法优化广藿香ISSR-PCR实验体系 . 热带生物学报（中英文）, 2011, 2(1): 35-41. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.01.009
[17]	高建明, 代真真, 江程记, 张世清, 陈河龙, 郑金龙, 刘巧莲, 易克贤. 芦笋DNA提取方法的比较研究 . 热带生物学报（中英文）, 2011, 2(2): 153-156. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.02.014
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[20]	李传代, 陈飞, 王天地, 刘国民. 女贞ISSR-PCR反应体系的建立与优化 . 热带生物学报（中英文）, 2010, 1(2): 99-104. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.02.012

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小桐子SSR-PCR反应体系的优化

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.04.019

1. 海南大学农学院, 海口, 570228;

2. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海口, 571101;

3. 海南省热带生物质能源工程技术研究中心, 海口 571101;

4. 农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室, 海口 571101

基金项目:

海南省重大科技专项子课题:热带生物种质与基因资源研究(ZDZX2013023-1)

作者简介:
王乐乐(1988-),女,海南大学农学院2012级硕士研究生.E-mail:1025782904@qq.com

通讯作者: 郑学勤(1929-),男,研究员.研究方向:作物遗传育种.E-mail:zhengxxxqin@126.com

收稿日期: 2015-02-23

中图分类号: Q78

关键词:

小桐子 /

DNA提取 /

SSR-PCR反应 /

体系优化

摘要: 采用改良的CTAB法从小桐子嫩叶中提取基因组DNA,通过琼脂糖凝胶电泳和SSR-PCR扩增检测,结果表明,改良CTAB法提取的小桐子基因组DNA完整性好,纯度较高,可作为SSR分子标记的模板。同时,对影响小桐子SSR-PCR扩增的d NTPs、Taq DNA聚合酶、引物及Mg²⁺浓度等4个因素进行了优化,优化后的小桐子SSR-PCR扩增的最佳反应体系为:在20μL的反应体系中含有模板DNA 100 ng,d NTPs 0.2 mmol·L^-1,Taq DNA聚合酶100 U·m L^-1,引物0.6μmol·L^-1,Mg²⁺1.5 mmol·L^-1。适宜的扩增程序为:94℃预变性3 min;94℃变性1 min,51～53℃（退火温度随引物不同而改变）退火1 min,72℃延伸2 min,35个循环;72℃延伸10 min。

English Abstract

Optimization of SSR-PCR Reaction System in Jatropha curcas

1. College of Agronomy, Hainan University, Haikou 570228, China;

2. Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China;

3. Hainan Tropical Bioenergy Engineering & Technology Research Center, Haikou 571101, China;

4. Ministry of Agriculture Key Laboratory of Biology and Genetic Resources of Tropical Crops, Haikou 571101, China

Received Date: 2015-02-23

Keywords:

Abstract: Genomic DNA of Jatropha curcas was extracted by improved CTAB method from J. curcas leaves,and detected through agarose gel electrophoresis and SSR-PCR amplification. The results showed that genomic DNA of J. curcas extracted by the modified CTAB method had good integrity,high purity,and hence could be used as a template of SSR markers. At the same time,4 factors influencing PCR amplification: d NTPs,Taq DNA polymerase,primers and Mg²⁺concentration were optimized to obtain a reaction system most suitable for SSR-PCR amplification and SSR-PCR amplification procedure for J. curcas. In this optimal reaction system with a total volume of 20μL the template DNA was 100 ng,d NTPs 0. 2 mmol·L^-1,Taq DNA polymerase 100 U·m L^-1,primer 0. 6μmol·L^-1 and Mg²⁺1. 5 mmol·L^-1,and the suitable amplification program included 94℃ pre degeneration for 3min at 94℃,denaturation for 1 min at 94℃,annealing for 1 min at 51- 53℃（ annealing temperature changed with primers）,extension for 2 min at 72℃,35 cycles,extension for 10 min at 72℃.

王乐乐, 李明芳, 刘兴地, 郑学勤. 小桐子SSR-PCR反应体系的优化[J]. 热带生物学报（中英文）, 2015, 6(4): 478-484. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.04.019

引用本文:

王乐乐, 李明芳, 刘兴地, 郑学勤. 小桐子SSR-PCR反应体系的优化[J]. 热带生物学报（中英文）, 2015, 6(4): 478-484. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.04.019

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第一作者: 王乐乐(1988-),女,海南大学农学院2012级硕士研究生.E-mail:1025782904@qq.com

通信作者: 郑学勤(1929-),男,研究员.研究方向:作物遗传育种.E-mail:zhengxxxqin@126.com

Optimization of SSR-PCR Reaction System in Jatropha curcas

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出版历程

小桐子SSR-PCR反应体系的优化

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.04.019

1. 海南大学农学院, 海口, 570228; 2. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海口, 571101; 3. 海南省热带生物质能源工程技术研究中心, 海口 571101; 4. 农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室, 海口 571101

作者简介: 王乐乐(1988-),女,海南大学农学院2012级硕士研究生.E-mail:1025782904@qq.com

通讯作者: 郑学勤(1929-),男,研究员.研究方向:作物遗传育种.E-mail:zhengxxxqin@126.com

English Abstract

Optimization of SSR-PCR Reaction System in Jatropha curcas

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喜报！《热带生物学报（中英文）》影响因子稳步攀升，再创历史新高！

第一作者:
王乐乐(1988-),女,海南大学农学院2012级硕士研究生.E-mail:1025782904@qq.com

通信作者:
郑学勤(1929-),男,研究员.研究方向:作物遗传育种.E-mail:zhengxxxqin@126.com

1. 海南大学农学院, 海口, 570228;

2. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海口, 571101;

3. 海南省热带生物质能源工程技术研究中心, 海口 571101;

4. 农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室, 海口 571101

作者简介:
王乐乐(1988-),女,海南大学农学院2012级硕士研究生.E-mail:1025782904@qq.com