火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较

陈弟; 李可增; 吴琼; 何应对; 殷晓敏

doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014

火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014

陈弟^1,2,
李可增³,
吴琼¹,
何应对¹,
殷晓敏^1,2, ,

1. 中国热带农业科学院海口实验站, 海口 571737;
2. 海南省香蕉遗传改良重点实验室, 海口 571737;
3. 海南大学热带农林学院, 海口 570102

基金项目:

中国热带农业科学院基本科研业务费专项资金(1630092017004,17CXTD-02)

详细信息

第一作者:
陈弟(1978-),男,助理研究员,硕士.研究方向:作物遗传育种,E-mail:chendi209@163.com

通信作者:
殷晓敏(1983-),女,副研究员,硕士.研究方向:作物病害的生物防治,E-mail:yinxm8303@126.com

中图分类号: S154.3

Comparison of Two Extraction Methods in Extraction of Total DNA from Soil Microbes in the Rhizosphere of Pitaya

CHEN Di^1,2,
LI Kezeng³,
WU Qiong¹,
HE Yindui¹,
YIN Xiaomin^{1,2
, ,}

1. Haikou Experimental Station, CATAS, Haikou, Hainan 570102, China;
2. Hainan Key Laboratory of Banana Genetic Improvement, CATAS, Haikou, Hainan 570102 China;
3. Institute of Tropical Agriculture and Forestry, Hainan University, Haikou, Hainan 570102, China

摘要: 为获得高质量的火龙果根际土壤微生物总DNA,比较了CTAB-SDS法和SDS法的提取效果,结果表明:2种提取方法均获得约23.1 kb的DNA片段。其中,CTAB-SDS法获得的DNA提取上清液颜色为淡黄色,提取总DNA的量为7.4～7.7 mg·kg^-1,OD_260/280值在1.81～1.95之间,OD_260/230值在1.26～2.03之间, DNA平均质量浓度为0.51 g·L^-1。SDS法获得的DNA提取上清液颜色为深棕黄色,提取总DNA的量为3.5～4.15 mg·kg^-1,OD_260/280值在1.52～1.68之间,OD_260/230值在1.35～1.53之间,DNA平均质量浓度为0.075 g·L^-1。可见,CTAB-SDS法提取DNA的片段较完整,纯度较高,可直接用于后续实验操作,更适用于火龙果根系土壤微生物总DNA的提取。
- 火龙果 /
- 根际土壤微生物 /
- DNA /
- 提取方法
Abstract: In order to obtain the total DNA of the soil microbes in the rhizosphere of pitaya（Hylocereus undatus Britt.）, two methods, CTAB-SDS and SDS, were used to compare their extraction effect in extraction time, color of DNA supernatant in the extraction process, and total DNA extraction amount and purity after extraction. The results showed that both methods produced DNA fragments with about 23.1 kb. With the CTAB-SDS method the color of the supernatant was light yellow; the total amount of DNA extracted was（7.4 ～ 7.7） mg·kg^-1; the OD_260/280 value was between 1.81 and 1.95, and the OD_260/230 value was between 1.26 and 2.03; the average DNA concentration was 0.51 g·L^-1. With the SDS method the color of the supernatant was dark brown-yellow, and the total amount of DNA extracted was（3.5 ～ 4.15） mg·kg^-1; the OD_260/280 value was between 1.52 and 1.68, and the OD_260/230 value was between 1.35 and 1.53; the average DNA concentration was 0.075 g·L^-1. It was hence concluded that the fragment extracted by the CTAB-SDS method was relatively complete and highly pure, which could be directly used for subsequent experimental operation, and was more suitable for the extraction of total DNA from soil microbes in the rhyzosphere of pitaya.
- Pitaya /
- rhizospheric soil microbes /
- DNA /
- extraction method

[1]	VIGDIS T, LISE O.Microbial diversity and function in soil:from genes to ecosystems[J].Ecology and industrial microbiology, 2002 (5):240-245.
[2]	张秋芳, 张美寿.火龙果的特点与引种技术[J].福建果树, 1999, 110 (4):45.
[3]	孔维栋, 朱永官, 傅伯杰, 等.农业土壤微生物基因与群落多样性研究进展[J].生态学报, 2004, 24 (12):2894-2900.
[4]	STEFFAN R J, ATLAS R M.DNA amplification to enhance detection of genetically engineered bacteria in environmental sample[J].Applied Environmental Microbiology, 1988, 54:2185-2191.
[5]	OGRAM A, SAYLER G S, BARKAY T.The extraction and purification of microbial DNA from sediments[J].Journal of Microbiological Methods, 1987, 7 (2):57-66.
[6]	PORTEOUS L A, ARMSTRONG J L.Recovery of bulk DNA from soil by a rapid, small-scale extraction method[J].Current Microbiology, 1991, 22:345-348.
[7]	TEBBE C C, VAHJEN W.Interference of humic acid and DNA extracted directly from Soil in detection and transformation of recombinant DNA from bacteria and a yeast[J].Applied Environmental Microbiology, 1993, 59:2657-2665.
[8]	张瑞福, 曹慧, 崔中利, 等.土壤微生物总DNA的提取和纯化[J].微生物学报, 2003, 43 (2):276-282.
[9]	HEUER H, KRSEK M, BAKER P, et al.Analysis of actinomycete communities by specific amplification of genes encoding 16S rDNA and gel-electrophoretic separation in denaturing gradients [J].Appl Environ Microbiol, 1997 (7).DOI: 10.1089/oli.1.1997.7.439.
[10]	NIEMI R M, HEISKANEN I, WALLENIUS K, et al.Extraction and purification of DNA in rhizosphere soil samples for PCR-DGGE analysis of bacterial consortia[J].Journal of Microbiological Methods, 2001, 45:155-165.
[11]	刘峰.红树林可培养微生物活性评价和土壤宏基因组文库构建及生物活性筛选[D].儋州:华南热带农业大学, 2006.
[12]	ZHOU J, BRUNS M A, TIEDJE J M.DNA recovery from soils of diverse composition [J].Appl Environ Microbiol, 1996, 62 (2):316-322.
[13]	宋培勇.从土壤中提取DNA方法比较[J].微生物学杂志, 2006, 26 (1):109-112.
[14]	陈旭玉, 周亚奎, 郑服从.橡胶林土壤微生物2种DNA提取方法的比较[J].热带农业科学, 2008, 28 (3):41-43.
[15]	LAURAG G L, JAMES R, DANA J, et al.Comparison of methods of DNA extraction from stream sediments[J].Appl Environ Microbiol, 1995, 59:1141-1143.
[16]	TSAI Y L, OLSON B H.Rapid method for separation of bacterial DNA from humic substances in sediments for polymerase chain reaction[J].Appl Environ Microbiol, 1991, 57:1070-1074.
[17]	JACOBSEN C S, RASMUSSEN O F.Development and application of a new method to extract bacterial DNA from soil based on separation of bacteria from soil with cation-exchange resin[J].Appl Environ Microboil, 1992, 58:2458-2462.
[18]	LIESACK W, STACKEBTANDT E.Occurrence of novel groups of the domain bacteria as revealed by analysis of genetic material isolated from an Austrralian terrestrial environment[J].J Bacteriol, 1992, 17 (4):5072-5078.

[1]	陈虹, 段洪浪, 吴建平. 土壤理化性质和微生物群落组成对极端水分胁迫的响应 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-9. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240119
[2]	姜森荣, 康绍玲, 丁一, 羊壮家, 王猛, 王周雯, 韦双双, 汤华. 火龙果果实鳞片保绿和果实质量增加的植物生长调节剂筛选 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-10. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230135
[3]	李香凝, 赵瑾, 李东栋, 郑育声. 槟榔愈伤中槟榔碱的提取方法 . 热带生物学报, 2024, 15(1): 36-41. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230038
[4]	李娟, 高翔, 陈思如, 武佳敏, 高伟, 张洪, 阮云泽. 海南火龙果园土壤肥力与根结线虫数量调查 . 热带生物学报, 2024, 15(2): 182-189. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230034
[5]	王庆萱, 阮云泽, 赵鹏飞. 基于因子-聚类分析的火龙果园土壤养分状况评价 . 热带生物学报, 2024, 15(2): 150-156. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230078
[6]	李佳雪, 丁一, 王猛, 李涛, 郭攀阳, 刘成立, 韦双双, 黄家权, 李洪立, 胡文斌, 汤华. 火龙果HubHLH基因家族的全基因组分析及其对冬季补光诱导开花的表达响应 . 热带生物学报, 2024, 15(2): 198-209. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20220108
[7]	丁一, 王周雯, 康绍玲, 姜森荣, 王猛, 黄家权, 李洪立, 胡文斌, 汤华. 火龙果42份种质资源的倍性鉴定及基因组大小分析 . 热带生物学报, 2024, 15(3): 306-314. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230118
[8]	龚文坤, 伍巧慧, 王钢, 杨劲明, 吕荣婷, 王蓓蓓. 火龙果根际促生微生物筛选及其效应 . 热带生物学报, 2024, 15(5): 632-638. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230138
[9]	王宇航, 孟秀利, 黄山春, 林兆威, 宋薇薇, 唐庆华, 覃伟权. 双条拂粉蚧基因组DNA提取方法的比较和优化 . 热带生物学报, 2023, 14(6): 636-641. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20220085
[10]	王伟伟, 安馨媛, 陈俊菁. 根癌农杆菌介导火龙果溃疡病菌遗传转化体系的构建及转化子筛选 . 热带生物学报, 2022, 13(3): 243-248. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2022.03.006
[11]	李涛, 王猛, 李佳雪, 王周雯, 丁一, 胡文斌, 李洪立, 汤华. 火龙果果实与种子产量性状的相关性研究 . 热带生物学报, 2022, 13(3): 259-263. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2022.03.008
[12]	刘满意, 王禹童, 孙铭泽, 李荣, 王蓓蓓. 套作白三叶草对香蕉枯萎病发病率及土壤微生物群落的影响 . 热带生物学报, 2021, 12(2): 219-227. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.02.011
[13]	孙鹏, 刘满意, 王蓓蓓. 香蕉秸秆不同还田模式对土壤微生物群落的影响 . 热带生物学报, 2021, 12(1): 57-62. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.01.008
[14]	马思远, 王海花, 林雨彬, 曾若菡, 刁晓平, 李鹏. 蚯蚓粪对槟榔根围土壤微生物多样性的影响 . 热带生物学报, 2021, 12(2): 202-209. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.02.009
[15]	葛春晖, 尤文静, 蒋泽橙, 成梓瑜, 汤月, 邵远志. 火龙果采后病原菌的鉴定及其防控处理的优化 . 热带生物学报, 2021, 12(2): 228-235. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.02.012
[16]	于婧, 李敏, 高兆银, 弓德强, 张绍刚, 洪小雨, 花静静, 胡美姣. 抑制火龙果果腐病病菌桃吉尔霉的植物精油筛选(简报) . 热带生物学报, 2021, 12(1): 72-74. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.01.010
[17]	程玉, 徐敏, 熊睿, 林家年, 阮云泽, 任太军, 赵鹏飞, 汤华. 滴灌条件下氮肥用量对火龙果果实的影响 . 热带生物学报, 2020, 11(1): 25-30. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.01.005
[18]	陈婉姨, 李新佳, 罗素兰, 长孙东亭. 信号芋螺基因组DNA提取方法的优化 . 热带生物学报, 2020, 11(2): 238-244, 250. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.00.015
[19]	熊睿, 徐敏, 刘成立, 林家年, 程玉, 韦双双, 汤华. 海南冬季诱导火龙果开花的补光条件 . 热带生物学报, 2019, 10(1): 60-65. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.01.010
[20]	潘英文, 张凌, 王安石, 李佳潼, 谢添伟, 陈施明, 刘福秀, 林明光. 濒危兰科植物DNA的提取方法 . 热带生物学报, 2019, 10(1): 94-98. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.01.016

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火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014

第一作者:
陈弟(1978-),男,助理研究员,硕士.研究方向:作物遗传育种,E-mail:chendi209@163.com

通信作者:
殷晓敏(1983-),女,副研究员,硕士.研究方向:作物病害的生物防治,E-mail:yinxm8303@126.com

Comparison of Two Extraction Methods in Extraction of Total DNA from Soil Microbes in the Rhizosphere of Pitaya

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火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014

1. 中国热带农业科学院海口实验站, 海口 571737;

2. 海南省香蕉遗传改良重点实验室, 海口 571737;

3. 海南大学热带农林学院, 海口 570102

作者简介:
陈弟(1978-),男,助理研究员,硕士.研究方向:作物遗传育种,E-mail:chendi209@163.com

通讯作者: 殷晓敏(1983-),女,副研究员,硕士.研究方向:作物病害的生物防治,E-mail:yinxm8303@126.com

English Abstract

Comparison of Two Extraction Methods in Extraction of Total DNA from Soil Microbes in the Rhizosphere of Pitaya

1. Haikou Experimental Station, CATAS, Haikou, Hainan 570102, China;

2. Hainan Key Laboratory of Banana Genetic Improvement, CATAS, Haikou, Hainan 570102 China;

3. Institute of Tropical Agriculture and Forestry, Hainan University, Haikou, Hainan 570102, China

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火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014

第一作者: 陈弟(1978-),男,助理研究员,硕士.研究方向:作物遗传育种,E-mail:chendi209@163.com

通信作者: 殷晓敏(1983-),女,副研究员,硕士.研究方向:作物病害的生物防治,E-mail:yinxm8303@126.com

Comparison of Two Extraction Methods in Extraction of Total DNA from Soil Microbes in the Rhizosphere of Pitaya

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火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.014

1. 中国热带农业科学院 海口实验站, 海口 571737; 2. 海南省香蕉遗传改良重点实验室, 海口 571737; 3. 海南大学 热带农林学院, 海口 570102

作者简介: 陈弟(1978-),男,助理研究员,硕士.研究方向:作物遗传育种,E-mail:chendi209@163.com

通讯作者: 殷晓敏(1983-),女,副研究员,硕士.研究方向:作物病害的生物防治,E-mail:yinxm8303@126.com

English Abstract

Comparison of Two Extraction Methods in Extraction of Total DNA from Soil Microbes in the Rhizosphere of Pitaya

1. Haikou Experimental Station, CATAS, Haikou, Hainan 570102, China; 2. Hainan Key Laboratory of Banana Genetic Improvement, CATAS, Haikou, Hainan 570102 China; 3. Institute of Tropical Agriculture and Forestry, Hainan University, Haikou, Hainan 570102, China

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第一作者:
陈弟(1978-),男,助理研究员,硕士.研究方向:作物遗传育种,E-mail:chendi209@163.com

通信作者:
殷晓敏(1983-),女,副研究员,硕士.研究方向:作物病害的生物防治,E-mail:yinxm8303@126.com

1. 中国热带农业科学院海口实验站, 海口 571737;

2. 海南省香蕉遗传改良重点实验室, 海口 571737;

3. 海南大学热带农林学院, 海口 570102

作者简介:
陈弟(1978-),男,助理研究员,硕士.研究方向:作物遗传育种,E-mail:chendi209@163.com

1. Haikou Experimental Station, CATAS, Haikou, Hainan 570102, China;

2. Hainan Key Laboratory of Banana Genetic Improvement, CATAS, Haikou, Hainan 570102 China;

3. Institute of Tropical Agriculture and Forestry, Hainan University, Haikou, Hainan 570102, China