基于转录组的蛇皮果雌雄株差异基因的筛选和性别鉴定

杨敏; 黄婧; 曹毓杰; 李东栋; 郑育声

doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.20240110

基于转录组的蛇皮果雌雄株差异基因的筛选和性别鉴定

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240110

1. 海南大学生命健康学院, 海南海口 570228 中国;
2. 海南大学热带农林学院, 海南儋州 571737 中国

基金项目:

海南省自然科学基金高层次人才项目(322RC579)

国家自然科学基金委员会(32260064)

详细信息

第一作者:
杨敏(1996-)女,海南大学生命健康学院2022级硕士研究生。E-mail:ym15570851710@outlook.com

通信作者:
郑育声(1977-)女,教授,博士生导师。研究方向:植物代谢调控。E-mail:yusheng.zheng@hainanu.edu.cn

中图分类号: S667.9

Identification and screening of differentially expressed genes in male and female Salacca zalacca using transcriptomic analysis

1. School of Life and Health Sciences, Hainan University, Haikou, Hainan 570228, China;
2. School of Tropical Agriculture and Forestry, Hainan University, Danzhou, Hainan 571737, China

摘要: 蛇皮果（Salacca zalacca）为棕榈科蛇皮果属植物，是极具热带区域特色的果树种类，常见为雌雄异株。早期性别鉴定对合理配置蛇皮果苗木雌雄比例具有重要意义。为了获得蛇皮果早期性别鉴定的分子标记，通过收集海南省3株雌株与3株雄株蛇皮果，以叶片为材料进行转录组测序分析，筛选出19个在雌雄株间显著的差异表达基因。通过对同产地7株雌株和7株雄株蛇皮果的进一步鉴定，确定其中的Unigene0079610(GOLS1)基因能够在所检测的蛇皮果雌雄株中稳定的差异表达。由此，GOLS1基因可用作蛇皮果性别鉴定的分子标签。通过大规模转录组筛选，获得与蛇皮果性别相关的分子标签，并建立了GOLS1基因的快速检测体系。该研究结果可作为蛇皮果苗木性别鉴定的技术手段，并为其他园艺作物的性别鉴定提供了参考。
- 蛇皮果 /
- 雌雄株 /
- 性别鉴定 /
- 转录组学 /
- 分子标记
Abstract: Salacca zalacca（Arecaceae: Salaccinae） is a palm species characteristic of tropical regions, known for its dioecious nature with distinct male and female individuals. Early sex determination is crucial for optimizing the ratio of male to female seedlings in S. zalacca plantations. An attempt was made to obtain molecular markers for early sex differentiation. Leaves from three female and three male S. zalacca trees from Hainan Province were collected for transcriptome sequencing analysis, and 19 differentially expressed genes（DEGs） showing significant variations between male and female genotypes were identified. Further validation using an expanded cohort of seven female and seven male S. zalacca individuals confirmed that the Unigene0079610（GOLS1） gene exhibits stable differential expression patterns between the sexes. Consequently, the GOLS1 gene can serve as a robust molecular marker for sex identification in S. zalacca. Molecular signatures relevant to sex determination in S.zalacca were delineated through large-scale transcriptome screening, based on which a rapid detection protocol for the GOLS1 gene was established. These results provide a viable technological approach for the sex identification of S. zalacca nursery stock and offer a foundational framework for sex determination methods in other horticultural crops.
- Salacca zalacca /
- male and female plants /
- sex identification /
- transcriptomics /
- molecular markers

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基于转录组的蛇皮果雌雄株差异基因的筛选和性别鉴定

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240110

第一作者:
杨敏(1996-)女,海南大学生命健康学院2022级硕士研究生。E-mail:ym15570851710@outlook.com

通信作者:
郑育声(1977-)女,教授,博士生导师。研究方向:植物代谢调控。E-mail:yusheng.zheng@hainanu.edu.cn

Identification and screening of differentially expressed genes in male and female Salacca zalacca using transcriptomic analysis

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基于转录组的蛇皮果雌雄株差异基因的筛选和性别鉴定

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240110

1. 海南大学生命健康学院, 海南海口 570228 中国;

2. 海南大学热带农林学院, 海南儋州 571737 中国

作者简介:
杨敏(1996-)女,海南大学生命健康学院2022级硕士研究生。E-mail:ym15570851710@outlook.com

通讯作者: 郑育声(1977-)女,教授,博士生导师。研究方向:植物代谢调控。E-mail:yusheng.zheng@hainanu.edu.cn

English Abstract

Identification and screening of differentially expressed genes in male and female Salacca zalacca using transcriptomic analysis

1. School of Life and Health Sciences, Hainan University, Haikou, Hainan 570228, China;

2. School of Tropical Agriculture and Forestry, Hainan University, Danzhou, Hainan 571737, China

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基于转录组的蛇皮果雌雄株差异基因的筛选和性别鉴定

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240110

第一作者: 杨敏(1996-)女,海南大学生命健康学院2022级硕士研究生。E-mail:ym15570851710@outlook.com

通信作者: 郑育声(1977-)女,教授,博士生导师。研究方向:植物代谢调控。E-mail:yusheng.zheng@hainanu.edu.cn

Identification and screening of differentially expressed genes in male and female Salacca zalacca using transcriptomic analysis

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基于转录组的蛇皮果雌雄株差异基因的筛选和性别鉴定

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240110

1. 海南大学 生命健康学院, 海南 海口 570228 中国; 2. 海南大学 热带农林学院, 海南 儋州 571737 中国

作者简介: 杨敏(1996-)女,海南大学生命健康学院2022级硕士研究生。E-mail:ym15570851710@outlook.com

通讯作者: 郑育声(1977-)女,教授,博士生导师。研究方向:植物代谢调控。E-mail:yusheng.zheng@hainanu.edu.cn

English Abstract

Identification and screening of differentially expressed genes in male and female Salacca zalacca using transcriptomic analysis

1. School of Life and Health Sciences, Hainan University, Haikou, Hainan 570228, China; 2. School of Tropical Agriculture and Forestry, Hainan University, Danzhou, Hainan 571737, China

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第一作者:
杨敏(1996-)女,海南大学生命健康学院2022级硕士研究生。E-mail:ym15570851710@outlook.com

通信作者:
郑育声(1977-)女,教授,博士生导师。研究方向:植物代谢调控。E-mail:yusheng.zheng@hainanu.edu.cn

1. 海南大学生命健康学院, 海南海口 570228 中国;

2. 海南大学热带农林学院, 海南儋州 571737 中国

作者简介:
杨敏(1996-)女,海南大学生命健康学院2022级硕士研究生。E-mail:ym15570851710@outlook.com

1. School of Life and Health Sciences, Hainan University, Haikou, Hainan 570228, China;

2. School of Tropical Agriculture and Forestry, Hainan University, Danzhou, Hainan 571737, China