木薯地毯草黄单胞菌转化子T-DNA插入模式分析

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木薯地毯草黄单胞菌转化子T-DNA插入模式分析

张长正, 刘进平, 时涛, 李超萍, 陈奕鹏, 黄贵修

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张长正, 刘进平, 时涛, 李超萍, 陈奕鹏, 黄贵修. 木薯地毯草黄单胞菌转化子T-DNA插入模式分析[J]. 热带生物学报, 2016, 7(2): 246-252. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.018

引用本文:

张长正, 刘进平, 时涛, 李超萍, 陈奕鹏, 黄贵修. 木薯地毯草黄单胞菌转化子T-DNA插入模式分析[J]. 热带生物学报, 2016, 7(2): 246-252. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.018

ZHANG Changzheng, LIU Jinping, SHI Tao, LI Chaoping, CHEN Yipeng, HUANG Guixiu. T-DNA Insertion Patterns for the Genome of Xanthomonas axonopodis pv. manihotis Transformants[J]. Journal of Tropical Biology, 2016, 7(2): 246-252. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.018

Citation:

ZHANG Changzheng, LIU Jinping, SHI Tao, LI Chaoping, CHEN Yipeng, HUANG Guixiu. T-DNA Insertion Patterns for the Genome of Xanthomonas axonopodis pv. manihotis Transformants[J]. Journal of Tropical Biology, 2016, 7(2): 246-252. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.018

木薯地毯草黄单胞菌转化子T-DNA插入模式分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.018

1. 海南大学农学院, 海口 570228;
2. 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所, 海口 571101

基金项目:

国家木薯现代产业技术体系建设项目(CARS-12-hnhgx)

2014年海南省研究生创新科研课题(Hys2014-04)

第一作者:
张长正(1991-),男,海南大学农学院2013级硕士研究生.E-mail:djzcz@outlook.com

通信作者:
黄贵修(1968-),男,研究员.研究方向:植物病理学.E-mail:hgxiu@vip.163.com

中图分类号: S435.33

T-DNA Insertion Patterns for the Genome of Xanthomonas axonopodis pv. manihotis Transformants

1. College of Agronomy, Hainan University, Haikou, Hainan 570228;
2. Environment and Plant Protection Institute, CATAS, Haikou, Hainan 571101, China

摘要: 随机挑取30个已构建的木薯地毯草黄单胞菌（Xanthomonas axonopodis pv.manihotis）Tn5转化子,利用hi Tail-PCR技术获得Tn5转座子插入位点的侧翼序列64条。其中,有19个转化子获得了插入位点左右两端的侧翼序列,11个转化子获得了单侧侧翼序列。序列分析结果发现,插入位点集中在低GC含量区,特别是49%~50%的区域;Tn5转座子倾向于插入基因编码区内;Tn5转座子的插入会形成9 bp正向重复序列,且插入方向没有偏好性,9 bp正向重复序列的上下游碱基位点中,-5,-2,1,4,5,6,9,11位可能对转座酶的识别起关键作用。
- 木薯 /
- 细菌性枯萎病菌 /
- T-DNA插入模式
Abstract: Using high-efficiency thermal asymmetric interlaced PCR（ hi TAIL-PCR）,64 specific fragments of Xanthomonas axonopodis pv. Manihotis（ Xam） genomic DNA flanked on the T-DNA were successfully amplified from 30 randomly-picked Xam transformants. Nineteen transformants had fragments flanked on both borders of TDNA,and 11 contained fragments flanked on the left border of T-DNA. Analysis showed that the insertion sites were mainly found in the area with low GC content,especially the area with the GC content ranging between 49%-50%; Tn5 transposon tended to be inserted into coding region; Tn5 transposon insertion formed a 9 bp direct repetitive sequence and had no preference in orientation. Among the upstream and downstream of the 9 bp direct repetitive sequence,the sites of-5,-2,1,4,5,6,9 and 11 might play a key role in the transposase recognition.
- Manihot esculenta /
- bacterial blight /
- T-DNA insertion pattern

[1]	李慈云, 杨静, 卢东莹, 杨健飞, 杨琦, 王菲, 陈银华, 牛晓磊. 菜豆黄单胞菌侵染下木薯内参基因筛选与评价 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-8. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240201
[2]	何娇妍, 陈奥, 闫语. 木薯MeKIN10与MeRAV1/2蛋白互作结构域鉴定 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-10. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250028
[3]	吴竞远, 唐璐芝, 朱彬彬, 赵惠萍. 木薯生长素响应因子MeARF的克隆及互作蛋白的筛选 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-9. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240148
[4]	郑永清, 李开绵, 李伯松, 马旭东, 陈松笔. 木薯品种不同收获期块根淀粉积累规律分析 . 热带生物学报, 2025, 16(2): 172-180. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240051
[5]	张子赫, 郑蔺玲, 李可, 陈银华, 高豫. 木薯ERF基因家族Ⅶ亚族的鉴定与表达分析 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-15. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250035
[6]	刘小丽, 韦运谢. 木薯MeAux/IAA19基因的克隆及功能初探 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-7. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240145
[7]	张圆雷, 张宏图, 徐子寅, 李淑霞, 于晓玲, 赵平娟, 李文彬, 张秀春, 于晓惠, 阮孟斌. 干旱模式下木薯气孔密度及生理指标的比较分析 . 热带生物学报, 2025, 16(2): 163-171. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240056
[8]	胡文成, 朱寿松, 王艺璇, 阳达, 陈银华. 木薯茉莉酸氧化酶JOXs基因家族的鉴定及表达模式分析 . 热带生物学报, 2025, 16(): 1-10. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240199
[9]	贾素行, 朱寿松, 符仁稳, 李春霞, 陈银华. 木薯MePPD3基因的克隆及功能分析 . 热带生物学报, 2024, 15(1): 10-18. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230035
[10]	张逸杰, 王思琦, 陆小静, 宋记明, 王睿, 曹敏, 张瑞, 王红刚, 吴金山. 木薯块根灰分和水分近红外光谱预测模型的构建与优化 . 热带生物学报, 2024, 15(3): 259-267. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230031
[11]	赵金铃, 潘晋龙, 吴宇垚, 韩昊祥, 张怀方, 陈新, 曾长英. 不同氮源处理对4个木薯品种幼苗生长发育的影响 . 热带生物学报, 2024, 15(1): 19-26. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230018
[12]	冯亚亭, 张逸杰, 林南方, 陈银华, 骆凯. 木薯不同组织内生细菌多样性的比较分析 . 热带生物学报, 2024, 15(2): 141-149. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230077
[13]	戴云鹏, 潘晋龙, 吴宇垚, 韩昊祥, 张怀方, 陈新, 曾长英. 2种氮素的分根处理对木薯幼苗生长发育和氮效率的影响 . 热带生物学报, 2023, 14(6): 614-621. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230008
[14]	邓雅洁, 刘云豪, 孙琪, 邱越, 宋家明, 赖杭桂. 在干旱胁迫下有性四倍体木薯叶片的蛋白质组学研究 . 热带生物学报, 2021, 12(2): 210-218. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.02.010
[15]	宋娜, 张刘宁颖, 曹敏, 郭文雅, 洪雨慧, 吴金山, 陈银华, 于晓惠. 木薯ERF转录因子调控的靶基因筛选与表达分析 . 热带生物学报, 2020, 11(2): 177-189. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.02.008
[16]	侯鹏宇, 于心怡, 肖晓蓉, 郑琳琳, 陈银华. 木薯MKK家族基因的鉴定及表达分析 . 热带生物学报, 2019, 10(2): 119-126. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.004
[17]	任宁, 陈秀珍, 夏幽泉, 白雪杨, 江行玉, 周扬. 木薯MeNRT2.5基因的克隆及表达分析 . 热带生物学报, 2019, 10(2): 111-118. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.003
[18]	唐枝娟, 朱寿松, 于心怡, 赵锐, 牛晓磊, 陈银华, 耿梦婷. 木薯MeRbohE基因的克隆及表达分析 . 热带生物学报, 2018, 9(2): 170-175. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2018.02.007
[19]	王树昌, 于晓玲, 李淑霞, 阮孟斌, 彭明. 木薯MeHDS09基因克隆及其对逆境信号的响应 . 热带生物学报, 2017, 8(4): 409-414. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2017.04.006
[20]	任希望, 梁丽雯, 王鹤鸣, 廖华兰, 林道哲, 黎秀琼, 陈银华. 木薯细菌性枯萎病病原菌的分离与鉴定 . 热带生物学报, 2015, 6(1): 59-64. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.009

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木薯地毯草黄单胞菌转化子T-DNA插入模式分析

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.018

1. 海南大学农学院, 海口 570228;

2. 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所, 海口 571101

基金项目:

国家木薯现代产业技术体系建设项目(CARS-12-hnhgx)

2014年海南省研究生创新科研课题(Hys2014-04)

作者简介:
张长正(1991-),男,海南大学农学院2013级硕士研究生.E-mail:djzcz@outlook.com

通讯作者: 黄贵修(1968-),男,研究员.研究方向:植物病理学.E-mail:hgxiu@vip.163.com

收稿日期: 2016-02-25

中图分类号: S435.33

关键词:

细菌性枯萎病菌 /

T-DNA插入模式

摘要: 随机挑取30个已构建的木薯地毯草黄单胞菌（Xanthomonas axonopodis pv.manihotis）Tn5转化子,利用hi Tail-PCR技术获得Tn5转座子插入位点的侧翼序列64条。其中,有19个转化子获得了插入位点左右两端的侧翼序列,11个转化子获得了单侧侧翼序列。序列分析结果发现,插入位点集中在低GC含量区,特别是49%~50%的区域;Tn5转座子倾向于插入基因编码区内;Tn5转座子的插入会形成9 bp正向重复序列,且插入方向没有偏好性,9 bp正向重复序列的上下游碱基位点中,-5,-2,1,4,5,6,9,11位可能对转座酶的识别起关键作用。

English Abstract

张长正, 刘进平, 时涛, 李超萍, 陈奕鹏, 黄贵修. 木薯地毯草黄单胞菌转化子T-DNA插入模式分析[J]. 热带生物学报, 2016, 7(2): 246-252. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.018

引用本文:

张长正, 刘进平, 时涛, 李超萍, 陈奕鹏, 黄贵修. 木薯地毯草黄单胞菌转化子T-DNA插入模式分析[J]. 热带生物学报, 2016, 7(2): 246-252. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.018

ZHANG Changzheng, LIU Jinping, SHI Tao, LI Chaoping, CHEN Yipeng, HUANG Guixiu. T-DNA Insertion Patterns for the Genome of Xanthomonas axonopodis pv. manihotis Transformants[J]. Journal of Tropical Biology, 2016, 7(2): 246-252. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.018

Citation:

ZHANG Changzheng, LIU Jinping, SHI Tao, LI Chaoping, CHEN Yipeng, HUANG Guixiu. T-DNA Insertion Patterns for the Genome of Xanthomonas axonopodis pv. manihotis Transformants[J]. Journal of Tropical Biology, 2016, 7(2): 246-252. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.02.018

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