适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法

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适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法

范玉龙, 姜达, 李明容, 黄惜, 夏志辉

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范玉龙, 姜达, 李明容, 黄惜, 夏志辉. 适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法[J]. 热带生物学报, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

引用本文:

范玉龙, 姜达, 李明容, 黄惜, 夏志辉. 适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法[J]. 热带生物学报, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

FAN Yulong, JIANG Da, LI Mingrong, HUANG Xi, XIA Zhihui. Efficient Isolation of Total RNA from Areca Leaf for High-throughput Sequencing[J]. Journal of Tropical Biology, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

Citation:

FAN Yulong, JIANG Da, LI Mingrong, HUANG Xi, XIA Zhihui. Efficient Isolation of Total RNA from Areca Leaf for High-throughput Sequencing[J]. Journal of Tropical Biology, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

海南大学农学院, 海南海口, 570228

基金项目:

海南大学中西部计划学科重点领域建设项目(ZXBJH-XK001)

教育部热带作物新品种选育工程中心与作物学重点学科联合资助项目(lhxm-2012-3)

第一作者:
范玉龙(1988-),男,海南大学农学院2012级硕士研究生.E-mail:fanyulong2012@126.com

通信作者:
夏志辉(1978-),男,副研究员,博士,硕导.研究方向:分子育种.E-mail:zhxia-111@163.com

中图分类号: S667.9

Efficient Isolation of Total RNA from Areca Leaf for High-throughput Sequencing

College of Agronomy, Hainan University, Haikou 570228, China

摘要: 为了获得能满足高通量测序要求的槟榔叶片总RNA,采用通用植物总RNA提取试剂盒和异硫氰酸胍-苯酚法提取槟榔叶片的总RNA。结果表明:异硫氰酸胍-苯酚法提取的总RNA完整性好、纯度高,通用植物总RNA提取试剂盒不能从槟榔叶片中提取完整的总RNA;70℃,10 min的热处理会导致槟榔总RNA的降解,苯酚/氯仿抽提能得到高纯度、完整性好的总RNA;总RNA质量浓度达到979 mg·L^-1,OD₂₆₀/OD₂₈₀=1.98,OD₂₆₀/OD₂₃₀=2.31,能满足转录组高通量测序的要求。
- 槟榔 /
- RNA提取 /
- 高通量测序 /
- 异硫氰酸胍-苯酚法
Abstract: Total RNA of leaves of Areca nut（ Areca catechu L） were extracted by using universal plant total RNA extraction kit and the guanidine isothiocyanate-phenol method to develop an optimum total RNA extraction protocol for Areca leaves for high-throughput sequencing. A better quality of Areca leaf total RNA was extracted by the guanidine isothiocyanate- phenol than the universal plant total RNA extraction kit. Furthermore,two methods,heat treatment and phenol-chloroform extraction,were tried to inactivate DNAase I after total RNA was digested by this enzyme. It was found that the total leaf RNA was degraded when heat treated at 70 ℃ for 10 min,whereas high-purity and high concentration of total leaf RNA was obtained through phenol-chloroform extraction. The quality of total RNA with OD₂₆₀/ OD₂₈₀= 1. 98,OD₂₆₀/ OD₂₃₀= 2. 31 and concentration more than 979 mg·L^-1,met the standard requirements for high-throughput RNA sequencing.
- Areca catechu L /
- RNA extraction /
- high-throughput sequencing /
- guanidine isothiocyanate-phenol method

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[2]	李建聪, 陈新, 陈英洁, 刘胤仪, 唐敏. 亚热带海域污损真核微生物群落对水动力变化的响应研究 . 热带生物学报, 2025, 16(1): 115-124. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240026
[3]	张超, 王玉梓, 王照琪, 陈代朋, 郑丽, 谢昌平. 槟榔间座壳菌叶斑病病原鉴定及其生物学特性 . 热带生物学报, 2025, 16(1): 79-86. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240001
[4]	林冲, 田光辉, 刘少军, 辛红雨, 赵婷, 甘业星. 南海POC沉积通量时空变化的遥感分析 . 热带生物学报, 2024, 15(5): 599-607. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240003
[5]	王傲雪, 赵超. 槟榔碱对SD大鼠肠道微生物与神经递质的影响 . 热带生物学报, 2024, 15(5): 567-576. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240040
[6]	李香凝, 赵瑾, 李东栋, 郑育声. 槟榔愈伤中槟榔碱的提取方法 . 热带生物学报, 2024, 15(1): 36-41. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230038
[7]	丁浩, 安启源, 崔闯, 万迎朗. 槟榔烘干工艺对农艺性状的影响及良果筛选 . 热带生物学报, 2022, 13(3): 264-270. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2022.03.009
[8]	陈燕艳, 徐诗涛, 王德立, 王军, 周元元, 侯祥文. 不同种植地胆木根际的细菌群落结构和多样性 . 热带生物学报, 2022, 13(5): 488-495. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2022.05.009
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[18]	陈锦豪, 郑锦滨, 毛勇, 苏永全, 王军. 益生菌和复合营养剂对鱼虾混养池塘水质及细菌群落结构的影响 . 热带生物学报, 2019, 10(1): 6-13. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.01.002
[19]	侯晓婉, 刘培卫, 孙佩文, 孟慧, 张争. 多年生白木香茎干不同部位总RNA提取方法的改良 . 热带生物学报, 2016, 7(3): 376-380. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.03.018
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适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

海南大学农学院, 海南海口, 570228

基金项目:

海南大学中西部计划学科重点领域建设项目(ZXBJH-XK001)

教育部热带作物新品种选育工程中心与作物学重点学科联合资助项目(lhxm-2012-3)

作者简介:
范玉龙(1988-),男,海南大学农学院2012级硕士研究生.E-mail:fanyulong2012@126.com

通讯作者: 夏志辉(1978-),男,副研究员,博士,硕导.研究方向:分子育种.E-mail:zhxia-111@163.com

收稿日期: 2014-12-17

中图分类号: S667.9

关键词:

高通量测序 /

异硫氰酸胍-苯酚法

摘要: 为了获得能满足高通量测序要求的槟榔叶片总RNA,采用通用植物总RNA提取试剂盒和异硫氰酸胍-苯酚法提取槟榔叶片的总RNA。结果表明:异硫氰酸胍-苯酚法提取的总RNA完整性好、纯度高,通用植物总RNA提取试剂盒不能从槟榔叶片中提取完整的总RNA;70℃,10 min的热处理会导致槟榔总RNA的降解,苯酚/氯仿抽提能得到高纯度、完整性好的总RNA;总RNA质量浓度达到979 mg·L^-1,OD₂₆₀/OD₂₈₀=1.98,OD₂₆₀/OD₂₃₀=2.31,能满足转录组高通量测序的要求。

English Abstract

范玉龙, 姜达, 李明容, 黄惜, 夏志辉. 适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法[J]. 热带生物学报, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

引用本文:

范玉龙, 姜达, 李明容, 黄惜, 夏志辉. 适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法[J]. 热带生物学报, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

FAN Yulong, JIANG Da, LI Mingrong, HUANG Xi, XIA Zhihui. Efficient Isolation of Total RNA from Areca Leaf for High-throughput Sequencing[J]. Journal of Tropical Biology, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

Citation:

FAN Yulong, JIANG Da, LI Mingrong, HUANG Xi, XIA Zhihui. Efficient Isolation of Total RNA from Areca Leaf for High-throughput Sequencing[J]. Journal of Tropical Biology, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

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