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适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法

范玉龙, 姜达, 李明容, 黄惜, 夏志辉

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范玉龙, 姜达, 李明容, 黄惜, 夏志辉. 适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法[J]. 热带生物学报（中英文）, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

引用本文:

范玉龙, 姜达, 李明容, 黄惜, 夏志辉. 适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法[J]. 热带生物学报（中英文）, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

FAN Yulong, JIANG Da, LI Mingrong, HUANG Xi, XIA Zhihui. Efficient Isolation of Total RNA from Areca Leaf for High-throughput Sequencing[J]. Journal of Tropical Biology, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

Citation:

FAN Yulong, JIANG Da, LI Mingrong, HUANG Xi, XIA Zhihui. Efficient Isolation of Total RNA from Areca Leaf for High-throughput Sequencing[J]. Journal of Tropical Biology, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

海南大学农学院, 海南海口, 570228

基金项目:

海南大学中西部计划学科重点领域建设项目(ZXBJH-XK001)

教育部热带作物新品种选育工程中心与作物学重点学科联合资助项目(lhxm-2012-3)

第一作者:
范玉龙(1988-),男,海南大学农学院2012级硕士研究生.E-mail:fanyulong2012@126.com

通信作者:
夏志辉(1978-),男,副研究员,博士,硕导.研究方向:分子育种.E-mail:zhxia-111@163.com

中图分类号: S667.9

Efficient Isolation of Total RNA from Areca Leaf for High-throughput Sequencing

College of Agronomy, Hainan University, Haikou 570228, China

摘要: 为了获得能满足高通量测序要求的槟榔叶片总RNA,采用通用植物总RNA提取试剂盒和异硫氰酸胍-苯酚法提取槟榔叶片的总RNA。结果表明:异硫氰酸胍-苯酚法提取的总RNA完整性好、纯度高,通用植物总RNA提取试剂盒不能从槟榔叶片中提取完整的总RNA;70℃,10 min的热处理会导致槟榔总RNA的降解,苯酚/氯仿抽提能得到高纯度、完整性好的总RNA;总RNA质量浓度达到979 mg·L^-1,OD₂₆₀/OD₂₈₀=1.98,OD₂₆₀/OD₂₃₀=2.31,能满足转录组高通量测序的要求。
- 槟榔 /
- RNA提取 /
- 高通量测序 /
- 异硫氰酸胍-苯酚法
Abstract: Total RNA of leaves of Areca nut（ Areca catechu L） were extracted by using universal plant total RNA extraction kit and the guanidine isothiocyanate-phenol method to develop an optimum total RNA extraction protocol for Areca leaves for high-throughput sequencing. A better quality of Areca leaf total RNA was extracted by the guanidine isothiocyanate- phenol than the universal plant total RNA extraction kit. Furthermore,two methods,heat treatment and phenol-chloroform extraction,were tried to inactivate DNAase I after total RNA was digested by this enzyme. It was found that the total leaf RNA was degraded when heat treated at 70 ℃ for 10 min,whereas high-purity and high concentration of total leaf RNA was obtained through phenol-chloroform extraction. The quality of total RNA with OD₂₆₀/ OD₂₈₀= 1. 98,OD₂₆₀/ OD₂₃₀= 2. 31 and concentration more than 979 mg·L^-1,met the standard requirements for high-throughput RNA sequencing.
- Areca catechu L /
- RNA extraction /
- high-throughput sequencing /
- guanidine isothiocyanate-phenol method

[1]	林思鸿, 李华东, 王宇洋, 林电. DRIS诊断法在海南黄化槟榔营养失衡诊断中的应用 . 热带生物学报（中英文）, 2026, 17(): 1-11. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20260065
[2]	韦丽菲, 陈舒畅, 蓝梦玲, 阳琪芝, 梁宏业, 覃祯俊. 珊瑚共生虫黄藻Cladocopium C1 sp.的分离培养和纯化 . 热带生物学报（中英文）, 2026, 17(): 1-9. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250065
[3]	何燃, 高楷翔, 潘能斌, 李展泓, 张廷超, 梁宏业, 卢晓燕, 蓝梦玲, 覃祯俊. 虫黄藻对低盐胁迫的生理响应 . 热带生物学报（中英文）, 2025, 16(6): 890-897. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240202
[4]	李建聪, 陈新, 陈英洁, 刘胤仪, 唐敏. 亚热带海域污损真核微生物群落对水动力变化的响应研究 . 热带生物学报（中英文）, 2025, 16(1): 115-124. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240026
[5]	韦海, 李昌涛, 莫奇锦, 李文, 管为, 罗昌明, 罗敦, 钟铭隆. 焦枯病对桉树林下土壤真菌多样性的影响 . 热带生物学报（中英文）, 2025, 16(2): 227-235. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240102
[6]	张超, 王玉梓, 王照琪, 陈代朋, 郑丽, 谢昌平. 槟榔间座壳菌叶斑病病原鉴定及其生物学特性 . 热带生物学报（中英文）, 2025, 16(1): 79-86. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20240001
[7]	李香凝, 赵瑾, 李东栋, 郑育声. 槟榔愈伤中槟榔碱的提取方法 . 热带生物学报（中英文）, 2024, 15(1): 36-41. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230038
[8]	陈燕艳, 徐诗涛, 王德立, 王军, 周元元, 侯祥文. 不同种植地胆木根际的细菌群落结构和多样性 . 热带生物学报（中英文）, 2022, 13(5): 488-495. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2022.05.009
[9]	刘双龙, 杨德洁, 牛晓庆, 杨福孙, 覃伟权. 槟榔根腐病菌拮抗菌株的筛选与鉴定 . 热带生物学报（中英文）, 2022, 13(3): 235-242. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2022.03.005
[10]	刘满意, 王禹童, 孙铭泽, 李荣, 王蓓蓓. 套作白三叶草对香蕉枯萎病发病率及土壤微生物群落的影响 . 热带生物学报（中英文）, 2021, 12(2): 219-227. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.02.011
[11]	徐航, 刘贤青, 袁弘伦, 罗杰. 槟榔碱合成前体物质的空间分布及槟榔碱合成通路解析 . 热带生物学报（中英文）, 2021, 12(3): 271-278. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.03.001
[12]	崔闯, 吴娇, 刘东峻, 黄书怡, 万迎朗. 缺氮对槟榔幼苗叶片光合特性的影响 . 热带生物学报（中英文）, 2020, 11(4): 446-454. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.04.007
[13]	吴娇, 孔丹宇, 万迎朗. 浅析国际槟榔文化及各国管理政策 . 热带生物学报（中英文）, 2020, 11(4): 523-532. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2020.04.016
[14]	齐钊, 张曼丽, 闫臻, 徐敏, 李相煌, 马叶, 熊睿, 柳晓磊, 汤华. 联合施用微生物菌剂和氨基酸水溶肥对哈密瓜土壤性质及细菌群落结构的影响 . 热带生物学报（中英文）, 2019, 10(4): 352-359. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.04.008
[15]	陈锦豪, 郑锦滨, 毛勇, 苏永全, 王军. 益生菌和复合营养剂对鱼虾混养池塘水质及细菌群落结构的影响 . 热带生物学报（中英文）, 2019, 10(1): 6-13. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.01.002
[16]	梁鹏, 李响, 何其光, 刘文波, 缪卫国, 郑服丛. 橡胶树白粉病菌在疏水介质表面的侵染特征和RNA提取 . 热带生物学报（中英文）, 2017, 8(2): 147-152,167. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2017.02.003
[17]	侯晓婉, 刘培卫, 孙佩文, 孟慧, 张争. 多年生白木香茎干不同部位总RNA提取方法的改良 . 热带生物学报（中英文）, 2016, 7(3): 376-380. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2016.03.018
[18]	张瑜文, 谢学立, 黄绵佳, 李佳潼, 吴岚芳. 真空浓缩法与旋转蒸发法提取青蒿素的比较 . 热带生物学报（中英文）, 2015, 6(3): 325-328. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.03.018
[19]	黄丽云, 张奕琴. 6-BA和NAA对槟榔幼胚离体培养的影响 . 热带生物学报（中英文）, 2011, 2(3): 256-259. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2011.03.019
[20]	王甲水, 张建斌, 贾彩虹, 刘菊华, 金志强. 一种适合香蕉根系总RNA提取的方法 . 热带生物学报（中英文）, 2010, 1(3): 202-205,209. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.03.009

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适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法

DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

海南大学农学院, 海南海口, 570228

基金项目:

海南大学中西部计划学科重点领域建设项目(ZXBJH-XK001)

教育部热带作物新品种选育工程中心与作物学重点学科联合资助项目(lhxm-2012-3)

作者简介:
范玉龙(1988-),男,海南大学农学院2012级硕士研究生.E-mail:fanyulong2012@126.com

通讯作者: 夏志辉(1978-),男,副研究员,博士,硕导.研究方向:分子育种.E-mail:zhxia-111@163.com

收稿日期: 2014-12-17

中图分类号: S667.9

关键词:

高通量测序 /

异硫氰酸胍-苯酚法

摘要: 为了获得能满足高通量测序要求的槟榔叶片总RNA,采用通用植物总RNA提取试剂盒和异硫氰酸胍-苯酚法提取槟榔叶片的总RNA。结果表明:异硫氰酸胍-苯酚法提取的总RNA完整性好、纯度高,通用植物总RNA提取试剂盒不能从槟榔叶片中提取完整的总RNA;70℃,10 min的热处理会导致槟榔总RNA的降解,苯酚/氯仿抽提能得到高纯度、完整性好的总RNA;总RNA质量浓度达到979 mg·L^-1,OD₂₆₀/OD₂₈₀=1.98,OD₂₆₀/OD₂₃₀=2.31,能满足转录组高通量测序的要求。

English Abstract

范玉龙, 姜达, 李明容, 黄惜, 夏志辉. 适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法[J]. 热带生物学报（中英文）, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

引用本文:

范玉龙, 姜达, 李明容, 黄惜, 夏志辉. 适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法[J]. 热带生物学报（中英文）, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

FAN Yulong, JIANG Da, LI Mingrong, HUANG Xi, XIA Zhihui. Efficient Isolation of Total RNA from Areca Leaf for High-throughput Sequencing[J]. Journal of Tropical Biology, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

Citation:

FAN Yulong, JIANG Da, LI Mingrong, HUANG Xi, XIA Zhihui. Efficient Isolation of Total RNA from Areca Leaf for High-throughput Sequencing[J]. Journal of Tropical Biology, 2015, 6(1): 87-90. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2015.01.013

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