基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用

齐兴柱; 骆剑; 刘志亮; 胡静; 朱晓平; 彭艳辉; 尹绍武

doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.04.001

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基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用

齐兴柱, 骆剑, 刘志亮, 胡静, 朱晓平, 彭艳辉, 尹绍武

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齐兴柱, 骆剑, 刘志亮, 胡静, 朱晓平, 彭艳辉, 尹绍武. 基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用[J]. 热带生物学报, 2010, 1(4): 321-326. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.04.001

引用本文:

QI Xing-zhu, LUO Jian, LIU Zhi-liang, HU Jing, ZHU Xiao-ping, PENG Yan-hui, YIN Shao-wu. Application of COⅠ-based DNA barcoding in Gymnothorax Species in South China Sea[J]. Journal of Tropical Biology, 2010, 1(4): 321-326. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.04.001

Citation:

QI Xing-zhu, LUO Jian, LIU Zhi-liang, HU Jing, ZHU Xiao-ping, PENG Yan-hui, YIN Shao-wu. Application of COⅠ-based DNA barcoding in Gymnothorax Species in South China Sea[J]. Journal of Tropical Biology, 2010, 1(4): 321-326. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.04.001

基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.04.001

海南大学海洋学院, 海南大学热带生物资源教育部重点实验室, 海南海口 570228

基金项目:

海南省自然科学基金(808122)

海南省教育厅高等学校科研项目(Hjkj2010-13)

详细信息

第一作者:
齐兴柱（1973－），男，湖南津市人，博士，海南大学海洋学院副教授.

通信作者:
尹绍武（1969－），男，湖南石门人，南京师范大学生命科学学院教授，博士.E-mail：yinshaowu@163.com

中图分类号: Q959

Application of COⅠ-based DNA barcoding in Gymnothorax Species in South China Sea

College of Ocean, Hainan University, Ministry of Education, Key Laboratory for Tropical Biology Resources, Haikou 570228, China

摘要: 为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列(504bp)。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的相应同源序列进行比较分析,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果表明:(1)504个位点中共有187个核苷酸位点存在变异(37.1%);(2)序列变异的转换/颠换比值平均为1.5;(3)细斑裸胸鳝(Gymnothorax fimbriatus)与黑斑裸胸鳝(G.favagineus)之间的同源序列碱基差异只有0.20%,支持二者是同种异名的观点;(4)在NJ树和MP树中,蠕纹裸胸鳝和网纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置。其余8种聚为另外一支,然后又细分为2个较小的分支。
- 裸胸鳝属 /
- 细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因 /
- DNA条形码 /
- 系统树
Abstract: In order to explore the phylogenetic relationships of gymnothorax species in South China Sea,504 bp length fragments of mitochondrial cytochrome oxidase subunit Ⅰ gene from 6 species of genus Gymnothorax （G. flavimarginatus,G.reticularis,G.melanospilus,G.rueppeliae,G.fimbriatus,G. favagineus） in South China Sea were sequenced. Based on the phylogenetic analysis of the homologous sequences of COⅠ gene sequences of Gymnothorax from 3 species in South China Sea and 1 species in Japan downloaded from GenBank,neighbor-joining （NJ ） and maximum parsimony （MP） methods were used to construct molecular phylogenetic trees. The results indicated that there were 187 nucleotide sites substituted（37.1%） in 504 bp sites;the average value of transition/transversion ratios was 1.5;nucleotide sequence divergence was only 0.20 % between G.fimbriatus and G. favagineus,which supported the opinion that G.fimbriatus and G. favagineus might be synonyms; the NJ tree and the MP tree Clustering maps showed that the genetic differentiation of G.reticularis and G.kidako was in the same branch,and the genetic differentiation of eight species Gymnothoraxas in another branch.
- Gymnothorax /
- cytochrome oxidase subunit Ⅰ gene /
- DNA barcodes /
- molecular phylogenetic tree

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基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2010.04.001

海南大学海洋学院, 海南大学热带生物资源教育部重点实验室, 海南海口 570228

基金项目:

海南省自然科学基金(808122)

海南省教育厅高等学校科研项目(Hjkj2010-13)

作者简介:
齐兴柱（1973－），男，湖南津市人，博士，海南大学海洋学院副教授.

通讯作者: 尹绍武（1969－），男，湖南石门人，南京师范大学生命科学学院教授，博士.E-mail：yinshaowu@163.com

收稿日期: 2010-12-05

中图分类号: Q959

关键词:

摘要: 为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列(504bp)。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的相应同源序列进行比较分析,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果表明:(1)504个位点中共有187个核苷酸位点存在变异(37.1%);(2)序列变异的转换/颠换比值平均为1.5;(3)细斑裸胸鳝(Gymnothorax fimbriatus)与黑斑裸胸鳝(G.favagineus)之间的同源序列碱基差异只有0.20%,支持二者是同种异名的观点;(4)在NJ树和MP树中,蠕纹裸胸鳝和网纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置。其余8种聚为另外一支,然后又细分为2个较小的分支。

English Abstract

Application of COⅠ-based DNA barcoding in Gymnothorax Species in South China Sea

College of Ocean, Hainan University, Ministry of Education, Key Laboratory for Tropical Biology Resources, Haikou 570228, China

Received Date: 2010-12-05

Keywords:

Abstract: In order to explore the phylogenetic relationships of gymnothorax species in South China Sea,504 bp length fragments of mitochondrial cytochrome oxidase subunit Ⅰ gene from 6 species of genus Gymnothorax （G. flavimarginatus,G.reticularis,G.melanospilus,G.rueppeliae,G.fimbriatus,G. favagineus） in South China Sea were sequenced. Based on the phylogenetic analysis of the homologous sequences of COⅠ gene sequences of Gymnothorax from 3 species in South China Sea and 1 species in Japan downloaded from GenBank,neighbor-joining （NJ ） and maximum parsimony （MP） methods were used to construct molecular phylogenetic trees. The results indicated that there were 187 nucleotide sites substituted（37.1%） in 504 bp sites;the average value of transition/transversion ratios was 1.5;nucleotide sequence divergence was only 0.20 % between G.fimbriatus and G. favagineus,which supported the opinion that G.fimbriatus and G. favagineus might be synonyms; the NJ tree and the MP tree Clustering maps showed that the genetic differentiation of G.reticularis and G.kidako was in the same branch,and the genetic differentiation of eight species Gymnothoraxas in another branch.