濒危兰科植物DNA条形码鉴定体系的建立与优化

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濒危兰科植物DNA条形码鉴定体系的建立与优化

潘英文, 张凌, 王安石, 李佳潼, 谢添伟, 陈施明, 刘福秀, 林明光

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潘英文, 张凌, 王安石, 李佳潼, 谢添伟, 陈施明, 刘福秀, 林明光. 濒危兰科植物DNA条形码鉴定体系的建立与优化[J]. 热带生物学报, 2019, 10(4): 319-323. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.04.003

引用本文:

潘英文, 张凌, 王安石, 李佳潼, 谢添伟, 陈施明, 刘福秀, 林明光. 濒危兰科植物DNA条形码鉴定体系的建立与优化[J]. 热带生物学报, 2019, 10(4): 319-323. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.04.003

PAN Yingwen, ZHANG Ling, WANG Anshi, LI Jiatong, XIE Tianwei, CHEN Shiming, LIU Fuxiu, LIN Mingguang. Establishment and Optimization of DNA Barcoding in Endangered Orchid Plants[J]. Journal of Tropical Biology, 2019, 10(4): 319-323. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.04.003

Citation:

PAN Yingwen, ZHANG Ling, WANG Anshi, LI Jiatong, XIE Tianwei, CHEN Shiming, LIU Fuxiu, LIN Mingguang. Establishment and Optimization of DNA Barcoding in Endangered Orchid Plants[J]. Journal of Tropical Biology, 2019, 10(4): 319-323. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.04.003

濒危兰科植物DNA条形码鉴定体系的建立与优化

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.04.003

海口海关热带植物隔离检疫中心, 海口 570311

基金项目:

国家质量监督检验检疫总局科技计划项目(2016IK095)

海南省自然科学基金项目(317293)

第一作者:
潘英文(1981-),男,高级农艺师.研究方向:植物检疫与生物技术.E-mail:pyw910@163.com

通信作者:
林明光(1962-),男,研究员,博士.研究方向:植物检疫与热带花卉研究.E-mail:linmingguang@yahoo.com

中图分类号: S682.31

Establishment and Optimization of DNA Barcoding in Endangered Orchid Plants

Post-Entry Quarantine Station for Tropical Plants, Haikou Customs, Haikou, Hainan 570311, China

摘要: 通过设计濒危兰科植物DNA条形码ITS,matK和psbA-trnH序列的通用引物并对其PCR反应体系进行优化,对16种有代表性的濒危兰科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率。结果表明:ITS,matK和psbA-trnH序列引物对濒危兰科植物的扩增和测序成功率均较高,PCR反应的最佳退火温度分别为ITS 54℃,matK和psbA-trnH 50℃。在上述反应体系和条件下获得的目的条带清晰、明亮,可作为鉴别濒危兰科植物物种的DNA条形码组合。
- 濒危兰科植物 /
- DNA条形码 /
- 鉴定
Abstract: Universal primers were designed for ITS, matK and psbA-trnH sequences of endangered orchids for DNA barcoding and their PCR reaction system optimized. Sixteen species of endangered orchids were amplified by using PCR and sequenced, and their PCR amplification and sequencing efficiencies were compared. The results showed that the primers for the ITS, matK and psbA-trnH sequences had higher amplification success rate and sequencing success rate for species of the endangered orchid plants. The optimum annealing temperatures for the PCR reaction were 54 ℃ for ITS and 50 ℃ for matK and psbA-trnH. The targeted bands obtained under the above reaction systems and conditions were clear and bright, and the ITS, matK and psbA-trnH sequences can be used as a combination of DNA barcodes to identify the species of endangered orchid plants.
- endangered orchid species /
- DNA barcoding /
- identification

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濒危兰科植物DNA条形码鉴定体系的建立与优化

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.04.003

海口海关热带植物隔离检疫中心, 海口 570311

基金项目:

国家质量监督检验检疫总局科技计划项目(2016IK095)

海南省自然科学基金项目(317293)

作者简介:
潘英文(1981-),男,高级农艺师.研究方向:植物检疫与生物技术.E-mail:pyw910@163.com

通讯作者: 林明光(1962-),男,研究员,博士.研究方向:植物检疫与热带花卉研究.E-mail:linmingguang@yahoo.com

收稿日期: 2018-12-05
修回日期: 2019-07-28

中图分类号: S682.31

关键词:

濒危兰科植物 /

摘要: 通过设计濒危兰科植物DNA条形码ITS,matK和psbA-trnH序列的通用引物并对其PCR反应体系进行优化,对16种有代表性的濒危兰科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率。结果表明:ITS,matK和psbA-trnH序列引物对濒危兰科植物的扩增和测序成功率均较高,PCR反应的最佳退火温度分别为ITS 54℃,matK和psbA-trnH 50℃。在上述反应体系和条件下获得的目的条带清晰、明亮,可作为鉴别濒危兰科植物物种的DNA条形码组合。

English Abstract

潘英文, 张凌, 王安石, 李佳潼, 谢添伟, 陈施明, 刘福秀, 林明光. 濒危兰科植物DNA条形码鉴定体系的建立与优化[J]. 热带生物学报, 2019, 10(4): 319-323. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.04.003

引用本文:

潘英文, 张凌, 王安石, 李佳潼, 谢添伟, 陈施明, 刘福秀, 林明光. 濒危兰科植物DNA条形码鉴定体系的建立与优化[J]. 热带生物学报, 2019, 10(4): 319-323. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.04.003

PAN Yingwen, ZHANG Ling, WANG Anshi, LI Jiatong, XIE Tianwei, CHEN Shiming, LIU Fuxiu, LIN Mingguang. Establishment and Optimization of DNA Barcoding in Endangered Orchid Plants[J]. Journal of Tropical Biology, 2019, 10(4): 319-323. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.04.003

Citation:

PAN Yingwen, ZHANG Ling, WANG Anshi, LI Jiatong, XIE Tianwei, CHEN Shiming, LIU Fuxiu, LIN Mingguang. Establishment and Optimization of DNA Barcoding in Endangered Orchid Plants[J]. Journal of Tropical Biology, 2019, 10(4): 319-323. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.04.003

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