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基于肠道内容物 DNA分析长棘海星的潜在鱼类捕食者

邢家杰 李忠炉 余秋玉 何春龙 周智 刘兆群

邢家杰,李忠炉,余秋玉,等. 基于肠道内容物 DNA分析长棘海星的潜在鱼类捕食者[J]. 热带生物学报,2025, 16(0):1−10. doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101 doi:  10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101
引用本文: 邢家杰,李忠炉,余秋玉,等. 基于肠道内容物 DNA分析长棘海星的潜在鱼类捕食者[J]. 热带生物学报,2025, 16(0):1−10. doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101 doi:  10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101
XING Jiajie, LI zhonglu, YU Qiuyu, HE Chunlong, ZHOU Zhi, LIU Zhaoqun. Potential fish predator analysis of crown-of-thorns starfish Acanthaster planci in the Xisha reef area using intestinal content DNA[J]. Journal of Tropical Biology. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101
Citation: XING Jiajie, LI zhonglu, YU Qiuyu, HE Chunlong, ZHOU Zhi, LIU Zhaoqun. Potential fish predator analysis of crown-of-thorns starfish Acanthaster planci in the Xisha reef area using intestinal content DNA[J]. Journal of Tropical Biology. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101

基于肠道内容物 DNA分析长棘海星的潜在鱼类捕食者

doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101
详细信息
    第一作者:

    邢家杰(1999–),男,海南大学 2021 级硕士研究生。E-mail: xingjiajie1818@126.com

    通信作者:

    周智(1983−),男,博士,研究员。研究方向:海洋生物学。 E-mail: zhouzhi@hainanu.edu.cn

  • 中图分类号: S511;Q943.2

Potential fish predator analysis of crown-of-thorns starfish Acanthaster planci in the Xisha reef area using intestinal content DNA

  • 摘要: 为了解西沙礁区长棘海星(Acanthaster planci)的潜在鱼类捕食者种类,本研究根据形态学特 征与 18S 分子标签鉴定了在西沙礁区 23 个站点采捕(2023 年 4 月)的鱼类样品,并采用PCR 技术检测了鱼类肠道内容物 DNA 中长棘海星线粒体细胞色素 C 氧化酶亚基Ⅰ(mitochondrial cytochrome oxidase subunit Ⅰ , COTS-mtCOI )的基因片段 。研究结果为:① 330 尾鱼样经鉴定隶属于9 目 24 科 37 属 42 种。② 在6种鱼类[珠蝴蝶鱼(Chaetodon kleinii)、三间火箭(Chelmon rostratus )、弓月蝴蝶鱼(Chaetodon lunulatus)、红裸颊鲷(Lethrinus haematopterus)、东方尖唇鱼(Oxycheilinus orientalis)和蜂巢石斑鱼(Epinephelus merra)]的肠道内容物 DNA 中扩增到 COTS-mtCOI 片段。其中,在珠蝴蝶鱼的肠道内容物 DNA 中均检测出 CoTS-mtCOI 基因片段,而其他 5 种鱼类仅部分样品检出。③ 6 种鱼类均为首次报道的长棘海星潜在鱼类捕食者。④ 基于 18S 序列的系统进化树中,珠蝴蝶鱼、三间火箭与弓月蝴蝶鱼先聚到蝴蝶鱼科亚支,再归到刺尾鱼目分支,而红裸颊鲷、东方尖唇鱼与蜂巢石斑鱼均聚到鲈形目分支。本研究结果有助于了解中国西沙珊瑚礁生态系统中长棘海星的潜在鱼类捕食者,以期为防控南海长棘海星暴发提供理论依据与科学指导。
  • 图  2  在 4 个站点 6 种鱼类的肠道内容物 DNA 中 CoTS-mtCOI 基因片段的检出率

    S2:西沙洲 ;S4:石岛 ;S8:晋卿岛 ;S10:金银岛 ;1:珠蝴蝶鱼 (C. mertensii);2:三间火箭(C. rostratus);3:红裸颊鲷(L. haematopterus);4:弓月蝴蝶鱼(C. lunulatus);5:东方尖唇鱼(O. orientalis); 6:蜂巢石斑鱼(E. merra)。未在某站点出现的鱼类表示未捕获此种鱼类。

    Fig.  2  The detection rate of the CoTS-mtCOI gene fragment in the intestinal contents of six fish species at four sites

    S2:Xisha Zhou ;S4:Shi Dao;S8:Jinqing Dao ;S10:Jinyin Dao;1: C. mertensii;2: C. rostratus;3: L. haematopterus;4:C. lunulatus;5: O. orientalis; 6: E. merra. The absence of a certain fish species at a particular site indicates that such fish was not caught.

    图  3  西沙洲鱼类肠道内容物 CoTS-mtCOI 基因片段的检出率差异分析

    1:珠蝴蝶鱼 (C. mertensii);2:三间火箭(C. rostratus);3:东方尖唇鱼(O. orientalis); 4:蜂巢石斑鱼(E. merra)。*表示珠蝴蝶鱼与蜂巢石斑鱼中CoTS-mtCOI 基因片段的检出率具有显著差异。

    Fig.  3  Detection rate analysis of CoTS-mtCOI gene fragment in fish intestinal contents at Xishazhou site.

    1: C. mertensii; 2: C. rostratus; 3: O. orientalis; 4: E. merra. The asterisk indicates a significant difference in the detection rate of CoTS-mtCOI gene fragment between C. mertensii and E. merra.

    图  4  采用 18S 基因片段和邻接法构建的 42 种西沙鱼类分子系统发育树

    Fig.  4  Molecular phylogenetic trees of 42 fish from Xisha island based on 18S gene fragment sequences constructed using Neighbor-Joining method

    表  1  取样站点与经纬度

    Table  1  Sampling sites and latitude/longitude

    站点邻近岛礁纬度纬度
    S1北礁111°26.316817°02.0614′
    S2西沙洲112°10.171816°56.1076
    S3南沙洲112°24.712316°56.5063
    S4石岛112°17.741116°47.5152
    S5西波滩东部112°54.397616°47.0225
    S6石岛112°13.056916°42.5217
    S7西波滩112°41.505216°34.8471
    S8晋卿岛111°50.864216°30.3492
    S9深航岛111°35.153916°34.9625
    S10金银岛111°28.331816°27.8815
    S11华光礁111°35.290216°15.8143
    S12华光礁111°32.518016°06.1935′
    S13华光礁111°53.459816°11.3570
    S14盘石屿111°52.196016°02.3941′
    S15滨湄滩112°36.432016°16.6061
    S16浪花礁112°29.884016°06.4386′
    S17玉琢礁112°08.8745′16°20.3769
    S18玉琢礁南112°08.4118′16°05.5609′
    S19浪花礁东北112°50.786116°20.2253
    S20北边廊西112°20.864916°36.2650
    S21石屿东北111°58.692716°30.6776
    S22北礁东111°57.777417°00.3571′
    S23北礁南111°38.511116°01.0240′
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    表  2  鱼样物种、分类地位和18S序列号

    Table  2  Fish species, taxonomic status and 18S sequence numbers

    序号种名分类地位18S序列号
    1珠蝴蝶鱼(Chaetodon kleinii刺尾鱼目(Aanthuriformes)蝴蝶鱼科(Chaetodontidae)EF616825.1
    2三间火箭(Chelmon rostratus刺尾鱼目(Acanthuriformes)蝴蝶鱼科(Chaetodontidae)EF616876.1
    3弓月蝴蝶鱼(Chaetodon lunulatus刺尾鱼目(Acanthuriformes)蝴蝶鱼科(Chaetodontidae)OP035277.1
    4角镰鱼(Zanclus cornutus刺尾鱼目(Acanthuriformes)镰刀鱼科(Zanclidae)NC_009852.1
    5黄斑蓝子鱼(Siganus canaliculatus刺尾鱼目(Acanthuriformes)篮子鱼科(Siganidae)AF055600.1
    6银蓝子鱼(Siganus argenteus刺尾鱼目(Acanthuriformes)篮子鱼科(Siganidae)PP140670.1
    7少鳞燕鳐(Cypselurus oligolepis颌针鱼目(Beloniformes)飞鱼科(Exocoetidae)LC458117.1
    8黑背圆颌针鱼(Tylosurus melanotus颌针鱼目(Beloniformes)颌针鱼科(Belonidae)MH248221.1
    9青翼须唇飞鱼(Cheilopogon cyanopterus颌针鱼目(Beloniformes)飞鱼科(Exocoetidae)NC_036721.1
    10小鳍针飞鱼(Oxyporhamphus micropterus颌针鱼目(Beloniformes)鱵科(Hemiramphidae)LC715466.1
    11花鳍燕鳐(Cypselurus poecilopterus颌针鱼目(Beloniformes)飞鱼科(Exocoetidae)OP035088.1
    12六带鲹(Caranx sexfasciatus鲹形目(Carangiformes)鲹科(Carangidae)OP035090.1
    13脂眼凹肩鲹(Selar crumenophthalmus鲹形目(Carangiformes)鲹科(Carangidae)NC_023954.1
    14长颌似鲹(Scomberoides commersonnianus鲹形目(Carangiformes)鲹科(Carangidae)LC672493.1
    15细鳞圆鲹(Decapterus macarellus鲹形目(Carangiformes)鲹科(Carangidae)NC_026718.1
    16单棘豹鲂鮄(Daicocus peterseni豹鲂鮄目( Dactylopteriformes)豹鲂鮄科(Dactylopteridae)NC_003194.1
    17无斑拟羊鱼(Mulloidichthys vanicolensis羊鱼目(Mulliformes)羊鱼科(Mullidae)NC_024188.1
    18圆口副绯鲤(Parupeneus cyclostomus羊鱼目(Mulliformes)羊鱼科(Mullidae)PP140669.1
    19条斑副绯鲤(Parupeneus barberinus羊鱼目(Mulliformes)羊鱼科(Mullidae)NC_082530.1
    20奈氏眶灯鱼(Diaphus knappi灯笼鱼目( Myctophiformes)灯笼鱼科(Myctophidae)LC146181.1
    21犬牙锥齿鲷(Pentapodus caninus鲈形目(Perciformes)金线鱼科(Nemipteridae)LC036827.1
    22红裸颊鲷(Lethrinus haematopterus鲈形目(Perciformes)裸颊鲷科(Lethrinidae)LC640073.1
    23黑带鳞鳍梅鲷(Pterocaesio tile鲈形目(Perciformes)乌尾鮗科( Caesionidae )NC_004408.1
    24宝石大眼鲷(Priacanthus hamrur鲈形目(Perciformes)大眼鲷科(Priacanthidae)LC649119.1
    25灰鳍异大眼鲷(Heteropriacanthus cruentatus鲈形目(Perciformes)大眼鲷科(Priacanthidae)OP035148.1
    26白边侧牙鲈(Variola albimarginata鲈形目(Perciformes)鮨科(Serranidae)NC_022139.1
    27六带线纹鱼(Grammistes sexlineatus鲈形目(Perciformes)线纹鱼科(Grammistidae)AP006794.1
    28东方尖唇鱼(Oxycheilinus orientalis鲈形目(Perciformes)隆头鱼科(Labridae)LC104664.1
    29蜂巢石斑鱼(Epinephelus merra鲈形目(Perciformes)石斑鱼科(Epinephelidae)NC_022509.1
    30鲔(Euthynnus affinis鲭形目( Scombriformes ) 鲭科( Scombridae)NC_025934.1
    31鲣(Katsuwonus pelamis鲭形目( Scombriformes ) 鲭科( Scombridae)KM605252.1
    32黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares鲭形目(Scombriformes)鲭科(Scombridae)NC_014061.1
    33沙氏刺鲅(Acanthocybium solandri鲭形目(Scombriformes) 鲭科(Scombridae)NC_067731.1
    34圆舵鲣(Auxis rochei鲭形目(Scombriformes) 鲭科(Scombridae)MK548578.1
    35蛇鲭(Gempylus serpens鲭形目(Scombriformes)蛇鲭科(Gempylidae)OP035147.1
    36扁舵鲣(Auxis thazard鲭形目( Scombriformes ) 鲭科( Scombridae)MK801690.1
    37棘鲯鳅(Coryphaena equiselis鲹形目(Carangiformes)鲯鳅科( Coryphaenidae)MH576916.1
    38琉璃玉鲳(Psenes cyanophrys鲭形目( Scombriformes )圆鲳科NomeidaeNC_082747.1
    39鳞首方头鲳(Cubiceps squamiceps鲭形目( Scombriformes ) 圆鲳科(Nomeidae)PQ492202.1
    40细斑前孔魨(Cantherhines pardalis鲀形目( Tetraodontiformes)单棘鲀科(Monacanthidae)OR499746.1
    41兔头鲀(Lagocephalus鲀形目(Tetraodontiformes)四齿鲀科( Tetraodontidae )LC738765.1
    42暗鳍兔头鲀(Lagocephalu gloveri鲀形目(Tetraodontiformes)四齿鲀科( Tetraodontidae )NC_059716.1
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    出版历程
    • 收稿日期:  2025-08-02
    • 修回日期:  2025-10-04
    • 网络出版日期:  2025-10-22

    基于肠道内容物 DNA分析长棘海星的潜在鱼类捕食者

    doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101
      作者简介:

      邢家杰(1999–),男,海南大学 2021 级硕士研究生。E-mail: xingjiajie1818@126.com

      通讯作者: 周智(1983−),男,博士,研究员。研究方向:海洋生物学。 E-mail: zhouzhi@hainanu.edu.cn
    • 中图分类号: S511;Q943.2

    摘要: 为了解西沙礁区长棘海星(Acanthaster planci)的潜在鱼类捕食者种类,本研究根据形态学特 征与 18S 分子标签鉴定了在西沙礁区 23 个站点采捕(2023 年 4 月)的鱼类样品,并采用PCR 技术检测了鱼类肠道内容物 DNA 中长棘海星线粒体细胞色素 C 氧化酶亚基Ⅰ(mitochondrial cytochrome oxidase subunit Ⅰ , COTS-mtCOI )的基因片段 。研究结果为:① 330 尾鱼样经鉴定隶属于9 目 24 科 37 属 42 种。② 在6种鱼类[珠蝴蝶鱼(Chaetodon kleinii)、三间火箭(Chelmon rostratus )、弓月蝴蝶鱼(Chaetodon lunulatus)、红裸颊鲷(Lethrinus haematopterus)、东方尖唇鱼(Oxycheilinus orientalis)和蜂巢石斑鱼(Epinephelus merra)]的肠道内容物 DNA 中扩增到 COTS-mtCOI 片段。其中,在珠蝴蝶鱼的肠道内容物 DNA 中均检测出 CoTS-mtCOI 基因片段,而其他 5 种鱼类仅部分样品检出。③ 6 种鱼类均为首次报道的长棘海星潜在鱼类捕食者。④ 基于 18S 序列的系统进化树中,珠蝴蝶鱼、三间火箭与弓月蝴蝶鱼先聚到蝴蝶鱼科亚支,再归到刺尾鱼目分支,而红裸颊鲷、东方尖唇鱼与蜂巢石斑鱼均聚到鲈形目分支。本研究结果有助于了解中国西沙珊瑚礁生态系统中长棘海星的潜在鱼类捕食者,以期为防控南海长棘海星暴发提供理论依据与科学指导。

    English Abstract

    邢家杰,李忠炉,余秋玉,等. 基于肠道内容物 DNA分析长棘海星的潜在鱼类捕食者[J]. 热带生物学报,2025, 16(0):1−10. doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101 doi:  10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101
    引用本文: 邢家杰,李忠炉,余秋玉,等. 基于肠道内容物 DNA分析长棘海星的潜在鱼类捕食者[J]. 热带生物学报,2025, 16(0):1−10. doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101 doi:  10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101
    XING Jiajie, LI zhonglu, YU Qiuyu, HE Chunlong, ZHOU Zhi, LIU Zhaoqun. Potential fish predator analysis of crown-of-thorns starfish Acanthaster planci in the Xisha reef area using intestinal content DNA[J]. Journal of Tropical Biology. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101
    Citation: XING Jiajie, LI zhonglu, YU Qiuyu, HE Chunlong, ZHOU Zhi, LIU Zhaoqun. Potential fish predator analysis of crown-of-thorns starfish Acanthaster planci in the Xisha reef area using intestinal content DNA[J]. Journal of Tropical Biology. doi: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20250101
    • 珊瑚礁生态系统是重要的热带海洋生态系统之一,因其具有较高的生物多样性而被誉 为“海洋中的热带雨林”[1]。长棘海星(Acanthaster planci)喜食珊瑚礁生态系统的框架生 物造礁珊瑚;长棘海星群体暴发被认为是近年来中国珊瑚礁生态系统退化的重要原因之一[23]。 2009 年长棘海星群体暴发导致西沙群岛部分礁区的活珊瑚覆盖率降至不足1%[45],珊瑚生物多样性显著降低[6]。此外,遭长棘海星啃食后留下的珊瑚骨骼会因生物侵蚀和海水运动而塌陷, 从而降低珊瑚礁结构的复杂性,并致使礁栖生物的种类和密度及生物多样性下降 [79]

      礁栖鱼类可以捕食不同生长阶段的长棘海星,进而能抑制长棘海星群体暴发[10]。用于解释长棘海星群体暴发机理的“捕食者移除假说”认为:当长棘海星捕食者大幅减少时,长棘海星群体将可能因上行控制降低而发生暴发[11]。Cowan 等[12]研究发现,常见的雀鲷科和蝴蝶鱼科鱼类会主动地摄食长棘海星的配子和幼虫,鲀形目的纹腹叉鼻鲀(Arothron hispidus)等鱼类可直接捕食长棘海星成体[1314]。这些鱼类捕食者在控制长棘海星群体数量和种群动态等方面发挥着重要作用[15]。近年来有研究者运用环境DNA 技术来掌握捕食者种类和数量。如Kroon 等[11]通过ddPCR 技术和特异性引物[16](F:5'-CCGGACGCCTATAC-3';R:5'-AGTGGTTCGCTGGGAAGTGAAGG-3')检测了澳大利亚大堡礁海洋公园鱼类肠道内容物中的长棘海星线粒体细胞色素C 氧化酶亚基Ⅰ(mitochondrial cytochrome oxidase subunit Ⅰ ,COTS-mtCOI)基因片段,发现豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus )、星斑裸颊鲷(Lethrinus nebulosus)、宅泥鱼(Dascyllus aruanus)、黑斑盘雀鲷(Dischistodus melanotus)4 种长棘海星潜在鱼类捕食者。张颖等[17]采用PCR 技术检测了鱼肠道内容物中的长棘海星DNA,发现了颊吻鼻鱼(Naso lituratus )、网纹宅泥鱼(Dascyllusreticulatus )、三叶唇鱼(Cheilinus trilobatus)和赤鳍裸颊鲷(Lethrinus erythr-opterus)4 种长棘海星潜在鱼类捕食者。尽管“捕食者移除假说”难以解释全球发生的所有长棘海星群体暴发事件[1819],但对长棘海星的鱼类捕食者种类进行全面了解将有利于控制长棘海星群体数量,减少长棘海星暴发风险,并提高珊瑚礁生态系统的自然恢复力[20]

      中国南海礁区自2020年开始新一轮的长棘海星群体暴发。为解析中国南海长棘海星的群体暴发机理和防控长棘海星群体暴发的预警提供理论依据与科学指导,本研究根据形态学特征与18S 分子标签鉴定了在西沙礁区 23 个站点采捕的鱼类,然后采用PCR 技术检测了其肠道内容物 DNA 中的 COTS-mtCOI 基因片段,进而分析中国西沙礁区长棘海星的潜在鱼类捕食者及其摄食能力。

      • 2023 年 4 月8~26日在 23 个西沙海域站点网捕鱼类,将全部渔获置于−20 ℃冰箱暂存。待渔获运抵实验室后,根据 FishBase(http://fishbase. org/ )的形态学特征鉴定样品的所属物种。首先从每种鱼类中选取 1 尾样品,取米粒大的肌肉组织样置于含有 500 mL DNA lysis buffer( 10 mmol·L−1 Tris-HCl pH 8.0 ,0.5% SDS ,100 mmol·L−1 EDTA ,200 µg·mL−1 Protease K)的离心管中,−80 ℃冰箱中保存至 DNA 提取,用于进一步的样品鉴定。 然后对每个站点中的每种鱼类随机挑选 3 尾(不足 3 尾时取全部),参考 Kroon 等[11]的方法取样肠道内容物,即解剖鱼体后取出肠道,在前端剪取 1~3 cm 长的肠道,置于装有2 mL DNA lysis buffer 的离心管中,−80 ℃保存,用于后续的 DNA 提取。

        表 1  取样站点与经纬度

        Table 1.  Sampling sites and latitude/longitude

        站点邻近岛礁纬度纬度
        S1北礁111°26.316817°02.0614′
        S2西沙洲112°10.171816°56.1076
        S3南沙洲112°24.712316°56.5063
        S4石岛112°17.741116°47.5152
        S5西波滩东部112°54.397616°47.0225
        S6石岛112°13.056916°42.5217
        S7西波滩112°41.505216°34.8471
        S8晋卿岛111°50.864216°30.3492
        S9深航岛111°35.153916°34.9625
        S10金银岛111°28.331816°27.8815
        S11华光礁111°35.290216°15.8143
        S12华光礁111°32.518016°06.1935′
        S13华光礁111°53.459816°11.3570
        S14盘石屿111°52.196016°02.3941′
        S15滨湄滩112°36.432016°16.6061
        S16浪花礁112°29.884016°06.4386′
        S17玉琢礁112°08.8745′16°20.3769
        S18玉琢礁南112°08.4118′16°05.5609′
        S19浪花礁东北112°50.786116°20.2253
        S20北边廊西112°20.864916°36.2650
        S21石屿东北111°58.692716°30.6776
        S22北礁东111°57.777417°00.3571′
        S23北礁南111°38.511116°01.0240′
      • 采用 18S 分子标签进一步鉴定鱼类物种。首先,取出冻存的肌肉样品,解冻后依次加入 500 μL 裂解液(10 mmol·L−1 TrisHCl(pH=8.0), 10 mmol·L−1 EDTA(pH=8.0), 10 mmol·L−1 NaCl, 1% 2-巯基乙醇,10 μL 蛋白酶k(10 mg·mL−1 )、65 μL 的 10%SDS),56 ℃温浴 1 h ,每隔 15 min 颠倒摇动数次,使样品充分裂解。室温下 8 000 g 离心 3 min ,吸取 500 μL 上清液,加入500 μL的v苯酚v氯仿v异戊醇=25∶24∶1混合液。颠倒混匀后,室温13 000 g 离心 10 min ,吸取400 μL 上清液,加入400 μL的v氯仿v异戊醇=24∶1混合液。再次颠倒混匀后,室温13 000 g 离心 10 min ,吸取 200 μL上清液至新的离心管中,加入 400 μL无水乙醇。混匀后静置15 min ,室温3 000 g 离心 10 min ,倒去上清液,加入 1 mL 70%乙醇。室温13 000 g 离心 5 min ,倒去上清液后,室温干燥15 min 。最后加入 100 μLTE 溶解 DNA 沉淀,用于后续的 PCR 实验。

        以提取的肌肉组织DNA 为模板,采用18S 通用引物对( F : 5'_-GCCAGTAGTCATATGCTTGTCT-3' ;R:5'-GGAGCTGGAATTACCGC-3')PCR 扩增 18S 分 子标签序列。扩增体系:2.5 μL 10×PCR Buffer ,2 μL dNTP(各 2.5 mmol·L−1),1 μL 引物 F(10 μmol·L−1),1 μL 引物R(10 μmol·L−1),1 μL DNA 模板,0.15 μL rTaq,17.35 μL DEPC 水。扩增条件为95 ℃ 5 min;95 ℃ 30 s ,55 ℃ 30 s ,72 ℃ 30 s ,35 个循环;72 ℃ 10 min ,4 ℃保存。PCR 产物经琼脂糖凝胶电泳确定为特异性扩增后,送至生工生物工程(上海)股份有限公司进行核酸测序。将获得的 18S 序列(表2)比对至NCBI 的 nt 数据库,根据序列同源性进一步确定样品的所属物种[21]

        表 2  鱼样物种、分类地位和18S序列号

        Table 2.  Fish species, taxonomic status and 18S sequence numbers

        序号种名分类地位18S序列号
        1珠蝴蝶鱼(Chaetodon kleinii刺尾鱼目(Aanthuriformes)蝴蝶鱼科(Chaetodontidae)EF616825.1
        2三间火箭(Chelmon rostratus刺尾鱼目(Acanthuriformes)蝴蝶鱼科(Chaetodontidae)EF616876.1
        3弓月蝴蝶鱼(Chaetodon lunulatus刺尾鱼目(Acanthuriformes)蝴蝶鱼科(Chaetodontidae)OP035277.1
        4角镰鱼(Zanclus cornutus刺尾鱼目(Acanthuriformes)镰刀鱼科(Zanclidae)NC_009852.1
        5黄斑蓝子鱼(Siganus canaliculatus刺尾鱼目(Acanthuriformes)篮子鱼科(Siganidae)AF055600.1
        6银蓝子鱼(Siganus argenteus刺尾鱼目(Acanthuriformes)篮子鱼科(Siganidae)PP140670.1
        7少鳞燕鳐(Cypselurus oligolepis颌针鱼目(Beloniformes)飞鱼科(Exocoetidae)LC458117.1
        8黑背圆颌针鱼(Tylosurus melanotus颌针鱼目(Beloniformes)颌针鱼科(Belonidae)MH248221.1
        9青翼须唇飞鱼(Cheilopogon cyanopterus颌针鱼目(Beloniformes)飞鱼科(Exocoetidae)NC_036721.1
        10小鳍针飞鱼(Oxyporhamphus micropterus颌针鱼目(Beloniformes)鱵科(Hemiramphidae)LC715466.1
        11花鳍燕鳐(Cypselurus poecilopterus颌针鱼目(Beloniformes)飞鱼科(Exocoetidae)OP035088.1
        12六带鲹(Caranx sexfasciatus鲹形目(Carangiformes)鲹科(Carangidae)OP035090.1
        13脂眼凹肩鲹(Selar crumenophthalmus鲹形目(Carangiformes)鲹科(Carangidae)NC_023954.1
        14长颌似鲹(Scomberoides commersonnianus鲹形目(Carangiformes)鲹科(Carangidae)LC672493.1
        15细鳞圆鲹(Decapterus macarellus鲹形目(Carangiformes)鲹科(Carangidae)NC_026718.1
        16单棘豹鲂鮄(Daicocus peterseni豹鲂鮄目( Dactylopteriformes)豹鲂鮄科(Dactylopteridae)NC_003194.1
        17无斑拟羊鱼(Mulloidichthys vanicolensis羊鱼目(Mulliformes)羊鱼科(Mullidae)NC_024188.1
        18圆口副绯鲤(Parupeneus cyclostomus羊鱼目(Mulliformes)羊鱼科(Mullidae)PP140669.1
        19条斑副绯鲤(Parupeneus barberinus羊鱼目(Mulliformes)羊鱼科(Mullidae)NC_082530.1
        20奈氏眶灯鱼(Diaphus knappi灯笼鱼目( Myctophiformes)灯笼鱼科(Myctophidae)LC146181.1
        21犬牙锥齿鲷(Pentapodus caninus鲈形目(Perciformes)金线鱼科(Nemipteridae)LC036827.1
        22红裸颊鲷(Lethrinus haematopterus鲈形目(Perciformes)裸颊鲷科(Lethrinidae)LC640073.1
        23黑带鳞鳍梅鲷(Pterocaesio tile鲈形目(Perciformes)乌尾鮗科( Caesionidae )NC_004408.1
        24宝石大眼鲷(Priacanthus hamrur鲈形目(Perciformes)大眼鲷科(Priacanthidae)LC649119.1
        25灰鳍异大眼鲷(Heteropriacanthus cruentatus鲈形目(Perciformes)大眼鲷科(Priacanthidae)OP035148.1
        26白边侧牙鲈(Variola albimarginata鲈形目(Perciformes)鮨科(Serranidae)NC_022139.1
        27六带线纹鱼(Grammistes sexlineatus鲈形目(Perciformes)线纹鱼科(Grammistidae)AP006794.1
        28东方尖唇鱼(Oxycheilinus orientalis鲈形目(Perciformes)隆头鱼科(Labridae)LC104664.1
        29蜂巢石斑鱼(Epinephelus merra鲈形目(Perciformes)石斑鱼科(Epinephelidae)NC_022509.1
        30鲔(Euthynnus affinis鲭形目( Scombriformes ) 鲭科( Scombridae)NC_025934.1
        31鲣(Katsuwonus pelamis鲭形目( Scombriformes ) 鲭科( Scombridae)KM605252.1
        32黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares鲭形目(Scombriformes)鲭科(Scombridae)NC_014061.1
        33沙氏刺鲅(Acanthocybium solandri鲭形目(Scombriformes) 鲭科(Scombridae)NC_067731.1
        34圆舵鲣(Auxis rochei鲭形目(Scombriformes) 鲭科(Scombridae)MK548578.1
        35蛇鲭(Gempylus serpens鲭形目(Scombriformes)蛇鲭科(Gempylidae)OP035147.1
        36扁舵鲣(Auxis thazard鲭形目( Scombriformes ) 鲭科( Scombridae)MK801690.1
        37棘鲯鳅(Coryphaena equiselis鲹形目(Carangiformes)鲯鳅科( Coryphaenidae)MH576916.1
        38琉璃玉鲳(Psenes cyanophrys鲭形目( Scombriformes )圆鲳科NomeidaeNC_082747.1
        39鳞首方头鲳(Cubiceps squamiceps鲭形目( Scombriformes ) 圆鲳科(Nomeidae)PQ492202.1
        40细斑前孔魨(Cantherhines pardalis鲀形目( Tetraodontiformes)单棘鲀科(Monacanthidae)OR499746.1
        41兔头鲀(Lagocephalus鲀形目(Tetraodontiformes)四齿鲀科( Tetraodontidae )LC738765.1
        42暗鳍兔头鲀(Lagocephalu gloveri鲀形目(Tetraodontiformes)四齿鲀科( Tetraodontidae )NC_059716.1
      • 采用 CTAB 法提取鱼类肠道内容物中的总DNA[22] .通过琼脂糖凝胶电泳法和 Nanodrop 微量分光光度计分别检测鱼类肠道内容物总DNA的质量和浓度。使用长棘海星 COTS-mtCOI 片段的特异性扩增引物对(F:5'-TCCGACTACCCGGACGCCTATAC-3' ;R:5'- AGTGGTTCGCTGGGAAGTGAAGG-3'),以鱼类肠道内容物总 DNA作为模板,进行 PCR 扩增。扩增体系:2.5 μL 10×PCR Buffer 、2 μL dNTP(各 2.5 mmol·L−1)、1 μL 引物 F( 10 μmol·L−1)、1 μL 引物R(10 μmol·L−1)、1 μL DNA 模板、0.15 μL rTaq,17.35 μL DEPC 水。扩增条件 95 ℃ 5 min;95 ℃ 30 s,60 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s,35 个循环;72 ℃ 10 min ,4 ℃保存。同时,提取长棘海星腕中部皮下肌肉的 DNA 并扩增 COTS-mtCOI 基因片段作为阳性对照组。

      • 根据18S 分子标签序列和邻接法 (Neighbor joining),采用MEGA5.0 软件构建鱼类物种的分子系统进化树, 并经 1 000 次重复抽样(Bootstraps)检测其置信度。计算每种鱼类肠道内容物样品中的CoTS-mtCOI 基因片段检出率,并采用 Origin8.0 软件绘制圆锥图。采用卡方检验分析不同鱼类肠道内容物中 CoTS-mtCOI 基因片段检出率的差异。以P<0.05 代表差异具有统计学意义。

        CoTS-mtCOI 基因片段检出率=CoTS-mtCOI 检出次数/检测样品总数

      • 鉴定结果表明,所获鱼类隶属于 1 纲 9 目 24 科 37 属 42 种(表2)。形态学与 18S 分子标签二种方法鉴定出的鱼类物种基本一致,仅有一种经形态学鉴定为黑背圆颌针鱼(Tylosurus melanotus),而经18S 鉴定为鳄形圆颌针鱼 (Tylosurus crocodilus)。根据已有研究[23] 分析,黑背圆颌针鱼为鳄形圆颌针鱼的亚种,本研究将此鱼归为鳄形圆颌针鱼。在所有捕获鱼类中,细鳞圆鲹(Decapterusmacarellus)渔 获 数量 最多,且在大部分站点均有捕 获;最少的种类为犬牙锥齿鲷( Pentapodus caninus),仅在华光礁捕获 1 条。

      • 本研究通过从鱼肠道内容物总 DNA 中 PCR 扩增 CoTS-mtCOI 基因片段来鉴定西沙礁区长棘海星的潜在鱼类捕食者。在无模板对照和单引物对照中,未见明显条带,在阳性对 照中检测到单一条带,表明 CoTS-mtCOI 基因片段的特异性扩增。进一步检测发现,在 6 种鱼类的肠道内容物 DNA 中存在 CoTS-mtCOI 基因片段的阳性扩增,分别是珠蝴蝶鱼(C. kleinii)、三间火箭( C. rostratus )、弓月蝴蝶鱼( C. lunulatus)、红裸颊鲷(L. haematopterus)、东方尖唇鱼(O. orientalis)和蜂巢石斑鱼(E. merra)。

        这 6 种鱼主要采集于西沙洲、石岛、晋卿岛和金银岛附近礁区。其中,珠蝴蝶鱼采集 于西沙洲附近礁区;三间火箭采集于西沙洲、石岛、晋卿岛、金银岛和石屿附近礁区;弓 月蝴蝶鱼采集于晋卿岛和琛航岛附近礁区;红裸颊鲷采集于北礁、石岛、晋卿岛、金银岛 华光礁、浪花礁、北边廊和石屿附近礁区;东方尖唇鱼采自西沙洲附近海域;蜂巢石斑鱼 源自于西沙洲、西波滩和金银岛附近礁区。

        图  1  6 种鱼肠道内容物总 DNA 的 CoTS-mtCOI 基因片段扩增和琼脂糖凝胶电泳图

        Figure 1.  CoTS-mtCOI gene fragment amplification in total DNA of intestinal contents in six fish species and agarose gel electrophoresis

      • 在珠蝴蝶鱼、弓月蝴蝶鱼的肠道内容物 DNA 中均检测到 CoTS-mtCOI 基因片段。三间火箭和弓月蝴蝶鱼的 CoTS-mtCOI 基因片段检出率在各个站点均大于 50%,而蜂巢石斑鱼和红裸颊鲷的检出率较低分别为 33.4%和 50%(图2)。在西沙洲,珠蝴蝶鱼的检出率 显著高于蜂巢石斑鱼(P<0.05)(图3)。在石岛、晋卿岛和金银岛,这些鱼类的检出率之间无显著差异。

        图  2  在 4 个站点 6 种鱼类的肠道内容物 DNA 中 CoTS-mtCOI 基因片段的检出率

        Figure 2.  The detection rate of the CoTS-mtCOI gene fragment in the intestinal contents of six fish species at four sites

        图  3  西沙洲鱼类肠道内容物 CoTS-mtCOI 基因片段的检出率差异分析

        Figure 3.  Detection rate analysis of CoTS-mtCOI gene fragment in fish intestinal contents at Xishazhou site.

      • 根据 42 种捕获鱼类的 18S 基因片段序列,利用邻接法构建系统发育树(图4)。在该 进化树中,所有的同科鱼类均能汇聚为一支,如蝴蝶鱼科、飞鱼科、鰺科、羊鱼科和鲭科等。珠蝴蝶鱼、三间火箭与弓月蝴蝶鱼先聚到蝴蝶鱼科亚支,再归于刺尾鱼目分支。红裸颊鲷、东方尖唇鱼与蜂巢石斑鱼最终聚到鲈形目分支。

        图  4  采用 18S 基因片段和邻接法构建的 42 种西沙鱼类分子系统发育树

        Figure 4.  Molecular phylogenetic trees of 42 fish from Xisha island based on 18S gene fragment sequences constructed using Neighbor-Joining method

      • 长棘海星群体暴发已导致珊瑚礁的生态系统退化及生物多样性下降,鱼类捕食者可 控制长棘海星群体数量从而降低长棘海星群体暴发频率及破坏程度[24]。因此,查明长棘海星的鱼类捕食者对珊瑚礁生态系统的保护很重要。本研究选择正遭受长棘海星暴发的西沙群岛礁区调查长棘海星的潜在鱼类捕食者物种及其摄食能力,以期更好地防控南海长棘海星暴发进而保护珊瑚礁生态系统。

        至今已发现的长棘海星捕食者种类已达到132种,包括珊瑚礁鱼类和底栖无脊椎动物等[11,14,2527] ,它们可摄食长棘海星配子、幼虫、幼体(亚成体)或成体[14]。本研究首先结合形态学与18S 分子标签鉴定了网捕礁栖鱼类的种类,然后采用长棘海星特异性引物检 测了鱼类肠道内容物中的 COTS-mtCOI 基因片段,以此来鉴别中国南海西沙岛礁中的长棘海星鱼类捕食者。在珠蝴蝶鱼、三间火箭、弓月蝴蝶鱼、红裸颊鲷、东方尖唇鱼和蜂巢石 斑鱼等 6 种鱼的肠道内容物中均检测到 COTS-mtCOI 基因片段,表明它们具有长棘海星捕食能力。珠蝴蝶鱼、三间火箭和弓月蝴蝶鱼同隶属于蝴蝶鱼科,红裸颊鲷隶属于裸颊鲷科,东方尖唇鱼隶属于隆头鱼科,蜂巢石斑鱼隶属于石斑鱼科。

        已有研究表明,蝴蝶鱼科鱼类能摄食长棘海星成体、配子或幼虫[2830] ,如丝蝴蝶鱼 (Chaetodon auriga) 、胡麻斑蝴蝶鱼(Chaetodon citrinellus)和斜纹蝴蝶鱼(Chaetodon vagabundus)喜捕食受伤和濒死的长棘海星成体[3136]。在本研究中,西沙礁区珠蝴蝶鱼和弓月蝴蝶鱼肠道内容物DNA中CoTS-mtCOI 基因片段的检出率为100%,三间火箭肠道内容物 DNA 中检出率均 66% 以上 。前两者的摄食能力明显高于已报导的叉纹蝴蝶鱼(Chaetodon auripes[3537] ,这表明珠蝴蝶鱼和弓月蝴蝶鱼可能具有长棘海星摄食偏好性。三间火箭的摄食能力低于珠蝴蝶鱼和弓月蝴蝶鱼,这种差异可能源自它们的食性差异。珠 蝴蝶鱼是杂食性鱼类,弓月蝴蝶鱼是珊瑚虫食性鱼类,三间火箭是利用延长的管状吻在珊瑚礁区进行捕食的肉食性鱼类[3840] 。由此可见,尽管蝴蝶鱼科鱼类能摄食不同生长阶段的长棘海星,但其摄食方式和能力存在明显差异。

        本研究在西沙礁区红裸颊鲷、东方尖唇鱼和蜂巢石斑鱼肠道内容物 DNA中的 COTS- mtCOI 基因片段检出率均≥50%。红裸颊鲷、东方尖唇鱼和蜂巢石斑鱼三者都是典型的礁区肉食性鱼类,同科的鱼类均已发现具有长棘海星摄食能力 。如太平洋裸颊鲷(Lethrinus atkinsoni )、长吻裸颊鲷(Lethrinu miniatus)、星斑裸颊鲷(Lethrinus nebulosus)三种裸颊鲷科鱼类对长棘海星幼 体 和 成 体 的 摄 食[26,31,41]; 横 带 唇 鱼( Cheilinus fasciatus ) 、 波 纹 唇 鱼( Cheilinus undulatus)和黑尾海猪鱼(Halichoeres melanurus)等隆头鱼科鱼类对长棘海星成体的摄食[4244];鞍带石斑鱼对长棘海星幼体的摄食[45] 。这些研究多是通过室内模拟观察到,且未评估鱼类的长棘海星摄食能力。

        本研究首次在中国南海西沙礁区发现 6 种长棘海星潜在鱼类捕食者,包括珠蝴蝶鱼、三间火箭、弓月蝴蝶鱼、红裸颊鲷、东方尖唇鱼和蜂巢石斑鱼。这 6 种鱼类的平均摄食水≥50%,其中珠蝴蝶鱼和弓月蝴蝶鱼可能对长棘海星具有摄食偏好性。后续研究应着眼于解析捕食者的捕食效率及其对长棘海星种群的调控机制,为制定预防中国南海长棘海星暴发的策略提供重要科学指导。

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